| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 第一章 综述 | 第16-34页 |
| 1 线粒体基因组 | 第16-21页 |
| ·鱼类线粒体基因组结构和特点 | 第16-18页 |
| ·线粒体基因组的重组和重排 | 第18-20页 |
| ·线粒体基因组的重组 | 第18页 |
| ·动物线粒体基因的重排 | 第18-20页 |
| ·线粒体基因组用于分子标记 | 第20-21页 |
| ·利用基因排序作为分子标记 | 第20页 |
| ·线粒体基因组序列作为分子标记 | 第20-21页 |
| 2 分子系统学研究方法 | 第21-24页 |
| ·分子系统学简介 | 第21页 |
| ·分子系统发育的研究方法 | 第21-24页 |
| ·距离法(Distance-based method) | 第22页 |
| ·最大简约法(Maximum Parsimony method) | 第22页 |
| ·最大似然法(Maximum-Likelihood method) | 第22-23页 |
| ·贝叶斯推断(Bayesian Inference) | 第23-24页 |
| 3 鲽形目分类的研究进展 | 第24-26页 |
| ·鲽形目介绍 | 第24页 |
| ·鲽形目鱼类起源和进化的研究 | 第24-25页 |
| ·鳎类起源和进化的研究进展 | 第25-26页 |
| 4 线粒体控制区和串联重复序列特征及其研究进展 | 第26-30页 |
| ·重复序列介绍 | 第26页 |
| ·基因组中的重复序列 | 第26页 |
| ·串联重复序列 | 第26页 |
| ·串联重复序列术语的定义 | 第26页 |
| ·线粒体重复区特征及产生机制 | 第26-30页 |
| ·滑链错配模型(slipped-strand mispairing) | 第27-28页 |
| ·非正常延伸模型(illegitimate elongation model) | 第28-29页 |
| ·非正常起始模型(Improper initiation model) | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-34页 |
| 第二章 大菱鲆线粒体基因组全序列特征及鲽形目在硬骨鱼中分类地位的研究 | 第34-64页 |
| 引言 | 第34-35页 |
| 1 材料方法 | 第35-40页 |
| ·材料 | 第35页 |
| ·方法 | 第35-38页 |
| ·序列分析 | 第38页 |
| ·比较tRNA 和COI 序列的系统发育适用性的方法 | 第38页 |
| ·分析方法 | 第38-40页 |
| 2 结果 | 第40-57页 |
| ·大菱鲆线粒体基因组特点及结构 | 第40-41页 |
| ·蛋白质编码基因 | 第41-43页 |
| ·大菱鲆基因组rRNA、tRNA 及控制区特征 | 第43-46页 |
| ·tRNA 系统发育适用性分析 | 第46-57页 |
| ·系统发育信息检验 | 第46-49页 |
| ·比较利用tRNA 和COI 基因构建的系统发育树 | 第49页 |
| ·鲽形目起源分析 | 第49-57页 |
| 3 讨论 | 第57-59页 |
| ·线粒体全序列的特征 | 第57页 |
| ·tRNA 系统发育适用性讨论 | 第57-58页 |
| ·鲽形目起源相关讨论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 第三章 舌鳎亚科控制区快速进化及重复序列可能的延伸机制 | 第64-76页 |
| 引言 | 第64-65页 |
| 1 材料方法 | 第65-66页 |
| ·取样、提取DNA、PCR 扩增及测序 | 第65页 |
| ·序列拼接及分析方法 | 第65-66页 |
| 2 结果 | 第66-71页 |
| ·四种类舌鳎亚科鱼类控制区的基本特征 | 第66-68页 |
| ·控制区序列的功能保守区域和重复序列特征 | 第68-71页 |
| 3 讨论 | 第71-74页 |
| ·舌鳎类控制区的高速变异 | 第71-72页 |
| ·重复序列的特征及推测的延伸过程 | 第72-74页 |
| 参考文献 | 第74-76页 |
| 第四章 十种鳎亚目全序列特征及推测的的基因重排过程 | 第76-138页 |
| 引言 | 第76-77页 |
| 1 材料与方法 | 第77-80页 |
| ·材料及DNA 提取 | 第77-78页 |
| ·PCR 扩增、克隆及测序 | 第78-79页 |
| ·序列拼接及基本信息分析方法 | 第79页 |
| ·构建系统发育树 | 第79-80页 |
| 2 结果与讨论 | 第80-136页 |
| ·两种鳎科鱼类线粒体基因组结构、碱基组成及密码子的使用 | 第80-89页 |
| ·峨眉条鳎(Zebrias quagga) 线粒体基因组特征 | 第80-83页 |
| ·日本钩嘴鳎(Heteromycteris japonicus) 线粒体基因组特征 | 第83-89页 |
| ·五种舌鳎属鱼类线粒体基因组结构及碱基组成及密码子的使用 | 第89-114页 |
| ·斑头舌鳎(Cynoglossus puncticeps) 线粒体基因组特征 | 第89-94页 |
| ·舌鳎sp (Cynoglossus sp.) 线粒体基因组特征 | 第94-99页 |
| ·双线舌鳎(Cynoglossus bilineatus) 线粒体基因组特征 | 第99-104页 |
| ·短吻三线舌鳎(Cynoglossus abbreviatus) 线粒体基因组特征 | 第104-109页 |
| ·中华舌鳎(Cynoglossus sinicus) 线粒体基因组特征 | 第109-114页 |
| ·三种须鳎属鱼类线粒体基因组结构及碱基组成及密码子的使用 | 第114-129页 |
| ·短钩须鳎(Paraplagusia blochii) 线粒体基因组特征 | 第114-119页 |
| ·长钩须鳎(Paraplagusia bilineata) 线粒体基因组特征 | 第119-124页 |
| ·日本须鳎(Paraplagusia japonica) 线粒体基因组特征 | 第124-129页 |
| ·十种鳎类线粒体基因组比较分析 | 第129-131页 |
| ·推测的舌鳎基因重排的过程和可能的机制 | 第131-136页 |
| ·鳎亚目鱼类聚类分析 | 第131-134页 |
| ·舌鳎类基因重排的过程推测 | 第134-136页 |
| 参考文献 | 第136-138页 |
| 第五章 鲽亚目鱼类重复区特征及脊椎动物重复序列的产生和延伸机理 | 第138-153页 |
| 引言 | 第138-139页 |
| 1 材料方法 | 第139-140页 |
| ·取样、提取 DNA、PCR 扩增及测序 | 第139页 |
| ·序列分析 | 第139-140页 |
| 2 结果 | 第140-144页 |
| ·角木叶鲽的重复序列特征 | 第140-142页 |
| ·GenBank 中脊椎动物线粒体重复序列特征 | 第142-144页 |
| 3 讨论 | 第144-150页 |
| ·角木叶鲽重复区进化的可能过程 | 第144页 |
| ·GenBank 数据中的重复序列讨论 | 第144-145页 |
| ·现有模型适用性分析 | 第145-146页 |
| ·改进的线粒体重复序列产生、延伸和删减模型暂停解链错配模型(Pause-Melting Misalignment model) | 第146-150页 |
| ·重复序列的延伸和删减过程 | 第147页 |
| ·重复序列可能的产生过程 | 第147-149页 |
| ·暂停解链错配模型的一些扩展 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 个人简历 | 第155页 |
