先天性心脏病斑马鱼模型转录组测序分析
| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| ·先天性心脏病 | 第10-11页 |
| ·斑马鱼cloche突变型 | 第11-12页 |
| ·新一代测序技术 | 第12-13页 |
| ·转录组测序 | 第13页 |
| ·研究进展 | 第13-14页 |
| ·本课题研究目的 | 第14-15页 |
| 第二章 材料与方法 | 第15-18页 |
| ·斑马鱼样品准备 | 第15页 |
| ·链特异性文库构建及测序 | 第15-16页 |
| ·转录组测序数据分析 | 第16-18页 |
| ·测序数据比对 | 第16-17页 |
| ·差异基因分析 | 第17页 |
| ·差异基因富集和通路分析 | 第17页 |
| ·新转录本分析 | 第17-18页 |
| 第三章 结果与分析 | 第18-37页 |
| ·Cloche突变型缺失区域分析 | 第18-28页 |
| ·Chr13末端基因表达量对比确定缺失基因 | 第19-20页 |
| ·Chr13末端缺失区域位置界定 | 第20-22页 |
| ·缺失区域基因差异表达 | 第22-24页 |
| ·Lycat代谢通路基因表达情况 | 第24-25页 |
| ·利用蛋白质互作信息分析缺失区域基因 | 第25-26页 |
| ·SRF基因可能为新的cloche候选基因 | 第26页 |
| ·缺失区域新的转录本 | 第26-27页 |
| ·Cloche其它区域大片段缺失扫描 | 第27-28页 |
| ·转录组测序数据分析结果 | 第28-35页 |
| ·转录组测序数据数量与质量 | 第28-29页 |
| ·测序数据mapping结果 | 第29-30页 |
| ·测序饱和度计算 | 第30页 |
| ·基因表达量计算 | 第30-32页 |
| ·差异表达基因分析 | 第32-33页 |
| ·差异表达基因GO富集分析 | 第33-34页 |
| ·差异表达基因KEGG pathway富集分析 | 第34页 |
| ·血管造血细胞标记物基因差异表达 | 第34-35页 |
| ·新转录本分析 | 第35-37页 |
| ·Tophat mapping | 第35页 |
| ·新转录本分类 | 第35-36页 |
| ·新转录本差异表达 | 第36-37页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第37-40页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| ·转录组测序评估 | 第37页 |
| ·数据分析评估 | 第37-38页 |
| ·Cloche基因组表达特征 | 第38页 |
| ·Chr13末端缺失区域 | 第38页 |
| ·关于Lycat基因的推测 | 第38-39页 |
| ·新转录本后续分析 | 第39页 |
| ·结论 | 第39-40页 |
| 附录 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-44页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第44页 |
