基于简化基因组的地黄属植物转座子比较研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩略语对照表 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 转座子概述 | 第13-20页 |
| 1.1.1 转座子的发现与分布 | 第13页 |
| 1.1.2 转座子对宿主的影响 | 第13-15页 |
| 1.1.3 转座子进化动态 | 第15-17页 |
| 1.1.4 转座子的注释 | 第17-19页 |
| 1.1.5 转座子比较分析研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2 地黄属植物概况 | 第20-23页 |
| 1.2.1 地黄属简介 | 第20-21页 |
| 1.2.2 研究进展 | 第21-23页 |
| 1.3 研究目的和内容 | 第23-25页 |
| 第二章 研究方法 | 第25-35页 |
| 2.1 样品采集及DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第25页 |
| 2.1.2 总DNA提取 | 第25-26页 |
| 2.2 高通量测序及序列组装 | 第26-30页 |
| 2.2.1 简化基因组测序 | 第26-27页 |
| 2.2.2 序列组装 | 第27-30页 |
| 2.3 地黄属物种转座子 | 第30-31页 |
| 2.3.1 转座子识别与注释 | 第30页 |
| 2.3.2 转座子相对含量预测 | 第30-31页 |
| 2.4 转座子序列与宿主序列的变异程度比较 | 第31-32页 |
| 2.4.1 编码区识别 | 第31页 |
| 2.4.2 单核苷酸变异的识别 | 第31-32页 |
| 2.5 地黄属物种系统发育关系分析 | 第32-35页 |
| 2.5.1 同源转座子序列的识别 | 第32页 |
| 2.5.2 地黄属物种进化关系分析 | 第32-33页 |
| 2.5.3 树形一致性检测 | 第33页 |
| 2.5.4 基于转座子拷贝数聚类分析 | 第33-35页 |
| 第三章 研究结果 | 第35-49页 |
| 3.1 地黄属植物全基因组DNA提取 | 第35-36页 |
| 3.2 高通量测序 | 第36页 |
| 3.3 质体基因组的去除 | 第36-37页 |
| 3.4 序列组装 | 第37-38页 |
| 3.5 转座子识别与注释 | 第38-40页 |
| 3.6 地黄属物种转座子相对含量差异 | 第40-43页 |
| 3.7 转座子序列与宿主序列变异差异 | 第43-46页 |
| 3.8 同源转座子识别 | 第46-47页 |
| 3.9 五种地黄属植物系统发育关系 | 第47-49页 |
| 第四章 讨论 | 第49-55页 |
| 4.1 地黄属物种转座子差异 | 第49-51页 |
| 4.2 转座子与宿主的共适应与共进化 | 第51-53页 |
| 4.3 转座子对地黄属物种系统发育关系的侧面论证 | 第53-55页 |
| 结论 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-63页 |
| 附录 | 第63-69页 |
| 致谢 | 第69-71页 |
| 攻读博士/硕士学位期间取得的科研成果 | 第71页 |
