| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 密码子的破译 | 第13页 |
| 1.2 密码子偏好性形成的原因 | 第13-17页 |
| 1.2.1 选择-突变-漂变学说 | 第13-14页 |
| 1.2.2 碱基替换的临近效应与密码子上下文关系 | 第14页 |
| 1.2.3 基因的结构 | 第14-15页 |
| 1.2.4 基因的功能 | 第15页 |
| 1.2.5 密码子在基因中的位置 | 第15-16页 |
| 1.2.6 基因的水平转移和重组 | 第16页 |
| 1.2.7 基因的氨基酸组成 | 第16页 |
| 1.2.8 tRNA丰度 | 第16页 |
| 1.2.9 甲基化水平 | 第16-17页 |
| 1.2.10 能量代价 | 第17页 |
| 1.2.11 其他因素 | 第17页 |
| 1.3 密码子偏好性使用的生物学意义及应用 | 第17-20页 |
| 1.3.1 影响基因的表达 | 第17-18页 |
| 1.3.2 共翻译蛋白质折叠 | 第18页 |
| 1.3.3 疾病的发生 | 第18-19页 |
| 1.3.4 mRNA的稳定性 | 第19页 |
| 1.3.5 DNA疫苗改造和病毒的减毒 | 第19-20页 |
| 1.4 密码子偏好性指标 | 第20-21页 |
| 1.4.1 相对同义密码子使用度 | 第20页 |
| 1.4.2 有效密码子数 | 第20页 |
| 1.4.3 最优密码子使用频率 | 第20-21页 |
| 1.4.4 密码子偏离系数 | 第21页 |
| 1.5 桑属植物的基因组研究 | 第21-23页 |
| 第二章 引言 | 第23-25页 |
| 2.1 研究背景及意义 | 第23页 |
| 2.2 主要研究内容 | 第23-24页 |
| 2.3 技术路线 | 第24-25页 |
| 第三章 蔷薇目叶绿体基因组密码子分析 | 第25-41页 |
| 3.1 材料与方法 | 第25-31页 |
| 3.1.1 序列获得与处理 | 第25-26页 |
| 3.1.2 CodonW的使用 | 第26页 |
| 3.1.3 本地BLAST方法 | 第26-27页 |
| 3.1.4 蔷薇目物种间叶绿体基因相似性与GC含量分布 | 第27-28页 |
| 3.1.5 Parity Rule 2作图分析 | 第28页 |
| 3.1.6 中性作图分析 | 第28页 |
| 3.1.7 有效密码子数作图分析 | 第28-29页 |
| 3.1.8 序列比对，保守区选择，饱和性分析与核酸替代模型的选择 | 第29-30页 |
| 3.1.9 Mega5.0和Mr Bayes构建系统进化树 | 第30页 |
| 3.1.10 叶绿体基因选择位点的鉴定 | 第30-31页 |
| 3.2 结果与分析 | 第31-39页 |
| 3.2.1 蔷薇目叶绿体基因的密码子使用情况 | 第31-33页 |
| 3.2.2 进化分析与密码子使用模式聚类分析 | 第33-34页 |
| 3.2.3 密码子的使用偏好性的成因 | 第34-36页 |
| 3.2.4 影响密码子偏好性的其他因素 | 第36-37页 |
| 3.2.5 蔷薇目叶绿体基因的碱基组成和密码子使用情况 | 第37-39页 |
| 3.3 小结与讨论 | 第39-41页 |
| 第四章 川桑核基因组密码子分析 | 第41-65页 |
| 4.1 材料与方法 | 第41-43页 |
| 4.1.1 序列的获得与过滤 | 第41页 |
| 4.1.2 密码子偏好性，最优密码子，tRNA丰度的评价 | 第41页 |
| 4.1.3 交互信息分析 | 第41-42页 |
| 4.1.4 密码子上下文分析 | 第42页 |
| 4.1.5 相对熵 | 第42-43页 |
| 4.1.6 密码子使用与mRNA二级结构 | 第43页 |
| 4.2 结果与分析 | 第43-62页 |
| 4.2.1 川桑密码子使用概述 | 第43-46页 |
| 4.2.2 密码子影响因素的多重相关分析 | 第46-48页 |
| 4.2.3 部分蔷薇目植物核基因组中密码子的使用情况 | 第48-49页 |
| 4.2.4 ENC-plot分析 | 第49-50页 |
| 4.2.5 密码子偏好性与基因功能 | 第50-52页 |
| 4.2.6 氨基酸使用与密码子使用的关系 | 第52-54页 |
| 4.2.7 内含子数目与密码子使用偏好性 | 第54-56页 |
| 4.2.8 密码子对 | 第56-57页 |
| 4.2.9 密码子的位置偏好性 | 第57-60页 |
| 4.2.10 持家基因的密码子使用受更强选择作用 | 第60-62页 |
| 4.3 小结与讨论 | 第62-65页 |
| 第五章 密码子分析软件CodonsBox的开发 | 第65-73页 |
| 5.1 开发背景 | 第65页 |
| 5.2 材料与方法 | 第65-67页 |
| 5.2.1 开发环境及开发工具 | 第65-66页 |
| 5.2.2 程序设计 | 第66-67页 |
| 5.3 用户界面与功能描述 | 第67-71页 |
| 5.3.1 文件的选择 | 第67-68页 |
| 5.3.2 序列分析方法 | 第68-70页 |
| 5.3.3 分析结束后提示 | 第70-71页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第71-73页 |
| 第六章 综合与讨论 | 第73-75页 |
| 1.部分蔷薇目植物叶绿体基因密码子分析 | 第73页 |
| 2.川桑核基因密码子使用模式综合分析 | 第73-74页 |
| 3.密码子分析工具CodonsBox的开发 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-81页 |
| 附录 | 第81-83页 |
| 在读期间发表文章及参研课题 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
