| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 图目录 | 第15-16页 |
| 表目录 | 第16-17页 |
| 缩略词 | 第17-18页 |
| 第1章 文献综述 | 第18-38页 |
| ·基于连锁作图的QTL定位分析 | 第18-21页 |
| ·QTL作图的原理及QTL定位的必要条件 | 第18-19页 |
| ·QTL的作图群体 | 第19页 |
| ·QTL的定位方法 | 第19页 |
| ·QTL定位的应用 | 第19-20页 |
| ·QTL定位的局限性 | 第20-21页 |
| ·基于连锁不平衡的关联分析 | 第21页 |
| ·关联分析的原理 | 第21-27页 |
| ·连锁不平衡的遗传学意义 | 第21-22页 |
| ·连锁不平衡的度量 | 第22-24页 |
| ·影响LD的因素和LD的衰减 | 第24-27页 |
| ·关联分析的基本方法 | 第27-29页 |
| ·植物关联分析研究进展 | 第29-34页 |
| ·玉米 | 第29-31页 |
| ·拟南芥 | 第31页 |
| ·水稻 | 第31-32页 |
| ·大豆 | 第32-34页 |
| ·其它植物 | 第34页 |
| ·关联分析的应用前景 | 第34-37页 |
| ·关联分析与功能标记的开发及应用 | 第34-35页 |
| ·关联分析与连锁作图的整合 | 第35-36页 |
| ·关联分析与植物基因组学相结合 | 第36-37页 |
| ·本论文研究意义与技术路线 | 第37-38页 |
| 第2章 水稻关联定位群体的构建 | 第38-59页 |
| ·引言 | 第38-40页 |
| ·材料与方法 | 第40-42页 |
| ·供试材料 | 第40页 |
| ·农艺性状考察 | 第40页 |
| ·SSR标记分析 | 第40-41页 |
| ·DNA提取 | 第40-41页 |
| ·PCR扩增体系 | 第41页 |
| ·电泳和银染体系 | 第41页 |
| ·遗传多样性、群体结构和聚类分析 | 第41-42页 |
| ·LD的衡量 | 第42页 |
| ·结果与分析 | 第42-55页 |
| ·遗传多样性 | 第42-45页 |
| ·群体结构 | 第45-47页 |
| ·各亚群之间的遗传关系 | 第47页 |
| ·各亚群的群体遗传多样性 | 第47-48页 |
| ·连锁不平衡分析 | 第48-52页 |
| ·表型性状的多样性 | 第52-55页 |
| ·讨论 | 第55-59页 |
| ·全基因组扫描分析体系 | 第55-57页 |
| ·水稻遗传群体结构和LD | 第57-58页 |
| ·广义遗传力及群体结构的效应 | 第58-59页 |
| 第3章 稻米淀粉品质性状的关联分析及分子标记辅助选择育种 | 第59-87页 |
| ·引言 | 第59-63页 |
| ·材料与方法 | 第63-67页 |
| ·供试材料与群体构建 | 第63-64页 |
| ·关联定位群体 | 第63页 |
| ·重组自交系群体 | 第63页 |
| ·标记辅助选择材料及技术路线 | 第63-64页 |
| ·淀粉品质性状的测定 | 第64-65页 |
| ·表观直链淀粉含量(AAC)测定 | 第64页 |
| ·淀粉粘滞性谱测定 | 第64-65页 |
| ·淀粉凝胶的质地测定 | 第65页 |
| ·香味测定 | 第65页 |
| ·分子标记分析 | 第65-67页 |
| ·DNA提取 | 第65页 |
| ·标记引物序列 | 第65-66页 |
| ·PCR扩增体系 | 第66页 |
| ·电泳检测体系 | 第66-67页 |
| ·关联分析 | 第67页 |
| ·数据统计分析 | 第67页 |
| ·结果与分析 | 第67-82页 |
| ·淀粉品质性状的关联分析 | 第67-72页 |
| ·淀粉品质性状变异分析 | 第67-68页 |
| ·淀粉品质与候选基因的关联分析 | 第68-70页 |
| ·基于全基因组的淀粉品质关联分析 | 第70-72页 |
| ·RIL群体淀粉理化特性与分子标记的相关分析 | 第72-77页 |
| ·线粒体标记分析 | 第72页 |
| ·淀粉理化特性分析 | 第72-76页 |
| ·SSR等位基因分析 | 第76页 |
| ·SSR与淀粉特性的相关分析 | 第76-77页 |
| ·分子标记辅助选择育种 | 第77-82页 |
| ·关联定位群体中香味基因的鉴定 | 第77页 |
| ·F_2群体基因型检测 | 第77-80页 |
| ·表型性状与标记等位基因的关联 | 第80页 |
| ·BC_1F_1群体中的MAS | 第80页 |
| ·BC_2F_1群体中的MAS | 第80-82页 |
| ·BC_2F_2群体中的MAS | 第82页 |
| ·BC_2F_3群体中的选择 | 第82页 |
| ·讨论 | 第82-87页 |
| ·水稻淀粉品质性状的关联分析 | 第82-83页 |
| ·RIL群体淀粉品质性状的相关分析 | 第83-84页 |
| ·功能标记的开发与分子标记辅助选择育种 | 第84-87页 |
| 第4章 稻米营养品质性状的关联分析及QTL定位 | 第87-111页 |
| ·引言 | 第87-90页 |
| ·材料与方法 | 第90-93页 |
| ·供试材料 | 第90页 |
| ·水稻关联定位群体 | 第90页 |
| ·DH群体 | 第90页 |
| ·糙米颜色测定 | 第90-91页 |
| ·营养品质的测定 | 第91-92页 |
| ·多酚总含量的测定 | 第91页 |
| ·类黄酮含量的测定 | 第91页 |
| ·抗氧化活性测定 | 第91-92页 |
| ·Rc、Ra基因片段扩增 | 第92页 |
| ·关联分析 | 第92-93页 |
| ·DH群体的QTL分析 | 第93页 |
| ·数据分析 | 第93页 |
| ·结果与分析 | 第93-107页 |
| ·Rc、Ra基因片段扩增分析 | 第93-94页 |
| ·群体性状数据分析 | 第94-95页 |
| ·全群体水稻材料关联分析 | 第95-98页 |
| ·群体中白米材料的关联分析 | 第98-102页 |
| ·DH群体QTL定位分析 | 第102-107页 |
| ·稻米颜色参数、营养品质性状在亲本间和DH群体中的表现 | 第102页 |
| ·稻米颜色参数、营养品质性状之间的相关性分析 | 第102-104页 |
| ·颜色参数性状QTL定位分析 | 第104页 |
| ·营养品质性状QTL定位分析 | 第104-107页 |
| ·讨论 | 第107-111页 |
| 参考文献 | 第111-125页 |
| 作者简介 | 第125-126页 |