| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 文献综述 | 第15-40页 |
| 1.1 隐孢子虫和环孢子虫概述 | 第15-23页 |
| 1.1.1 临床症状和易感人群 | 第15-16页 |
| 1.1.2 隐孢子虫和环孢子虫在我国人群中的分布 | 第16-17页 |
| 1.1.3 主要的传播途径和感染来源 | 第17-20页 |
| 1.1.4 对公共卫生的影响及防控策略 | 第20-23页 |
| 1.2 隐孢子虫和环孢子虫的生物学特性 | 第23-29页 |
| 1.2.1 隐孢子虫的分类学地位、形态和生活史 | 第23页 |
| 1.2.2 环孢子虫的分类学地位、形态和生活史 | 第23-26页 |
| 1.2.3 隐孢子虫的虫种和基因型 | 第26-28页 |
| 1.2.4 环孢子虫的虫种和基因型 | 第28-29页 |
| 1.3 隐孢子虫和环孢子虫的卵囊分离纯化技术 | 第29-32页 |
| 1.3.1 漂浮法 | 第30页 |
| 1.3.2 密度梯度离心 | 第30-31页 |
| 1.3.3 免疫磁分离法 | 第31页 |
| 1.3.4 流式细胞仪技术 | 第31-32页 |
| 1.4 隐孢子虫和环孢子虫分子流行病学检测和分型工具 | 第32-35页 |
| 1.4.1 基于隐孢子虫和环孢子虫的SSU rRNA基因的分子诊断工具 | 第32-33页 |
| 1.4.2 基于隐孢子虫和环孢子虫的内转录间隔区的分子诊断工具 | 第33-34页 |
| 1.4.3 基于隐孢子虫的gp60基因的分子诊断工具 | 第34页 |
| 1.4.4 基于隐孢子虫的微卫星和小卫星序列的多位点序列分型工具 | 第34-35页 |
| 1.5 隐孢子虫基因组学研究进展 | 第35-38页 |
| 1.5.1 微小隐孢子虫和人隐孢子虫的基因组 | 第36页 |
| 1.5.2 微小隐孢子虫和人隐孢子虫的比较基因组学研究 | 第36-38页 |
| 1.6 本课题主要的研究内容和意义 | 第38-40页 |
| 第2章 用于全基因组测序的隐孢子虫基因组DNA的分离、富集和质控方法 | 第40-55页 |
| 2.1 引言 | 第40页 |
| 2.2 实验材料 | 第40-45页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第40-41页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第41-44页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第44页 |
| 2.2.4 数据分析软件 | 第44-45页 |
| 2.3 实验方法 | 第45-49页 |
| 2.3.1 卵囊纯化 | 第45页 |
| 2.3.2 DNA提取和全基因组扩增 | 第45-46页 |
| 2.3.3 检验WGA产物中隐孢子虫基因组含量 | 第46-47页 |
| 2.3.4 检验WGA产物中隐孢子虫基因组DNA的纯度 | 第47-49页 |
| 2.3.5 采用第二代测序技术对WGA产物进行全基因组测序 | 第49页 |
| 2.4 实验结果 | 第49-52页 |
| 2.4.1 全基因组扩增的效率 | 第49-50页 |
| 2.4.2 采用克隆-Sanger测序法检测WGA产物的纯度 | 第50-51页 |
| 2.4.3 采用第二代测序技术检测WGA产物的纯度 | 第51页 |
| 2.4.4 WGA产物的基因组覆盖度 | 第51-52页 |
| 2.5 讨论 | 第52-53页 |
| 2.6 本章小结 | 第53-55页 |
| 第3章 比较基因组学分析揭示人隐孢子虫高毒力亚型产生的遗传基础以及微小隐孢子虫广宿主的可能原因 | 第55-79页 |
| 3.1 引言 | 第55页 |
| 3.2 材料和方法 | 第55-56页 |
| 3.2.1 样品采集 | 第55-56页 |
| 3.2.2 实验仪器 | 第56页 |
| 3.2.3 实验试剂 | 第56页 |
| 3.2.4 数据分析软件 | 第56页 |
| 3.3 实验方法 | 第56-60页 |
| 3.3.1 卵囊纯化和全基因组扩增 | 第56页 |
| 3.3.2 全基因组扩增产物的质量控制 | 第56页 |
| 3.3.3 全基因组测序 | 第56页 |
| 3.3.4 比较基因组学分析 | 第56-57页 |
| 3.3.5 PCR验证 | 第57-60页 |
| 3.4 实验结果 | 第60-76页 |
| 3.4.1 人隐孢子虫的全基因组测序数据以及从头拼接 | 第60页 |
| 3.4.2 测序基因组的覆盖度 | 第60页 |
| 3.4.3 人隐孢子虫的基因组与微小隐孢子虫Iowa分离株的基因组的序列相似度及其物理结构特征 | 第60-68页 |
| 3.4.4 微小隐孢子虫和人隐孢子虫特异性的序列 | 第68-71页 |
| 3.4.5 与已报道的人隐孢子虫TU502分离株基因组的序列相似度 | 第71页 |
| 3.4.6 人隐孢子虫高毒力亚型的基因组之间的序列相似性以及遗传重组的出现 | 第71-73页 |
| 3.4.7 gp60位点重复序列区的样品内序列多样性 | 第73-76页 |
| 3.5 讨论 | 第76-78页 |
| 3.5.1 微小隐孢子虫和人隐孢子虫的基因组之间的相似性、基因的缺失和种特异性基因 | 第76-77页 |
| 3.5.2 人隐孢子虫基因组间的序列相似性以及高毒力的人隐孢子虫亚型中的遗传重组 | 第77-78页 |
| 3.6 本章小结 | 第78-79页 |
| 第4章 隐孢子虫花栗鼠基因型Ⅰ的亚型区分工具的建立 | 第79-89页 |
| 4.1 引言 | 第79页 |
| 4.2 实验材料 | 第79-80页 |
| 4.2.1 样品采集 | 第79页 |
| 4.2.2 实验仪器 | 第79-80页 |
| 4.2.3 实验试剂 | 第80页 |
| 4.2.4 数据分析软件 | 第80页 |
| 4.3 实验方法 | 第80-82页 |
| 4.3.1 卵囊纯化和全基因组扩增 | 第80页 |
| 4.3.2 全基因组扩增产物的质量控制 | 第80页 |
| 4.3.3 全基因组测序 | 第80页 |
| 4.3.4 gp60基因和cgd1_470 mucin基因的PCR | 第80页 |
| 4.3.5 PCR扩增产物检验 | 第80页 |
| 4.3.6 PCR扩增产物测序 | 第80-82页 |
| 4.3.7 PCR产物序列分析 | 第82页 |
| 4.4 实验结果 | 第82-86页 |
| 4.4.1 全基因组测序数据 | 第82页 |
| 4.4.2 gp60基因特性 | 第82-84页 |
| 4.4.3 gp60基因和cgd1_470 mucin基因的PCR扩增效率 | 第84页 |
| 4.4.4 gp60亚型和mucin亚型 | 第84页 |
| 4.4.5 gp60亚型间的进化关系 | 第84-86页 |
| 4.5 讨论 | 第86-88页 |
| 4.6 本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 环孢子虫全基因组测序以及多位点序列分型方法的建立 | 第89-104页 |
| 5.1 引言 | 第89页 |
| 5.2 实验材料 | 第89-91页 |
| 5.2.1 样品采集 | 第89-90页 |
| 5.2.2 实验仪器 | 第90-91页 |
| 5.2.3 实验试剂 | 第91页 |
| 5.2.4 数据分析软件 | 第91页 |
| 5.3 实验方法 | 第91-95页 |
| 5.3.1 卵囊纯化 | 第91-92页 |
| 5.3.2 卵囊DNA提取和全基因组扩增 | 第92页 |
| 5.3.3 检验全基因扩增产物中环孢子虫基因组的含量 | 第92-93页 |
| 5.3.4 检验WGA产物中环孢子虫基因组DNA的纯度 | 第93页 |
| 5.3.5 全基因组测序 | 第93页 |
| 5.3.6 微卫星和小卫星位点的PCR检测 | 第93页 |
| 5.3.7 PCR产物检验 | 第93页 |
| 5.3.8 PCR产物测序 | 第93页 |
| 5.3.9 PCR产物序列分析 | 第93-95页 |
| 5.4 实验结果 | 第95-102页 |
| 5.4.1 全基因组扩增的效率 | 第95页 |
| 5.4.2 卡耶塔环孢子虫的全基因组序列 | 第95-96页 |
| 5.4.3 微卫星和小卫星序列的初筛 | 第96页 |
| 5.4.4 初筛的遗传位点的扩增效率 | 第96页 |
| 5.4.5 多态性遗传位点的扩增效率 | 第96页 |
| 5.4.6 多态性位点的序列特征 | 第96-98页 |
| 5.4.7 5个位点上不同序列类型之间的系统进化关系 | 第98-101页 |
| 5.4.8 多位点序列类型 | 第101-102页 |
| 5.5 讨论 | 第102-103页 |
| 5.6 本章小结 | 第103-104页 |
| 第6章 结论和创新点 | 第104-106页 |
| 6.1 主要结论 | 第104页 |
| 6.2 创新点 | 第104页 |
| 6.3 展望 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-128页 |
| 攻读博士学位期间的研究成果 | 第128-129页 |
| 致谢 | 第129页 |
