单体分型和单体型频率估计--复杂性及算法
| 中文摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 全文梗概 | 第11-23页 |
| §1.1 计算生物学 | 第11-12页 |
| §1.2 本文工作背景 | 第12-15页 |
| §1.2.1 群体数据集单体分型 | 第13-14页 |
| §1.2.2 家系数据集单体分型 | 第14-15页 |
| §1.2.3 单体型频率估计 | 第15页 |
| §1.3 文献资源 | 第15-17页 |
| §1.3.1 机构、组织和个人 | 第16页 |
| §1.3.2 电子文献资源 | 第16-17页 |
| §1.3.3 期刊 | 第17页 |
| §1.3.4 会议 | 第17页 |
| §1.4 论文组织 | 第17-18页 |
| 参考文献 | 第18-23页 |
| 第二章 分子生物学背景 | 第23-33页 |
| §2.1 遗传与变异的物质基础 | 第23-27页 |
| §2.1.1 发现基因的历史 | 第23-25页 |
| §2.1.2 染色体与DNA | 第25-26页 |
| §2.1.3 多态现象与SNP位点 | 第26-27页 |
| §2.2 单体分型 | 第27-29页 |
| §2.2.1 基因型与单体型 | 第27-29页 |
| §2.2.2 单体分型 | 第29页 |
| §2.3.本章小结 | 第29-30页 |
| 参考文献 | 第30-33页 |
| 第三章 群体数据集单体分型 | 第33-59页 |
| §3.1 问题定义 | 第33-34页 |
| §3.2 已有的工作 | 第34-37页 |
| §3.2.1 Clark算法 | 第34-36页 |
| §3.2.2 其他算法 | 第36-37页 |
| §3.3 最大节约模型 | 第37-51页 |
| §3.3.1 简单有效的模型 | 第37页 |
| §3.3.2 计算复杂性 | 第37-42页 |
| §3.3.3 分支限界算法 | 第42-43页 |
| §3.3.4 贪心算法 | 第43-45页 |
| §3.3.5 复合算法 | 第45-46页 |
| §3.3.6 实验比较 | 第46-50页 |
| §3.3.7 结论 | 第50-51页 |
| §3.4 特定基因型序列分型 | 第51-56页 |
| §3.5 本章小结 | 第56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 第四章 家系数据集单体分型 | 第59-93页 |
| §4.1 问题定义 | 第59-63页 |
| §4.1.1 家系及家系数据集单体分型 | 第59-61页 |
| §4.1.2 重组 | 第61-63页 |
| §4.2 已有的工作 | 第63-64页 |
| §4.3 k-最少重组单体分型 | 第64-75页 |
| §4.3.1 模型 | 第64-65页 |
| §4.3.2 动态规划算法 | 第65-69页 |
| §4.3.3 寻根策略 | 第69-72页 |
| §4.3.4 实验比较 | 第72-74页 |
| §4.3.5 结论 | 第74-75页 |
| §4.4 零重组单体分型 | 第75-90页 |
| §4.4.1 三元家庭单体分型和HCL-连锁 | 第75-78页 |
| §4.4.2 合并操作 | 第78-80页 |
| §4.4.3 传递操作 | 第80-81页 |
| §4.4.4 线性时间算法 | 第81-86页 |
| §4.4.5 扩展问题 | 第86-89页 |
| §4.4.6 实验比较 | 第89-90页 |
| §4.4.7 结论 | 第90页 |
| §4.5 本章小结 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-93页 |
| 第五章 单体型频率估计 | 第93-109页 |
| §5.1 已有的工作 | 第93-97页 |
| §5.1.1 最大似然估计和EM算法 | 第93-94页 |
| §5.1.2 群体数据集单体型频率估计 | 第94-97页 |
| §5.2 家系数据集单体型频率估计 | 第97-107页 |
| §5.2.1 三元家庭中单体型频率估计 | 第98-101页 |
| §5.2.2 一般家系中单体型频率估计 | 第101-102页 |
| §5.2.3 PL-EM算法 | 第102-103页 |
| §5.2.4 实验比较 | 第103-107页 |
| §5.2.5 结论 | 第107页 |
| §5.3 本章小结 | 第107页 |
| 参考文献 | 第107-109页 |
| 第六章 总结 | 第109-115页 |
| §6.1 本文工作 | 第109-111页 |
| §6.2 本文贡献与创新之处 | 第111-113页 |
| §6.3 进一步工作 | 第113-114页 |
| 参考文献 | 第114-115页 |
| 附录A 插图索引 | 第115-116页 |
| 附录B 表格索引 | 第116-117页 |
| 附录C 算法索引 | 第117-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 在读期间参加的科研项目 | 第121-123页 |
| 在读期间发表和录用的论文 | 第123-124页 |
