| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-16页 |
| ·研究背景 | 第12-13页 |
| ·研究方法简介 | 第13-16页 |
| ·分子对接 | 第13页 |
| ·分子动力学模拟 | 第13-14页 |
| ·自由能计算 | 第14-15页 |
| ·包合物结合能计算 | 第15-16页 |
| 第二章 分子对接方法研究主-客体分子的包合作用 | 第16-36页 |
| ·计算方法和模型 | 第16-19页 |
| ·分子对接 | 第16-17页 |
| ·主、客体的分子模型和力场参数 | 第17-19页 |
| ·结果与讨论 | 第19-35页 |
| ·不同甘氨酸环十肽修饰物的空腔变化 | 第19-21页 |
| ·甘氨酸环十肽与药物分子的对接结果分析 | 第21-23页 |
| ·碱性氨基酸修饰的(Gly)_(10)与药物分子的对接结果分析 | 第23-28页 |
| ·中性氨基酸修饰的(Gly)_(10)与药物分子的对接结果分析 | 第28-32页 |
| ·甘氨酸环十肽修饰物的手性识别特性 | 第32-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第三章 平均力势方法研究甘氨酸环十肽与客体的包合过程 | 第36-57页 |
| ·计算方法和模型 | 第36-40页 |
| ·甘氨酸环十肽包合扑热息痛的动力学微观过程 | 第40-44页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第40-42页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物结合能 | 第42-44页 |
| ·甘氨酸环十肽包合氨基马尿酸的动力学微观过程 | 第44-47页 |
| ·PMF方法计算氨基马尿酸包合体系的自由能 | 第44-46页 |
| ·MM_PBSA方法自由能极小值处包合物的结合能 | 第46-47页 |
| ·甘氨酸环十肽包合苯坐卡因的动力学微观过程 | 第47-50页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第47-49页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物结合能 | 第49-50页 |
| ·甘氨酸环十肽包合甲苯丙胺的动力学微观过程 | 第50-53页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第50-51页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物结合能 | 第51-53页 |
| ·甘氨酸环十肽包合R-脉率定的动力学微观过程 | 第53-56页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第53-54页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物的结合能 | 第54-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 平均力势方法研究(Gly)_9-Thr与对映体的包合过程 | 第57-73页 |
| ·计算方法和模型 | 第57-59页 |
| ·(Gly)_9-Thr包合利胆醇对映体的动力学微观过程 | 第59-66页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第59-63页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物的结合能 | 第63-66页 |
| ·(Gly)_9-Thr包合安非他命对映体的动力学微观过程 | 第66-71页 |
| ·PMF方法计算包合体系的自由能 | 第66-68页 |
| ·MM_PBSA方法计算自由能极小值处包合物的结合能 | 第68-71页 |
| ·本章小结 | 第71-73页 |
| 第五章 甘氨酸环十肽包合客体的动力学模拟 | 第73-86页 |
| ·计算方法 | 第73-75页 |
| ·甘氨酸环十肽包合扑热息痛的动力学模拟 | 第75-77页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第75-77页 |
| ·甘氨酸环十肽包合氨基马尿酸的动力学模拟 | 第77-79页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第77-79页 |
| ·甘氨酸环十肽包合苯坐卡因的动力学模拟 | 第79-81页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第79-81页 |
| ·甘氨酸环十肽包合甲苯丙胺的动力学模拟 | 第81-83页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第81-83页 |
| ·甘氨酸环十肽包合R-脉律定的动力学模拟 | 第83-84页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第83-84页 |
| ·本章小结 | 第84-86页 |
| 第六章 (Gly)_9-Thr包合对映体的动力学模拟 | 第86-93页 |
| ·计算方法 | 第86页 |
| ·(Gly)_9-Thr包合利胆醇对映体的动力学模拟 | 第86-88页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第86-88页 |
| ·(Gly)_9-Thr包合安非他命对映体的动力学模拟 | 第88-90页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第88-90页 |
| ·(Gly)_9-Thr包合妥卡胺对映体的动力学模拟 | 第90-92页 |
| ·MM_PBSA方法计算包合物的结合能 | 第90-92页 |
| ·本章小结 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-98页 |
| 研究生期间发表的学术论文 | 第98-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
