| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 縮略词表（Abbreviation) | 第12-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-42页 |
| ·柑橘溃疡病发生与发展 | 第13-22页 |
| ·柑橘溃疡病的历史起源及地理分布情况 | 第13-14页 |
| ·柑橘溃疡病的症状、危害及流行 | 第14-16页 |
| ·柑橘溃疡病病原特征 | 第16页 |
| ·柑橘溃疡病菌菌系分化 | 第16-17页 |
| ·柑橘溃疡病菌命名 | 第17-18页 |
| ·柑橘溃疡病菌寄主范围 | 第18页 |
| ·柑橘溃疡病菌基因组及致病因子研究 | 第18-20页 |
| ·柑橘溃疡病菌检测 | 第20-21页 |
| ·柑橘溃疡病的防治 | 第21-22页 |
| ·柑橘溃疡病菌-柑橘互作的Ⅲ型分泌系统 | 第22-27页 |
| ·T3SS的遗传学基础 | 第22-23页 |
| ·植物病原细菌T3SS的组成 | 第23-26页 |
| ·植物病原细菌T3SS的调控 | 第26页 |
| ·植物病原细菌T3SS的分泌性 | 第26-27页 |
| ·柑橘溃疡病菌致病性遗传多样性研究进展 | 第27-33页 |
| ·柑橘溃疡病菌AFLP多样性 | 第27-28页 |
| ·柑橘溃疡病菌RFLP多样性 | 第28页 |
| ·柑橘溃疡病菌RAPD多样性 | 第28-29页 |
| ·柑橘溃疡病菌16S-23S ITS序列多样性 | 第29-30页 |
| ·柑橘溃疡病菌rep-PCR多样性 | 第30-32页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale基因多样性 | 第32-33页 |
| ·柑橘溃疡病菌Non-tale基因多样性 | 第33页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale家族基因研究进展 | 第33-40页 |
| ·植物与病原物互作分子基础 | 第33-34页 |
| ·tale家族基因的发现与命名 | 第34-36页 |
| ·tale家族基因的结构特征 | 第36页 |
| ·tale家族基因的变异 | 第36-37页 |
| ·tale基因在遗传改良方面的贡献 | 第37-38页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale基因毒性及无毒性作用 | 第38-39页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale基因先天免疫抑制作用 | 第39-40页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale基因与柑橘互作 | 第40页 |
| ·本研究的目的与内容 | 第40-42页 |
| 第二章 中国柑橘溃疡病菌tale基因遗传多样性研究 | 第42-62页 |
| ·材料与方法 | 第42-53页 |
| ·供试材料 | 第42-46页 |
| ·培养基制备 | 第46页 |
| ·引物设计与合成 | 第46-47页 |
| ·PCR反应体系及扩增条件 | 第47页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第47页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第47-48页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第48-49页 |
| ·大肠杆菌DH5α感受态细胞的制备 | 第49页 |
| ·热击转化 | 第49页 |
| ·Southern blot检测 | 第49-52页 |
| ·柑橘溃疡病菌致病力及生长能力测定 | 第52-53页 |
| ·结果与分析 | 第53-60页 |
| ·柑橘溃疡病菌分离鉴定及致病性测定 | 第53-55页 |
| ·中国柑橘溃疡病菌分为14种基因型 | 第55-57页 |
| ·中国存在缺少pthA基因的柑橘溃疡病菌 | 第57-58页 |
| ·pthA基因使缺失pthA基因型菌株恢复全毒性 | 第58-60页 |
| ·讨论 | 第60-62页 |
| 第三章 柑橘溃疡病菌tale基因敲除体系建立 | 第62-75页 |
| ·材料与方法 | 第62-69页 |
| ·菌株和质粒 | 第62页 |
| ·引物设计与合成 | 第62-63页 |
| ·液体培养基 | 第63-64页 |
| ·试剂与仪器 | 第64页 |
| ·柑橘溃疡病菌tale基因敲除 | 第64-67页 |
| ·Xcc049突变体PCR验证 | 第67页 |
| ·Xcc049突变体Southern杂交分析 | 第67页 |
| ·柑橘溃疡病菌质粒提取方法 | 第67-68页 |
| ·Xcc049所含tale基因测序 | 第68页 |
| ·柑橘溃疡病菌致病力及生长能力测定 | 第68-69页 |
| ·柑橘溃疡病菌过敏性反应(Hypersensitive response,HR)测定 | 第69页 |
| ·结果与分析 | 第69-73页 |
| ·获得了柑橘溃疡病菌Xcc049 tale基因缺失突变体 | 第69-71页 |
| ·Xcc049 tale基因缺失突变体致病性及生长能力测定 | 第71页 |
| ·柑橘溃疡病菌Xcc049 tale基因缺失突变体过敏反应测定 | 第71-72页 |
| ·柑橘溃疡病菌Xcc049 tale基因序列分析 | 第72-73页 |
| ·讨论 | 第73-75页 |
| 第四章 不同tale基因影响下柑橘差异表达基因研究 | 第75-100页 |
| ·材料与方法 | 第75-82页 |
| ·供试材料 | 第75页 |
| ·试剂与仪器 | 第75页 |
| ·引物设计与合成 | 第75-77页 |
| ·柑橘RNA深度测序样品准备 | 第77页 |
| ·柑橘RNA深度测序 | 第77页 |
| ·柑橘RNA深度测序数据获得和预处理 | 第77-78页 |
| ·高质序列与参考基因组比对 | 第78页 |
| ·基因功能注释 | 第78页 |
| ·基因表达量计算及差异表达基因筛选 | 第78-79页 |
| ·显著差异表达基因GO富集分析 | 第79页 |
| ·显著差异表达基因KEGG通路富集分析 | 第79页 |
| ·qPCR柑橘RNA样品准备 | 第79-82页 |
| ·结果与分析 | 第82-98页 |
| ·总RNA质量分析 | 第82-83页 |
| ·柑橘表达谱原始数据量统计及测序质量分析 | 第83页 |
| ·柑橘表达谱测序数据去杂后统计分析及与参考基因组比对 | 第83-84页 |
| ·不同tale基因影响下柑橘样品之间差异表达基因比较 | 第84-90页 |
| ·不同tale基因影响下柑橘差异表达基因聚类分析 | 第90-91页 |
| ·qPCR验证 | 第91-93页 |
| ·tal-C和pthA基因影响下柑橘共有差异表达基因 | 第93-94页 |
| ·pthA基因影响下柑橘差异表达基因类别分析 | 第94-96页 |
| ·不同tale基因影响下柑橘差异表达基因GO功能分析 | 第96-97页 |
| ·不同tale基因影响柑橘差异表达基因KEGG pathways富集分析 | 第97-98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| 第五章 总结与展望 | 第100-102页 |
| ·我国柑橘溃疡病菌tale基因遗传多样性研究 | 第100页 |
| ·不同tale基因影响下柑橘表达谱差异分析 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 附录1：pBluescript和PKMS1载体的限制性酶切图谱 | 第116-117页 |
| 附录2：柑橘基因表达谱数据 | 第117-120页 |
| 附录3：博士期间已发表的文章 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
