| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 缩略语表 Abbreviation | 第15-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-33页 |
| 1.1 鸡脂肪组织沉积对肉鸡产业的影响 | 第17页 |
| 1.2 脂肪组织的发育 | 第17-21页 |
| 1.2.1 脂肪组织概述 | 第17-18页 |
| 1.2.2 肉鸡脂肪的分布与沉积规律 | 第18页 |
| 1.2.3 脂肪细胞及脂肪组织来源 | 第18-21页 |
| 1.3 脂肪细胞分化过程 | 第21-24页 |
| 1.3.1 生长抑制 | 第21-22页 |
| 1.3.2 克隆扩增 | 第22-23页 |
| 1.3.3 基因早期表达变化 | 第23-24页 |
| 1.3.4 晚期事件和终末分化 | 第24页 |
| 1.4 脂肪细胞分化调控研究进展 | 第24-30页 |
| 1.4.1 成脂分化正调控因子 | 第24-29页 |
| 1.4.1.1 AP-1 | 第25页 |
| 1.4.1.2 KLFs家族 | 第25-26页 |
| 1.4.1.3 C/EBPs家族 | 第26页 |
| 1.4.1.4 SREBP-1 | 第26-27页 |
| 1.4.1.5 STATs家族 | 第27-28页 |
| 1.4.1.6 PPARγ | 第28-29页 |
| 1.4.2 成脂分化负调控因子 | 第29-30页 |
| 1.4.2.1 Wnt信号通路 | 第29页 |
| 1.4.2.2 GATA因子 | 第29-30页 |
| 1.4.2.3 KLFs家族 | 第30页 |
| 1.4.2.4 Pref-1 | 第30页 |
| 1.5 高通量测序技术筛选差异表达lncRNA和mRNA | 第30-32页 |
| 1.5.1 lncRNA | 第30-31页 |
| 1.5.2 转录组测序技术 | 第31-32页 |
| 1.6 本研究目的与意义 | 第32-33页 |
| 第二章 鸡腹部脂肪沉积关键基因的筛选 | 第33-66页 |
| 2.1 试验材料 | 第33-34页 |
| 2.1.1 试验动物 | 第33页 |
| 2.1.2 试验样品 | 第33页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第33-34页 |
| 2.1.4 主要试剂与耗材 | 第34页 |
| 2.2 试验方法 | 第34-39页 |
| 2.2.1 原代腹部脂肪前体细胞培养 | 第34页 |
| 2.2.2 腹部脂肪前体细胞诱导分化 | 第34-35页 |
| 2.2.3 腹部脂肪前体细胞鉴定 | 第35页 |
| 2.2.4 RNA提取 | 第35-36页 |
| 2.2.5 cDNA文库构建 | 第36页 |
| 2.2.6 测序数据处理 | 第36-38页 |
| 2.2.7 RT-qPCR验证差异基因表达 | 第38-39页 |
| 2.3 结果与分析 | 第39-62页 |
| 2.3.1 腹部脂肪前体细胞培养与鉴定 | 第39-40页 |
| 2.3.2 RNA提取及质检 | 第40页 |
| 2.3.3 测序数据质量控制 | 第40-43页 |
| 2.3.4 参考基因组比对分析 | 第43-45页 |
| 2.3.5 lncRNA筛选及靶基因预测 | 第45-48页 |
| 2.3.6 lncRNA靶基因功能分析 | 第48-50页 |
| 2.3.6.1 GO注释 | 第48-49页 |
| 2.3.6.2 通路富集分析 | 第49-50页 |
| 2.3.7 腹部脂肪前体细胞成脂分化不同阶段间差异基因 | 第50-51页 |
| 2.3.8 差异表达基因功能注释 | 第51-52页 |
| 2.3.9 差异表达基因聚类分析 | 第52-54页 |
| 2.3.10 基因共表达网络构建及模块检测 | 第54-55页 |
| 2.3.11 阶段特异性模块鉴定 | 第55页 |
| 2.3.12 枢纽基因鉴定与可视化 | 第55-61页 |
| 2.3.13 差异表达基因RT-qPCR验证 | 第61-62页 |
| 2.4 讨论 | 第62-66页 |
| 第三章 鸡肌内脂肪沉积关键基因的筛选 | 第66-100页 |
| 3.1 试验材料 | 第66-67页 |
| 3.1.1 试验动物 | 第66页 |
| 3.1.2 试验样品 | 第66页 |
| 3.1.3 主要仪器设备 | 第66-67页 |
| 3.1.4 主要试剂与耗材 | 第67页 |
| 3.2 试验方法 | 第67-70页 |
| 3.2.1 原代肌内脂肪前体细胞培养 | 第67页 |
| 3.2.2 肌内脂肪前体细胞诱导分化 | 第67-68页 |
| 3.2.3 肌内脂肪前体细胞鉴定 | 第68页 |
| 3.2.4 RNA提取 | 第68页 |
| 3.2.5 cDNA文库构建 | 第68页 |
| 3.2.6 测序数据处理 | 第68页 |
| 3.2.7 RT-qPCR验证差异表达基因 | 第68-70页 |
| 3.3 结果与分析 | 第70-96页 |
| 3.3.1 腹部脂肪前体细胞培养与鉴定 | 第70-71页 |
| 3.3.2 RNA提取与质检 | 第71-72页 |
| 3.3.3 测序数据质量控制 | 第72-74页 |
| 3.3.4 参考基因组比对分析 | 第74页 |
| 3.3.5 lncRNA筛选及靶基因预测 | 第74-77页 |
| 3.3.6 lncRNA靶基因功能分析 | 第77-79页 |
| 3.3.6.1 GO注释 | 第77-79页 |
| 3.3.6.2 靶基因Pathway分析 | 第79页 |
| 3.3.7 鸡肌内脂肪前体细胞成脂分化不同阶段间差异基因 | 第79-80页 |
| 3.3.8 差异表达基因功能注释 | 第80-82页 |
| 3.3.9 差异表达基因聚类分析 | 第82-85页 |
| 3.3.10 基因共表达网络构建及模块检测 | 第85页 |
| 3.3.11 阶段特异性模块鉴定 | 第85-89页 |
| 3.3.12 枢纽基因鉴定与可视化 | 第89-93页 |
| 3.3.13 差异表达基因RT-qPCR验证 | 第93-96页 |
| 3.4 讨论 | 第96-100页 |
| 第四章 鸡肌内与腹部脂肪前体细胞转录组比较分析 | 第100-116页 |
| 4.1 试验材料 | 第100-101页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第100页 |
| 4.1.2 试验样品 | 第100页 |
| 4.1.3 主要仪器设备 | 第100-101页 |
| 4.1.4 主要试剂与耗材 | 第101页 |
| 4.2 试验方法 | 第101页 |
| 4.2.1 原代腹部和肌内脂肪前体细胞培养 | 第101页 |
| 4.2.2 腹部和肌内脂肪前体细胞诱导分化 | 第101页 |
| 4.2.3 RNA提取 | 第101页 |
| 4.2.4 cDNA文库构建 | 第101页 |
| 4.2.5 测序数据处理 | 第101页 |
| 4.2.6 差异表达基因筛选 | 第101页 |
| 4.3 结果与分析 | 第101-114页 |
| 4.3.1 测序结果数据统计 | 第101-102页 |
| 4.3.2 参考基因组比对分析 | 第102页 |
| 4.3.3 腹部和肌内脂肪前体细胞lncRNAs结构比较分析 | 第102-103页 |
| 4.3.4 腹部和肌内脂肪前体细胞成脂分化过程中基因表达比较分析 | 第103-105页 |
| 4.3.5 差异表达mRNAs功能注释 | 第105-110页 |
| 4.3.5.1 GO注释 | 第105-108页 |
| 4.3.5.2 Pathway富集分析 | 第108-110页 |
| 4.3.6 腹部和肌内脂肪前体细胞成脂分化过程中差异表达基因比较 | 第110-114页 |
| 4.4 讨论 | 第114-116页 |
| 第五章 gga-mir-30c与XLOC_060155和SIX4基因靶关系验证 | 第116-125页 |
| 5.1 试验材料 | 第116-117页 |
| 5.1.1 主要仪器与设备 | 第116页 |
| 5.1.2 主要试剂 | 第116-117页 |
| 5.2 试验方法 | 第117-121页 |
| 5.2.1 靶关系RT-qPCR验证 | 第117页 |
| 5.2.2 候选基因靶关系预测 | 第117-118页 |
| 5.2.3 野生型和突变型载体构建 | 第118-119页 |
| 5.2.4 转染 | 第119-121页 |
| 5.3 结果与分析 | 第121-123页 |
| 5.3.1 RT-qPCR结果 | 第121页 |
| 5.3.2 重组质粒酶切鉴定 | 第121-122页 |
| 5.3.3 双荧光素酶活性检测 | 第122-123页 |
| 5.4 讨论 | 第123-125页 |
| 第六章 全文结论 | 第125-127页 |
| 6.1 研究结论 | 第125页 |
| 6.2 本研究创新点 | 第125-126页 |
| 6.3 本研究的不足之处 | 第126-127页 |
| 参考文献 | 第127-143页 |
| 附录 | 第143-152页 |
| 致谢 | 第152-153页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第153-155页 |
