基于转录组数据的鮸鱼分子标记筛选及基因差异表达分析
| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-23页 |
| ·转录组学研究进展 | 第14-18页 |
| ·转录组和转录组学 | 第14-15页 |
| ·转录组早期研究技术 | 第15-17页 |
| ·转录组测序技术(RNA-seq)研究进展及应用 | 第17-18页 |
| ·鱼类转录组研究进展 | 第18-19页 |
| ·分子标记研究进展 | 第19-23页 |
| ·分子标记概述 | 第19-20页 |
| ·SSR分子标记 | 第20页 |
| ·SNP分子标记 | 第20-21页 |
| ·SSR与SNP在水产动物中的应用 | 第21-23页 |
| 第二章 高通量测序鮸鱼转录组分析及分子标记开发 | 第23-43页 |
| ·实验材料 | 第23页 |
| ·实验方法 | 第23-27页 |
| ·鮸鱼肝脏、脾脏和肾脏的总RNA提取 | 第23-24页 |
| ·cDNA文库的构建和测序 | 第24-25页 |
| ·Clean read数据的获得 | 第25页 |
| ·序列拼接组装 | 第25-26页 |
| ·Unigene基因注释和功能分类 | 第26页 |
| ·SSR及SNP标记位点查找 | 第26页 |
| ·SSR多态性分析 | 第26-27页 |
| ·结果与讨论 | 第27-42页 |
| ·测序产量统计 | 第27-28页 |
| ·测序数据从头组装 | 第28页 |
| ·组装结果的评估和鉴定 | 第28-30页 |
| ·Unigenes功能注释 | 第30-32页 |
| ·Unigenes的GO功能分类 | 第32-34页 |
| ·Unigenes的COG功能分类 | 第34页 |
| ·Unigenes的KEGG代谢通路分析 | 第34-36页 |
| ·免疫相关基因鉴定 | 第36-37页 |
| ·SSR分子标记分析 | 第37-41页 |
| ·SNP分子标记筛选 | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第三章 鮸鱼感染哈维氏弧菌前后脾脏转录组分析 | 第43-60页 |
| ·实验材料 | 第43页 |
| ·实验方法 | 第43-45页 |
| ·哈维氏弧菌感染实验及取样 | 第43页 |
| ·基因定量分析 | 第43-44页 |
| ·基因差异表达分析 | 第44-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-58页 |
| ·测序产量统计 | 第45页 |
| ·序列组装结果及生物信息学分析 | 第45-50页 |
| ·SSR和SNP分子标记筛选 | 第50-52页 |
| ·基因定量分析 | 第52-53页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第53-54页 |
| ·差异表达基因表达模式聚类 | 第54页 |
| ·差异表达基因GO富集分析 | 第54-55页 |
| ·差异表达基因通路富集分析 | 第55-56页 |
| ·免疫相关的差异表达基因 | 第56-58页 |
| ·小结 | 第58-60页 |
| 结论 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第69页 |
