| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-26页 |
| 1.1 植物着丝粒研究现状 | 第13-16页 |
| 1.1.1 着丝粒的结构和功能 | 第13-14页 |
| 1.1.2 着丝粒序列的演化 | 第14-15页 |
| 1.1.3 ChIP-seq技术在着丝粒序列研究中的应用 | 第15-16页 |
| 1.2 染色体领域研究 | 第16-19页 |
| 1.2.1 染色体领域及其拓扑结构 | 第16-17页 |
| 1.2.2 染色体领域的分布模式 | 第17-18页 |
| 1.2.3 染色体领域与基因组功能 | 第18-19页 |
| 1.3 染色体领域的研究方法 | 第19-23页 |
| 1.3.1 细胞学方法 | 第19-20页 |
| 1.3.2 生物信息学方法 | 第20-23页 |
| 1.4 棉花相关研究 | 第23-25页 |
| 1.4.1 棉花的分类及演化关系 | 第23-24页 |
| 1.4.2 棉花基因组学研究进展 | 第24-25页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第25-26页 |
| 第二章 棉花着丝粒DNA组成与结构分析 | 第26-42页 |
| 2.1 材料与数据 | 第26-27页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第26页 |
| 2.1.2 实验数据 | 第26页 |
| 2.1.3 关联数据 | 第26-27页 |
| 2.2 数据分析 | 第27-30页 |
| 2.2.1 硬件平台 | 第27页 |
| 2.2.2 操作系统 | 第27页 |
| 2.2.3 分析软件 | 第27-30页 |
| 2.3 数据分析基本流程 | 第30页 |
| 2.4 结果与分析 | 第30-40页 |
| 2.4.1 测序结果统计 | 第30-31页 |
| 2.4.2 雷蒙德氏棉基因组重复序列的聚类分析 | 第31-32页 |
| 2.4.3 雷蒙德氏棉着丝粒特异重复序列的筛选 | 第32-33页 |
| 2.4.4 着丝粒完整重复序列的获取及其结构注释 | 第33-34页 |
| 2.4.5 着丝粒重复序列的演化分析 | 第34-35页 |
| 2.4.6 着丝粒序列在不同棉种间的演化 | 第35-36页 |
| 2.4.7 染色体上着丝粒区域的识别 | 第36-39页 |
| 2.4.8 雷蒙德氏棉着丝粒区基因的表达谱分析 | 第39-40页 |
| 2.5 讨论 | 第40-42页 |
| 第三章 棉花染色体空间分布规律研究 | 第42-55页 |
| 3.1 材料与数据 | 第42页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第42页 |
| 3.1.2 实验数据 | 第42页 |
| 3.2 数据分析 | 第42-44页 |
| 3.2.1 图像处理 | 第42页 |
| 3.2.2 统计分析 | 第42-44页 |
| 3.2.3 硬件平台 | 第44页 |
| 3.2.4 操作系统 | 第44页 |
| 3.2.5 相关软件 | 第44页 |
| 3.3 数据分析基本流程 | 第44-45页 |
| 3.4 结果与分析 | 第45-52页 |
| 3.4.1 陆地棉A、D基因组染色体核内分布规律 | 第45-49页 |
| 3.4.2 陆地棉A、D组染色体分布的遗传稳定性分析 | 第49-52页 |
| 3.5 讨论 | 第52-55页 |
| 3.5.1 二倍体与多倍体细胞内基因组的空间分离 | 第52-53页 |
| 3.5.2 基因组发生分离的机制 | 第53页 |
| 3.5.3 多倍化与基因组分离 | 第53-54页 |
| 3.5.4 单条染色体在核内的位置 | 第54-55页 |
| 第四章 总结与展望 | 第55-57页 |
| 4.1 总结 | 第55-56页 |
| 4.2 展望 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-70页 |
| 附录A 棉花着丝粒序列结构 | 第70-71页 |
| 附录B 棉花着丝粒CENH3结合区和基因表达情况 | 第71-74页 |
| 附录C 棉花染色体空间分布规律检验 | 第74-80页 |
| 攻读硕士学位期间研究成果 | 第80-81页 |
| 致谢 | 第81页 |