| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-31页 |
| 1.1 论文的研究背景 | 第12-17页 |
| 1.1.1 真核生物的基因结构和表达 | 第12-13页 |
| 1.1.2 剪切和可变剪切 | 第13-15页 |
| 1.1.3 国内外研究现状 | 第15-17页 |
| 1.2 可变剪切的研究方法 | 第17-27页 |
| 1.2.1 可变剪切的生物学方法 | 第17-19页 |
| 1.2.2 可变剪切的计算方法 | 第19-27页 |
| 1.3 论文的主要工作和研究方法 | 第27-29页 |
| 1.3.1 论文的主要工作 | 第27-28页 |
| 1.3.2 论文的研究方法和技术路线 | 第28-29页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第29-31页 |
| 第二章 基于全基因组注释和序列文件对拟南芥中内含子保留型可变剪切的研究 | 第31-52页 |
| 2.1 引言 | 第31页 |
| 2.2 RIs和CSIs的识别算法 | 第31-33页 |
| 2.3 数据集 | 第33-35页 |
| 2.4 新的复合特征提取方法 | 第35-42页 |
| 2.4.1 A序列组成特征提取 | 第35-36页 |
| 2.4.2 B频繁子序列的特征提取 | 第36-38页 |
| 2.4.3 C剪切位点和内含子剪切位点两侧序列差异特征提取 | 第38-40页 |
| 2.4.4 实验特征向量集 | 第40-42页 |
| 2.5 分类算法及性能评价指标 | 第42-46页 |
| 2.5.1 PSOSVM算法 | 第43-45页 |
| 2.5.2 性能评价指标 | 第45-46页 |
| 2.6 分类预测及结果分析 | 第46-50页 |
| 2.7 小结 | 第50-52页 |
| 第三章 基于不同组织和非生物胁迫的RNA-seq对拟南芥中RIs的研究 | 第52-78页 |
| 3.1 引言 | 第52页 |
| 3.2 基于RNA-seq的保留型内含子识别方法 | 第52-57页 |
| 3.2.1 RNA-seq的数据来源和识别方法的设计思路 | 第52-54页 |
| 3.2.2 CLC Genomics Workbench数据预处理 | 第54-55页 |
| 3.2.3 gsnap读段定位 | 第55页 |
| 3.2.4 cufflinks组装转录本 | 第55页 |
| 3.2.5 cuffdiff2定量表达组装的转录本 | 第55-56页 |
| 3.2.6 RI识别 | 第56-57页 |
| 3.3 建立RIs集合，比较六样本及第二章产生的RIs间的异同 | 第57-60页 |
| 3.4 RIs和CSIs的分类预测 | 第60-76页 |
| 3.4.1 新特征提取 | 第60页 |
| 3.4.2 第一次实验方法和结果 | 第60-63页 |
| 3.4.3 RIs数据集分析 | 第63-64页 |
| 3.4.4 第二次实验方法和结果分析 | 第64-76页 |
| 3.5 小结 | 第76-78页 |
| 第四章 生物逆境胁迫下拟南芥中RIs研究 | 第78-95页 |
| 4.1 引言 | 第78页 |
| 4.2 测序样本的实验室准备和测序 | 第78-80页 |
| 4.2.1 实验室样本准备 | 第78-79页 |
| 4.2.2 建库测序 | 第79页 |
| 4.2.3 测试数据预处理 | 第79-80页 |
| 4.3 测试数据的基本处理 | 第80-81页 |
| 4.4 识别所属基因具有显著差异的内含子保留型可变剪切 | 第81-82页 |
| 4.5 T，V对H中的RIs相对增强或者削弱的显著差异基因的识别 | 第82-83页 |
| 4.6 GO富集分析 | 第83-89页 |
| 4.7 基于GBrowse的剪切分析结果的可视化 | 第89-94页 |
| 4.8 小结 | 第94-95页 |
| 第五章 结论与展望 | 第95-98页 |
| 5.1 结论 | 第95-96页 |
| 5.2 创新点 | 第96-97页 |
| 5.3 展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简介 | 第107页 |
