| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-15页 |
| 图目录 | 第15-17页 |
| 表目录 | 第17-18页 |
| 英文缩略词表 | 第18-19页 |
| 第一章 文献综述：miRNA 与哺乳动物生殖的研究进展 | 第19-38页 |
| 1 miRNA 基本生物学特性 | 第19-26页 |
| ·miRNA 发现 | 第19页 |
| ·miRNA 生成 | 第19-21页 |
| ·miRNA 作用机制 | 第21-22页 |
| ·miRNA 转录组特征 | 第22-26页 |
| ·miRNA 异构体与碱基变异 | 第22-24页 |
| ·miRNA 基因组分布及 miRNA 簇 | 第24-26页 |
| 2 miRNA 研究方法 | 第26-29页 |
| ·miRNA 生物信息学预测 | 第26-27页 |
| ·DNA 微阵列芯片和高通量测序 | 第27-28页 |
| ·Northern blot 和 Real-time RT-PCR | 第28-29页 |
| 3 动物 miRNA 研究概况 | 第29-31页 |
| 4 miRNA 与哺乳动物生殖 | 第31-37页 |
| ·卵巢 miRNA 研究概述 | 第31-35页 |
| ·miRNA 与卵母细胞成熟及卵泡发育 | 第32-33页 |
| ·miRNA 与卵巢性激素调控 | 第33-35页 |
| ·miRNA 与受精卵及胚胎早期发育 | 第35-36页 |
| ·miRNA 与精子发生 | 第36-37页 |
| 5 小结 | 第37-38页 |
| 第二章 研究目的与意义 | 第38-42页 |
| 1 安徽白山羊简介 | 第38页 |
| 2 山羊 miRNA 研究概况及卵巢 miRNA 研究的意义 | 第38-39页 |
| ·山羊 miRNA 研究概况 | 第38页 |
| ·研究卵巢 miRNA 的意义 | 第38-39页 |
| 3 研究内容及目标 | 第39-42页 |
| ·研究内容 | 第39-40页 |
| ·研究目标 | 第40-42页 |
| 第三章 山羊卵巢组织 miRNA 文库构建及高通量测序 | 第42-50页 |
| 引言 | 第42页 |
| 1 材料与方法 | 第42-45页 |
| ·试验动物 | 第42-43页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第43页 |
| ·总 RNA 提取 | 第43页 |
| ·总 RNA 质量检测 | 第43-44页 |
| ·RNA 混合池建立 | 第44页 |
| ·miRNA 测序文库构建与高通量测序 | 第44-45页 |
| ·测序结果初步处理 | 第45页 |
| 2 结果与分析 | 第45-48页 |
| ·总 RNA 质量 | 第45-46页 |
| ·序列质量处理 | 第46-47页 |
| ·序列长度分布 | 第47页 |
| ·其他类型 RNA 过滤 | 第47-48页 |
| 3 讨论 | 第48-50页 |
| ·试验材料的选择 | 第48页 |
| ·高通量测序质量和效果 | 第48-50页 |
| 第四章 山羊卵巢组织 miRNA 鉴定及转录组特征 | 第50-75页 |
| 引言 | 第50页 |
| 1 材料与方法 | 第50-53页 |
| ·分析平台 | 第50页 |
| ·数据库及软件 | 第50-51页 |
| ·参考数据库 | 第50-51页 |
| ·数据分析软件 | 第51页 |
| ·分析流程 | 第51-53页 |
| ·比对数据库构建 | 第51页 |
| ·小 RNA 基因组定位 | 第51-52页 |
| ·哺乳动物已知 miRNA 比对 | 第52页 |
| ·新的 miRNA 预测 | 第52页 |
| ·小 RNA 分类注释 | 第52页 |
| ·miRNA 染色体定位及簇分析 | 第52-53页 |
| ·miRNA isomiR 及 SNP 分析 | 第53页 |
| 2 结果与分析 | 第53-73页 |
| ·小 RNA 基因组定位 | 第53-54页 |
| ·物种保守 miRNA 鉴定 | 第54-57页 |
| ·绵羊已知 miRNA 鉴定 | 第57-58页 |
| ·新的 miRNA 预测 | 第58-67页 |
| ·小 RNA 分类注释 | 第67-68页 |
| ·miRNA 基因组定位 | 第68-69页 |
| ·miRNA 的 isomiR 分析 | 第69-70页 |
| ·miRNA 的 SNP 分析 | 第70-73页 |
| 3 讨论 | 第73-75页 |
| ·物种保守的 miRNA | 第73-74页 |
| ·绵羊已知的 miRNA | 第74页 |
| ·miRNA 染色体定位 | 第74-75页 |
| 第五章 妊娠和非妊娠山羊卵巢组织 miRNA 差异表达 | 第75-82页 |
| 引言 | 第75页 |
| 1 材料与方法 | 第75-76页 |
| ·分析平台 | 第75页 |
| ·分析软件 | 第75-76页 |
| ·分析方法 | 第76页 |
| 2 结果与分析 | 第76-80页 |
| ·妊娠和非妊娠山羊卵巢 miRNA 差异表达概况 | 第76-78页 |
| ·妊娠和非妊娠山羊卵巢中表达量前 10 位的 miRNA 差异表达 | 第78-79页 |
| ·妊娠和非妊娠山羊卵巢中 let-7 家族成员差异表达 | 第79-80页 |
| 3 讨论 | 第80-82页 |
| 第六章 适用于山羊组织基因表达定量分析的内参基因的筛选 | 第82-96页 |
| 引言 | 第82页 |
| 1 材料与方法 | 第82-87页 |
| ·试验动物 | 第82-83页 |
| ·主要仪器与试剂 | 第83页 |
| ·总 RNA 提取、检测及 cDNA 合成 | 第83-84页 |
| ·基因选择及引物设计 | 第84-86页 |
| ·实时定量 PCR | 第86-87页 |
| ·数据分析 | 第87页 |
| ·相对△Ct 方法 | 第87页 |
| ·GeNorm 方法 | 第87页 |
| ·NormFinder 方法 | 第87页 |
| ·Bestkeeper 方法 | 第87页 |
| ·BMPR-1B 基因组织表达谱分析 | 第87页 |
| 2 结果与分析 | 第87-93页 |
| ·RNA 质量 | 第87-88页 |
| ·q-PCR 的扩增效率及特异性 | 第88页 |
| ·相对△Ct 值比较分析 | 第88-90页 |
| ·GeNorm 软件分析 | 第90-92页 |
| ·NormFinder 软件分析 | 第92页 |
| ·Bestkeeper 软件分析 | 第92-93页 |
| ·内参基因的验证 | 第93页 |
| 3 讨论 | 第93-96页 |
| 第七章 山羊 miRNA 定量 PCR 验证及组织表达谱分析 | 第96-107页 |
| 引言 | 第96页 |
| 1 材料与方法 | 第96-99页 |
| ·试验动物 | 第96页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第96-97页 |
| ·miRNA 选择及引物设计 | 第97-98页 |
| ·总 RNA 提取和检测 | 第98页 |
| ·cDNA 合成 | 第98页 |
| ·定量 PCR 检测 | 第98-99页 |
| ·数据分析 | 第99页 |
| 2 结果与分析 | 第99-105页 |
| ·总 RNA 质量 | 第99页 |
| ·熔解曲线分析 | 第99-102页 |
| ·miRNA 高通量测序结果定量 PCR 验证 | 第102页 |
| ·miRNA 组织表达谱分析 | 第102-105页 |
| ·miR-143 的山羊组织表达谱分析 | 第102-103页 |
| ·let-7b 的山羊组织表达谱分析 | 第103-104页 |
| ·miR-132 的山羊组织表达谱分析 | 第104-105页 |
| 3 讨论 | 第105-107页 |
| ·miRNA 高通量测序结果的定量 PCR 验证 | 第105页 |
| ·山羊 miRNA 组织表达特异性与差异性 | 第105-107页 |
| 第八章 基于高通量测序的目标 miRNA 靶基因预测和功能分析 | 第107-118页 |
| 引言 | 第107页 |
| 1 材料与方法 | 第107-110页 |
| ·分析平台 | 第107页 |
| ·分析软件 | 第107-108页 |
| ·分析方法 | 第108-110页 |
| ·靶基因预测 | 第108-109页 |
| ·GO 富集和 Pathway 分析 | 第109-110页 |
| 2 结果与分析 | 第110-116页 |
| ·靶基因预测结果分析 | 第110-113页 |
| ·表达量前 10 位 miRNA 的靶基因预测结果 | 第110页 |
| ·miR-143 和 let-7b 的靶基因预测结果 | 第110-113页 |
| ·靶基因功能分析 | 第113-116页 |
| ·表达量前 10 位 miRNA 靶基因的功能分析 | 第113-115页 |
| ·miR-143 和 let-7b 靶基因的功能分析 | 第115-116页 |
| 3 讨论 | 第116-118页 |
| 第九章 结论与展望 | 第118-120页 |
| 1 主要结论 | 第118页 |
| 2 创新点 | 第118页 |
| 3 研究展望 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-139页 |
| 附录 A 小 RNA 在绵羊基因组染色体上的定位结果 | 第139-141页 |
| 附录 B 妊娠和非妊娠山羊卵巢组织保守 miRNA 差异表达 | 第141-158页 |
| 附录 C miRNAisomiR 的序列 logo 图 | 第158-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
| 个人简介 | 第164-165页 |
