| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第14-35页 |
| 1.1 茎瘤固氮根瘤菌的研究进展 | 第14页 |
| 1.1.1 分类地位 | 第14页 |
| 1.1.2 生物学特征 | 第14页 |
| 1.2 细菌的趋化系统 | 第14-32页 |
| 1.2.1 趋化系统的主要组分 | 第15-17页 |
| 1.2.1.1 组氨酸激酶Che A | 第15-16页 |
| 1.2.1.2 响应调节因子Che Y | 第16页 |
| 1.2.1.3 磷酸酯酶Che Z | 第16-17页 |
| 1.2.1.4 甲基转移酶Che R与甲基酯酶Che B | 第17页 |
| 1.2.2 大肠杆菌（Escherichia coli）的趋化系统 | 第17-20页 |
| 1.2.3 其他细菌的趋化系统研究 | 第20-25页 |
| 1.2.3.1 地衣芽孢杆菌（Bacillus subtilis）的趋化研究 | 第20-21页 |
| 1.2.3.2 类球红细菌（Rhodobacter sphaeroides）的趋化研究 | 第21-22页 |
| 1.2.3.3 幽门螺旋杆菌（Helicobacter pylori）的趋化研究 | 第22-23页 |
| 1.2.3.4 霍乱弧菌（Vibrio cholerae）的趋化研究 | 第23-24页 |
| 1.2.3.5 苜蓿根瘤菌（Sinorhizobium meliloti）的趋化研究 | 第24-25页 |
| 1.2.3.6 豌豆根瘤菌（Rhizobium leguminosarum）的趋化研究 | 第25页 |
| 1.2.4 趋化受体研究 | 第25-28页 |
| 1.2.4.1 趋化受体的结构特征 | 第25-26页 |
| 1.2.4.2 趋化受体的信号传递 | 第26-27页 |
| 1.2.4.3 核心趋化信号复合体的结构 | 第27-28页 |
| 1.2.5 可溶性趋化受体研究 | 第28-32页 |
| 1.2.5.1 可溶性趋化受体的配体结合域 | 第28-30页 |
| 1.2.5.2 可溶性受体的亚细胞定位 | 第30-32页 |
| 1.3 本文选题背景及主要研究内容 | 第32-35页 |
| 1.3.1 选题背景 | 第32-33页 |
| 1.3.2 主要研究内容 | 第33-34页 |
| 1.3.3 技术路线 | 第34-35页 |
| 第二章 茎瘤固氮根瘤菌趋化系统的比较基因组学研究 | 第35-56页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-40页 |
| 2.1.1 菌株和培养条件 | 第35-36页 |
| 2.1.2 Che A基因缺失突变株的构建 | 第36-40页 |
| 2.1.2.1 菌株、质粒及引物 | 第36-37页 |
| 2.1.2.2 che A上下游重组片段的克隆 | 第37-38页 |
| 2.1.2.3 自杀重组质粒的构建 | 第38-39页 |
| 2.1.2.4 三亲结合实验 | 第39-40页 |
| 2.1.3 突变株趋化能力检测 | 第40页 |
| 2.1.4 生物信息学分析 | 第40页 |
| 2.2 结果 | 第40-54页 |
| 2.2.1 A. caulinodans ORS571的趋化基因簇分析 | 第40-41页 |
| 2.2.2 che A突变体的趋化表型分析 | 第41-42页 |
| 2.2.3 Che A蛋白序列的系统发育分析 | 第42-44页 |
| 2.2.4 A. caulinodans ORS571趋化受体的序列进化分析 | 第44-52页 |
| 2.2.5 Che R结合部位分析 | 第52-53页 |
| 2.2.6 趋化基因簇启动子的预测与分析 | 第53-54页 |
| 2.3 小结与讨论 | 第54-56页 |
| 第三章 茎瘤固氮根瘤菌可溶性趋化受体的初步研究 | 第56-71页 |
| 3.1 材料与方法 | 第56-63页 |
| 3.1.1 菌株与培养条件 | 第56页 |
| 3.1.2 受体突变株及回补菌株的构建 | 第56-59页 |
| 3.1.2.1 菌株、质粒及引物 | 第56-58页 |
| 3.1.2.2 突变株的构建 | 第58-59页 |
| 3.1.2.3 回补菌株的构建 | 第59页 |
| 3.1.3 突变株及回补菌株趋化能力检测 | 第59页 |
| 3.1.4 突变株的刚果红胞外多糖检测 | 第59-60页 |
| 3.1.5 荧光受体的亚细胞荧光定位 | 第60-61页 |
| 3.1.5.1 受体荧光载体的构建 | 第60-61页 |
| 3.1.5.2 荧光载体的显微镜观察 | 第61页 |
| 3.1.6 竞争性结瘤实验 | 第61-63页 |
| 3.1.6.1 植物种子的处理 | 第61页 |
| 3.1.6.2 菌株的活化与培养 | 第61-62页 |
| 3.1.6.3 种子的接菌 | 第62页 |
| 3.1.6.4 植株的种植 | 第62页 |
| 3.1.6.5 植株的培养与收获 | 第62页 |
| 3.1.6.6 根瘤中菌株的分离与鉴定 | 第62-63页 |
| 3.2 结果 | 第63-68页 |
| 3.2.1 可溶性受体的结构分析 | 第63页 |
| 3.2.2 PAS结构域的比对分析 | 第63-64页 |
| 3.2.3 突变株的趋化能力检测 | 第64-65页 |
| 3.2.4 突变株的刚果红胞外多糖检测 | 第65-66页 |
| 3.2.5 可溶性受体的亚细胞定位 | 第66-68页 |
| 3.2.6 趋化受体突变株的共生能力缺陷分析 | 第68页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第68-71页 |
| 第四章 可溶性趋化受体Icp B功能的研究 | 第71-93页 |
| 4.1 材料与方法 | 第71-78页 |
| 4.1.1 菌株的培养条件 | 第71页 |
| 4.1.2 菌株、质粒、引物 | 第71-73页 |
| 4.1.3 PAS片段的表达与纯化 | 第73-74页 |
| 4.1.3.1 表达体系的构建 | 第73页 |
| 4.1.3.2 蛋白的原核表达 | 第73页 |
| 4.1.3.3 表达蛋白的纯化 | 第73-74页 |
| 4.1.4 血红素的光吸收测定 | 第74页 |
| 4.1.5 定点突变 | 第74-75页 |
| 4.1.5.1 pLAIcpB~(H154A)的构建 | 第74页 |
| 4.1.5.2 p IN2的构建 | 第74-75页 |
| 4.1.6 趋化与趋氧实验 | 第75页 |
| 4.1.6.1 菌株趋化能力检测 | 第75页 |
| 4.1.6.2 菌株趋氧能力检测 | 第75页 |
| 4.1.7 胞外多糖的检测与定量 | 第75页 |
| 4.1.7.1 胞外多糖的表型检测 | 第75页 |
| 4.1.7.2 胞外多糖的定量 | 第75页 |
| 4.1.8 生物膜形成能力检测 | 第75-76页 |
| 4.1.9 凝结实验 | 第76页 |
| 4.1.10 植物共生实验 | 第76-77页 |
| 4.1.10.1 植株的种植 | 第76页 |
| 4.1.10.2 竞争性结瘤 | 第76-77页 |
| 4.1.10.3 菌株的接种 | 第77页 |
| 4.1.11 固氮酶活性测定 | 第77-78页 |
| 4.1.11.1 菌株的固氮酶活测定 | 第77页 |
| 4.1.11.2 根瘤的固氮酶活测定 | 第77-78页 |
| 4.2 结果 | 第78-90页 |
| 4.2.1 Icp B基因的定位 | 第78页 |
| 4.2.2 Icp B血红素结合的验证 | 第78-80页 |
| 4.2.2.1 PAS结构域的原核表达 | 第78-79页 |
| 4.2.2.2 血红素的光吸收测定 | 第79页 |
| 4.2.2.3 血红素结合位点的确定 | 第79-80页 |
| 4.2.3 Icp B对菌株趋化与趋氧能力的影响 | 第80-83页 |
| 4.2.3.1 icp B突变株与回补菌株的趋化能力检测 | 第80-81页 |
| 4.2.3.2 定点突变菌株的趋化能力检测 | 第81-82页 |
| 4.2.3.3 菌株的趋氧能力检测 | 第82-83页 |
| 4.2.4 Icp B-GFP融合蛋白的亚细胞定位 | 第83-85页 |
| 4.2.5 Icp B对A. caulinodans凝结的影响 | 第85页 |
| 4.2.6 Icp B对生物膜形成的影响 | 第85-86页 |
| 4.2.7 Icp B对胞外多糖（EPS）的影响 | 第86-88页 |
| 4.2.8 Icp B对植物共生的影响 | 第88-90页 |
| 4.2.8.1 Icp B对结瘤的影响 | 第88-89页 |
| 4.2.8.2 Icp B对根瘤固氮能力的影响 | 第89-90页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第90-93页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第93-96页 |
| 5.1 全文总结 | 第93-94页 |
| 5.2 展望 | 第94-96页 |
| 参考文献 | 第96-108页 |
| 附录 | 第108-112页 |
| 个人简历 | 第112-113页 |
