| 摘要 | 第5-11页 |
| Abstract | 第11-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-36页 |
| 1 辣椒的起源、进化、分布和分类 | 第20-27页 |
| 1.1 辣椒的起源与驯化 | 第20-25页 |
| 1.2 辣椒的传播与分布 | 第25-26页 |
| 1.3 辣椒的分类和遗传多样性 | 第26-27页 |
| 2 辣椒基因组学研究进展 | 第27-28页 |
| 3 辣椒分子育种研究进展 | 第28-33页 |
| 3.1 分子标记的种类应用 | 第28页 |
| 3.2 分子遗传图谱的建立 | 第28-29页 |
| 3.3 重要性状的遗传定位 | 第29-33页 |
| 4 高通量测序技术的发展及在基因组学中的应用 | 第33页 |
| 5 研究的目的和意义 | 第33-34页 |
| 6 研究的必要性 | 第34-35页 |
| 7 实验技术路线 | 第35-36页 |
| 第二章 材料与方法 | 第36-66页 |
| 1 试验材料 | 第36-41页 |
| 1.1 辣椒基因组de novo测序的材料 | 第36页 |
| 1.2 辣椒重测序的材料 | 第36-39页 |
| 1.3 辣椒转录组测序的材料 | 第39-40页 |
| 1.4 辣椒small RNA测序的材料 | 第40页 |
| 1.5 辣椒长非编码RNA(long no-coding RNA)测序的材料 | 第40-41页 |
| 1.6 用HPLC/MS/MS法测定辣椒素含量的材料 | 第41页 |
| 2 试验方法 | 第41-66页 |
| 2.1 辣椒全基因组de novo测序(de novo sequencing)和组装 | 第41-50页 |
| 2.2 不同辣椒材料的转录组测序 | 第50-53页 |
| 2.3 辣椒核心种质资源的重测序 | 第53-54页 |
| 2.4 辣椒连锁遗传图谱的构建及染色体的锚定 | 第54-57页 |
| 2.4.1 辣椒连锁遗传图谱的构建 | 第54-55页 |
| 2.4.2 ‘遵辣1号’基因组Scaffold的锚钉及精细序列图谱的绘制 | 第55页 |
| 2.4.3 辣椒遗传图谱的遗传距离和基因组物理距离的比较 | 第55-56页 |
| 2.4.4 将‘Chiltepin’，基因组的scaffolds锚定到对应的染色体上 | 第56-57页 |
| 2.5 两个基因组测序数据的覆盖度和组装质量的评估 | 第57页 |
| 2.6 核基因组中叶绿体基因组的插入的验证 | 第57页 |
| 2.7 重复序列和基因组的注释 | 第57-63页 |
| 2.8 基因的进化和比较 | 第63-64页 |
| 2.9 辣椒中辣椒素生物合成途径的基因家族和其在其他物种中直系同源基因的鉴定 | 第64-65页 |
| 2.10 用HPLC/MS/MS法测定辣椒素含量 | 第65-66页 |
| 第三章 结果与分析 | 第66-111页 |
| 1 ‘遵辣1号’和‘Chiltepin’基因组的组装和染色体的锚定 | 第66-75页 |
| 1.1 ‘遵辣1号’和‘Chiltepin’的基因组信息预测 | 第66-67页 |
| 1.2 Zunla-1和Chiltepin基因组文库构建与测序数据分析 | 第67-69页 |
| 1.3 ‘Zunla-1’和‘Chiltepin’基因组的组装 | 第69-70页 |
| 1.4 ‘Zunla-1’和‘Chiltepin’基因组组装质量的评估 | 第70-72页 |
| 1.5 辣椒遗传图谱的构建和染色体的连接 | 第72-75页 |
| 2 转座元件的鉴定和基因组的扩增 | 第75-80页 |
| 2.1 ‘Zunla-1’和‘Chiltepin’基因组中转座元件的鉴定及分析 | 第75-78页 |
| 2.2 辣椒基因组的扩增 | 第78-80页 |
| 3 基因注释和基因的转录 | 第80-88页 |
| 3.1 蛋白编码基因的注释 | 第80-83页 |
| 3.2 非编码RNA的注释 | 第83-87页 |
| 3.3 特异表达基因的鉴定 | 第87-88页 |
| 4 茄科的比较基因组、进化和基因的分子进化分析 | 第88-93页 |
| 4.1 辣椒基因家族和特异基因的鉴定 | 第88-89页 |
| 4.2 茄科的进化 | 第89-90页 |
| 4.3 茄科成员基因组之间的染色体易位和倒位 | 第90-92页 |
| 4.4 基因的分子进化分析 | 第92-93页 |
| 5 人工选择的分子印迹 | 第93-102页 |
| 5.1 重测序和SNPs的筛选 | 第93-96页 |
| 5.2 贝叶斯聚类揭示野生辣椒到栽培辣椒的基因渗入 | 第96-98页 |
| 5.3 辣椒基因组中驯化的足迹(Footprints) | 第98-102页 |
| 6 辣椒与番茄的果实发育比较 | 第102-103页 |
| 7 辣椒素合成基因的进化 | 第103-111页 |
| 第四章 讨论 | 第111-122页 |
| 1 ‘Zunla-1’、‘Chiltepin’和‘CM334’基因组测序策略、组装质量、scaffold锚定及基因注释的比较 | 第111-115页 |
| 2 辣椒基因组扩张的原因解析 | 第115-116页 |
| 3 辣椒与番茄果实发育生物学的比较 | 第116-119页 |
| 4 辣椒素合成途径的进化 | 第119-122页 |
| 第五章 结论与展望 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-137页 |
| 致谢 | 第137-139页 |
| 项目基金 | 第139-140页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第140-141页 |
