| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 目录 | 第11-14页 |
| 1 导论 | 第14-28页 |
| ·研究背景 | 第14-15页 |
| ·研究动态 | 第15-25页 |
| ·猪肉质和胴体性状相关研究 | 第15-17页 |
| ·猪繁殖性状相关研究 | 第17-20页 |
| ·全基因组关联分析 | 第20-21页 |
| ·猪 QTL 数据库 | 第21-22页 |
| ·微阵列技术的应用及存在的问题 | 第22-24页 |
| ·元分析及其应用 | 第24-25页 |
| ·目的与意义 | 第25-28页 |
| 2 Atp7b 基因敲除小鼠基因表达谱分析 | 第28-44页 |
| ·引言 | 第28-30页 |
| ·材料与方法 | 第30-31页 |
| ·微阵列数据的收集和预处理 | 第30页 |
| ·基因集富集分析和聚类分析 | 第30-31页 |
| ·转录因子分析 | 第31页 |
| ·结果与讨论 | 第31-41页 |
| ·与 Atp7b 相关的通路分析结果 | 第31-38页 |
| ·Atp7b 敲除影响的下调通路 | 第38-39页 |
| ·Atp7b 敲除影响的上调通路 | 第39-40页 |
| ·候选转录因子的选择 | 第40-41页 |
| ·结论 | 第41-44页 |
| 3 PPARα 敲除小鼠肝和小肠组织表达谱的比较基因组学研究 | 第44-58页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·材料与方法 | 第45-47页 |
| ·芯片数据的采集和预处理 | 第45-46页 |
| ·基因集富集分析 | 第46-47页 |
| ·结果与讨论 | 第47-56页 |
| ·PPARα 依赖性的通路分析 | 第47-51页 |
| ·PPARα 非依赖性或 WY14643 依赖性的通路分析 | 第51-54页 |
| ·高度重叠 PPARα 依赖性通路中的组织特异性基因 | 第54-56页 |
| ·结论 | 第56-58页 |
| 4 PPAR 信号通路与猪肉质和胴体性状的关联分析 | 第58-74页 |
| ·引言 | 第58-59页 |
| ·材料与方法 | 第59-65页 |
| ·动物样本的采集及表型测定 | 第59-60页 |
| ·SNP 位点的筛选及 QTL 映射 | 第60页 |
| ·基因分型实验 | 第60-63页 |
| ·猪耳组织 DNA 的提取 | 第60-61页 |
| ·基因组 DNA 的浓度测定和质量检测 | 第61-62页 |
| ·基于 SNaPshot 技术的 SNP 分型 | 第62-63页 |
| ·统计分析方法 | 第63-65页 |
| ·基因型频率和基因频率 | 第63页 |
| ·PPAR 信号通路与猪肉质或胴体性状的关联分析 | 第63-64页 |
| ·SNP 位点与猪肉质或胴体性状间的关联分析 | 第64-65页 |
| ·结果与讨论 | 第65-72页 |
| ·PPAR 信号通路中 TagSNPs 的挖掘 | 第65-66页 |
| ·测序结果 | 第66-69页 |
| ·SNaPshot 基因分型结果 | 第66-67页 |
| ·基因型频率结果 | 第67-69页 |
| ·关联分析结果 | 第69-72页 |
| ·PPAR 信号通路与猪肉质或胴体性状关联分析结果 | 第69-71页 |
| ·SNP 位点及其互作与猪肉质或胴体性状间的关联分析结果 | 第71-72页 |
| ·结论 | 第72-74页 |
| 5 候选通路法在猪繁殖性状研究中的应用 | 第74-80页 |
| ·引言 | 第74页 |
| ·材料和方法 | 第74-76页 |
| ·小鼠数据的收集和加工 | 第74-75页 |
| ·基因集富集分析 | 第75页 |
| ·通路分析及基因序列提取 | 第75页 |
| ·同源比对和 QTL 映射 | 第75-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-78页 |
| ·与小鼠繁殖性状显著相关的通路 | 第76页 |
| ·猪繁殖类 QTL 基因的筛选 | 第76-78页 |
| ·结论 | 第78-80页 |
| 6 哺乳动物早期胚胎发育过程表达谱数据的整合分析 | 第80-102页 |
| ·引言 | 第80-82页 |
| ·材料和方法 | 第82-83页 |
| ·材料的收集 | 第82页 |
| ·分析方法 | 第82-83页 |
| ·结果与分析 | 第83-100页 |
| ·差异表达基因显著性分析 | 第83-85页 |
| ·聚类分析 | 第85-88页 |
| ·功能注释与通路分析 | 第88-100页 |
| ·结论 | 第100-102页 |
| 7 结语 | 第102-106页 |
| ·课题结论 | 第102-104页 |
| ·课题研究展望 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-124页 |
| 附录 | 第124-126页 |
| 附录 1 论文中应用的生物学相关软件以及数据库 | 第124页 |
| 附录 2 论文中附表 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 攻读博士学位期间发表或录用的论文 | 第128-131页 |
