| 摘要 | 第1-12页 |
| 第一部分 文献综述与研究进展 | 第12-40页 |
| 第一章 生物信息学简介 | 第13-22页 |
| 1 生物信息学及其产生 | 第13-14页 |
| 2 现代生物信息学的主要研究领域及其进展 | 第14-17页 |
| 2．1 基因组学 | 第15-16页 |
| 2．2 蛋白组学 | 第16页 |
| 2．3 基因组和蛋白组研究中的生物信息学 | 第16-17页 |
| 3 生物信息学的主要研究内容 | 第17-19页 |
| 4 生物信息学研究的基本方法和前沿技术 | 第19-22页 |
| 4．1 基本方法 | 第19-20页 |
| 4．2 前沿技术 | 第20-22页 |
| 第二章 生物数据库及其搜索和查询系统 | 第22-27页 |
| 1 重要的生物数据库简介 | 第22-24页 |
| 2 常用的数据库查询和搜索系统 | 第24-27页 |
| 2．1 数据库查询系统 | 第25-26页 |
| 2．2 数据库搜索程序 | 第26-27页 |
| 第三章 cDNA文库及大规模EST测序 | 第27-37页 |
| 1 cDNA文库的构建 | 第27-31页 |
| 1．1 理想cDNA文库的质量参数 | 第27-29页 |
| 1．2 cDNA文库构建的方法 | 第29页 |
| 1．3 构建cDNA文库的载体系统 | 第29-31页 |
| 1．3．1 ∧噬菌体载体 | 第29-30页 |
| 1．3．2 质粒载体 | 第30页 |
| 1．3．3 噬菌粒载体 | 第30-31页 |
| 1．3．4 哺乳类细胞表达载体 | 第31页 |
| 2 EST测序及分析 | 第31-34页 |
| 3 EST的应用 | 第34-37页 |
| 3．1 构建EST数据库 | 第34页 |
| 3．2 发现新基因 | 第34-35页 |
| 3．3 应用于基因表达概况研究 | 第35页 |
| 3．4 构建遗传学图谱 | 第35-36页 |
| 3．5 制作生物芯片 | 第36-37页 |
| 第四章 家蚕EST计划 | 第37-40页 |
| 1 家蚕EST研究现状 | 第37-38页 |
| 2 家蚕EST数据分析研究的目的和意义 | 第38-39页 |
| 3 家蚕EST数据分析流程图(本实验室用) | 第39-40页 |
| 第二部分 研究内容 | 第40-82页 |
| 第一章 研究方案设计 | 第41-46页 |
| 1 目的与意义 | 第41页 |
| 2 研究的主要内容 | 第41-44页 |
| 2．1 建立家蚕的分子生物学数据库 | 第41-42页 |
| 2．2 基于WEB以BLAST程序为主建立本地化的同源序列比对(LOCAL ALIGNMENT) | 第42页 |
| 2．3 建立核酸序列电子自动延伸系统 | 第42-43页 |
| 2．4 建立相应的检索系统 | 第43页 |
| 2．5 建立参照数据库 | 第43页 |
| 2．6 建立实验室的专业平台 | 第43-44页 |
| 3 分析系统框架图 | 第44-46页 |
| 第二章 家蚕EST数据库的建立 | 第46-63页 |
| 1 数据来源及处理 | 第46-47页 |
| 1．1 下载混合数据库 | 第46页 |
| 1．2 数据解压缩与解包 | 第46-47页 |
| 1．3 过滤程序算法描述 | 第47页 |
| 2 基于WEB的BLAST程序本地化实现 | 第47-55页 |
| 2．1 WEB界面的BLAST软件的构建 | 第47-53页 |
| 2．1．1 WEB界面的BLAST软件的安装 | 第47-49页 |
| 2．1．2 本地化BLAST系统的使用 | 第49-53页 |
| 2．2 检索用数据库的准备 | 第53-54页 |
| 2．3 BLAST软件的配置 | 第54-55页 |
| 2．4 BLAST分析环境的建立与使用 | 第55页 |
| 3 核酸序列电子自动延伸系统的建立 | 第55-59页 |
| 3．1 电子延伸的生物信息学策略 | 第56页 |
| 3．2 程序设计 | 第56-58页 |
| 3．3 程序运行要求 | 第58页 |
| 3．4 电子延伸流程图 | 第58-59页 |
| 4 参照数据库的建立 | 第59-60页 |
| 4．1 建立目的 | 第59页 |
| 4．2 数据来源 | 第59-60页 |
| 4．3 建立方法 | 第60页 |
| 4．3．1 获得数据 | 第60页 |
| 4．3．2 数据的解压缩 | 第60页 |
| 5 检索系统的建立 | 第60-61页 |
| 6 专业网站的建立 | 第61-63页 |
| 6．1 建立网站目的 | 第61页 |
| 6．2 建立方法 | 第61-63页 |
| 6．2．1 操作系统选择 | 第61页 |
| 6．2．2 安装和提供服务 | 第61-63页 |
| 第三章 结果与分析 | 第63-72页 |
| 1 本地化BLAST检索系统 | 第63页 |
| 2 核酸序列电子自动延伸系统 | 第63-64页 |
| 3 参照数据库 | 第64页 |
| 4 生物信息学分析平台图例 | 第64-68页 |
| 5 讨论 | 第68-72页 |
| 5．1 计算机硬件对本研究的影响 | 第68-70页 |
| 5．1．1 CPU | 第68页 |
| 5．1．2 内存 | 第68-69页 |
| 5．1．3 显示卡 | 第69页 |
| 5．1．4 SCSI卡 | 第69页 |
| 5．1．5 主板 | 第69页 |
| 5．1．6 光驱(CD-ROM) | 第69页 |
| 5．1．7 网卡 | 第69页 |
| 5．1．8 硬盘 | 第69页 |
| 5．1．9 其它 | 第69-70页 |
| 5．2 电子自动延伸系统举例 | 第70-71页 |
| 5．2．1 种子序列 | 第70页 |
| 5．2．2 电子延伸 | 第70-71页 |
| 5．3 数据库的安全 | 第71-72页 |
| 5．4 BLAST检索的敏感性 | 第72页 |
| 5．5 与其他家蚕数据库序列比对的比较 | 第72页 |
| 第四章 家蚕蛹cDNA序列ORF上游启动子研究初探 | 第72-82页 |
| 1 启动子预测研究的意义 | 第72-73页 |
| 2 真核生物的启动子结构 | 第73-75页 |
| 3 真核启动子预测研究进展 | 第75-76页 |
| 3．1 启动子预测所面临的难题 | 第75页 |
| 3．2 启动子预测算法分类 | 第75-76页 |
| 4 利用序列中碱基分布的统计规律来分辨启动子不同的DNA功能区域 | 第76-82页 |
| 参考文献 | 第82-87页 |
| 附表：本实验室提交的部分EST序列(1167条) | 第87-89页 |
