| 目录 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第8-14页 |
| ·生物信息学 | 第8-10页 |
| ·DNA片段拼接方法研究现状 | 第10-11页 |
| ·本课题的主要研究内容 | 第11-12页 |
| ·论文的结构 | 第12-14页 |
| 第二章 基因组DNA测序简介 | 第14-19页 |
| ·中心法则及基因组的概念 | 第14-15页 |
| ·大规模全基因组测序技术简介 | 第15-18页 |
| ·序列测定(sequencing) | 第16页 |
| ·碱基读出(base calling) | 第16-17页 |
| ·片段拼接 | 第17-18页 |
| ·完成(finishing) | 第18页 |
| ·小结 | 第18-19页 |
| 第三章 片段拼接问题及现有技术 | 第19-24页 |
| ·DNA序列重构问题 | 第19-20页 |
| ·基于Hamilton路径方法的Phrap实现技术 | 第20-22页 |
| ·基于Euler路径方法的EULER简介 | 第22页 |
| ·两种拼接技术的比较与分析 | 第22-24页 |
| 第四章 基于特征子串的重复子序列信息屏蔽方法 | 第24-32页 |
| ·含相同重复子序列片段间的关系分析 | 第24-25页 |
| ·独特定长子串对片段的标识作用 | 第25-27页 |
| ·基于特征子串的重复子序列信息屏蔽方法 | 第27-31页 |
| ·方法描述 | 第27-29页 |
| ·特征子串信息统计算法的实现技术 | 第29-30页 |
| ·实验结果 | 第30-31页 |
| ·小结 | 第31-32页 |
| 第五章 PDL-Assembler的拼接方法及其实现 | 第32-43页 |
| ·PDL-Assembler拼接软件的框架及数据结构 | 第32-36页 |
| ·PDL-Assembler的拼接过程 | 第36-39页 |
| ·片段比对 | 第36页 |
| ·链表融合 | 第36-37页 |
| ·合并contig | 第37-38页 |
| ·基于特征子串的片段拼接算法 | 第38-39页 |
| ·测试与结果分析 | 第39-42页 |
| ·运行时间的测试与比较 | 第40-41页 |
| ·拼接结果准确性的测试与比较 | 第41-42页 |
| ·结论 | 第42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第六章 片段拼接的并行处理方法及实现 | 第43-48页 |
| ·片段拼接的并行处理方法 | 第43-44页 |
| ·PDL-Assembler的并行性分析 | 第43-44页 |
| ·片段数据的并行扫描方法 | 第44页 |
| ·MPI并行环境简介 | 第44-45页 |
| ·并行方法的实现与通讯优化 | 第45-46页 |
| ·并行加速性能测试 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-48页 |
| 第七章 结束语 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-52页 |
