| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一部分 基于系统发育分析的基因表达数据处理方法及其应用 | 第11-47页 |
| 第1章 基因芯片分析的基本方法 | 第13-23页 |
| ·简介 | 第13-19页 |
| ·基因芯片发展史及分类 | 第13-14页 |
| ·基因芯片检测基因差异表达 | 第14-16页 |
| ·基因芯片数据的存储和分析 | 第16-19页 |
| ·基因芯片数据分析方法 | 第19-23页 |
| ·简介 | 第19-20页 |
| ·距离测度 | 第20-21页 |
| ·聚类分析 | 第21-23页 |
| 第2章 检测基因序列与表达分歧间的关联:以SERPIN基因为例 | 第23-41页 |
| ·研究背景 | 第23-31页 |
| ·丝氨酸蛋白酶抑制剂的生理和病理学功能 | 第23-25页 |
| ·同义和非同义核苷酸替代 | 第25-28页 |
| ·基因重复 DDC进化模型 | 第28-30页 |
| ·SERPIN基因的进化 | 第30-31页 |
| ·材料和方法 | 第31-34页 |
| ·序列下载和序列分析 | 第31页 |
| ·基因芯片数据 | 第31-33页 |
| ·系统发育分析 | 第33页 |
| ·表达分析和标记 | 第33-34页 |
| ·统计分析 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-36页 |
| ·人类SERPIN基因间的系统发育关系 | 第34页 |
| ·将SERPIN超家族的表达数据标记在系统发育树上 | 第34-36页 |
| ·讨论 | 第36-41页 |
| 第3章 PhyloExp:一个基因表达数据系统发育分析软件 | 第41-47页 |
| ·PhyloExp系统的设计与实现 | 第41-44页 |
| ·程序基本框架 | 第41-42页 |
| ·程序实现的方法 | 第42-44页 |
| ·PhyloExp的应用实例 | 第44-46页 |
| ·基因芯片数据 | 第44页 |
| ·芯片数据标记细胞凋亡网络图 | 第44-46页 |
| ·进一步的工作 | 第46-47页 |
| 第二部分 基因水平转移检测软件的设计与实现 | 第47-97页 |
| 第4章 基因水平转移概述 | 第49-53页 |
| ·基因水平转移的定义 | 第49-50页 |
| ·基因水平转移生物学机制及若干问题 | 第50-53页 |
| ·由质粒或病毒等介导的基因水平转移 | 第50页 |
| ·基因的“直接”水平转移 | 第50-51页 |
| ·基因水平转移的若干问题 | 第51-53页 |
| 第5章 用T-REX和RHOM程序检测基因水平转移 | 第53-63页 |
| ·现有检测基因水平转移软件和算法 | 第53-55页 |
| ·T-REX和RHOM程序的安装或编译 | 第55页 |
| ·详述T-REX和RHOM程序的使用 | 第55-60页 |
| ·T-REX软件 | 第55-58页 |
| ·RHOM程序包 | 第58-60页 |
| ·用RHOM和T-REX程序检测基因水平转移 | 第60-61页 |
| ·讨论 | 第61-63页 |
| 第6章 HAPLY软件的基本框架 | 第63-97页 |
| ·HAPLY的设计 | 第63-66页 |
| ·背景 | 第63-65页 |
| ·Haply流程图 | 第65-66页 |
| ·编程工具 | 第66-71页 |
| ·Microsoft Visual C++ 6.0 | 第66页 |
| ·EMBOSS for Windows | 第66-67页 |
| ·QBlast | 第67-68页 |
| ·Blammer | 第68页 |
| ·Entrez Programming Utilities | 第68-70页 |
| ·Matlab | 第70-71页 |
| ·输入文件的处理 | 第71-72页 |
| ·替代算法的实现 | 第72-83页 |
| ·Wn算法 | 第72-79页 |
| ·Lawrence97算法 | 第79-83页 |
| ·系统基因组学方法的实现 | 第83-93页 |
| ·远程BLAST | 第83-86页 |
| ·获取基因所属物种的分类学信息 | 第86-89页 |
| ·识别异常系统发育关联 | 第89-93页 |
| ·进一步的工作 | 第93-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 附录 1 攻读博士学位期间发表的论文 | 第105-106页 |
| 附录 2 CNetBlast类源代码 | 第106-113页 |
| 附录 3 Parse_Wn_Online_Result.pl | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115-116页 |
| 附:论文相关的己发表论文 | 第116-134页 |
