两种特殊类型蛋白质功能残基的预测与生物序列比对
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 主要创新点 | 第8-9页 |
| 前言 | 第9-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-22页 |
| ·生物信息学概述 | 第16页 |
| ·生物信息学的研究内容及现状 | 第16-19页 |
| ·论文要解决的问题 | 第19-20页 |
| ·论文的主要成果与应用 | 第20-22页 |
| 第二章 二重序列比对与SPA算法 | 第22-32页 |
| ·序列比对简介 | 第22-26页 |
| ·序列比对的意义与应用 | 第22-23页 |
| ·突变的类型 | 第23-24页 |
| ·序列比对的方法与类型 | 第24-25页 |
| ·序列比对的数学描述 | 第25-26页 |
| ·动态规划算法 | 第26-27页 |
| ·算法的基本步骤 | 第26-27页 |
| ·动态规划算法的几点说明 | 第27页 |
| ·SPA算法 | 第27-32页 |
| ·SPA算法的原理与要点 | 第28-29页 |
| ·SPA算法的基本算法步骤 | 第29-31页 |
| ·关于SPA算法的几点说明 | 第31-32页 |
| 第三章 一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法 | 第32-38页 |
| ·一般得分矩阵下的序列比对模型 | 第32-34页 |
| ·位移突变的统计估计 | 第34-35页 |
| ·模拟计算 | 第35-38页 |
| 第四章 预测酶的催化残基 | 第38-68页 |
| ·简介 | 第38-40页 |
| ·酶、催化残基和催化部位 | 第38页 |
| ·定位酶的催化残基 | 第38-39页 |
| ·现有的预测方法 | 第39-40页 |
| ·存在的问题与本文的目标 | 第40页 |
| ·数据集 | 第40-44页 |
| ·数据集的构建 | 第41-43页 |
| ·关于数据集的两点说明 | 第43-44页 |
| ·精度评估 | 第44页 |
| ·预测流程 | 第44-45页 |
| ·基于序列的特征设计 | 第45-47页 |
| ·ResType特征 | 第45页 |
| ·PSSM特征和EntWOP特征 | 第45-46页 |
| ·AveCH特征 | 第46-47页 |
| ·CRPair特征 | 第47页 |
| ·预测模型的构建 | 第47-49页 |
| ·分类器选择 | 第47-48页 |
| ·特征排序 | 第48页 |
| ·参数选择 | 第48-49页 |
| ·特征选择 | 第49页 |
| ·预测结果评估 | 第49-60页 |
| ·基准预测方法 | 第50-51页 |
| ·初步比较 | 第51-53页 |
| ·在T-124数据集上的测试 | 第53-54页 |
| ·与FRPred的比较 | 第54-56页 |
| ·置信值 | 第56-60页 |
| ·对参数和特征的分析 | 第60-68页 |
| ·支持向量机核函数的贡献 | 第60-61页 |
| ·特征选择和参数选择的贡献 | 第61页 |
| ·对特征的初步分析 | 第61-63页 |
| ·残基保守性与催化残基的联系 | 第63-65页 |
| ·残基类型与催化残基的联系 | 第65-66页 |
| ·疏水性和催化残基的联系 | 第66页 |
| ·序列模式和催化残基的联系 | 第66-68页 |
| 第五章 预测蛋白质的RNA绑定残基 | 第68-104页 |
| ·简介 | 第68-73页 |
| ·蛋白质和RNA的相互作用 | 第68页 |
| ·研究现状 | 第68-70页 |
| ·已有的预测方法 | 第70-71页 |
| ·RNA绑定残基的定义方式 | 第71-72页 |
| ·目前的问题与本文的目标 | 第72-73页 |
| ·数据集 | 第73-75页 |
| ·文献数据集 | 第73-74页 |
| ·测试数据集 | 第74页 |
| ·精度评估 | 第74-75页 |
| ·预测流程 | 第75-76页 |
| ·基于序列的特征设计 | 第76-83页 |
| ·基于残基类型的特征 | 第77页 |
| ·基于保守性的特征 | 第77-78页 |
| ·基于二级结构的特征 | 第78-81页 |
| ·基于相对溶剂可及面积的特征 | 第81-83页 |
| ·组合特征 | 第83页 |
| ·关于PSIPRED和SPINE的一点说明 | 第83页 |
| ·预测模型的构建 | 第83-86页 |
| ·分类器选择 | 第84页 |
| ·全局参数选择 | 第84-85页 |
| ·特征选择 | 第85页 |
| ·局部参数选择 | 第85-86页 |
| ·预测结果评估 | 第86-93页 |
| ·与已有预测方法的比较 | 第86-91页 |
| ·在RB48数据集上的测试 | 第91-92页 |
| ·补充说明 | 第92-93页 |
| ·对所选特征的分析 | 第93-104页 |
| ·初步分析 | 第93-95页 |
| ·对预测的二级结构与相对溶剂可及面积的分析 | 第95-96页 |
| ·残基类型与RNA绑定残基的联系 | 第96-97页 |
| ·序列保守性与RNA绑定残基的联系 | 第97-99页 |
| ·二级结构与RNA绑定残基的联系 | 第99-100页 |
| ·相对溶剂可及面积与RNA绑定残基的联系 | 第100页 |
| ·组合特征与RNA绑定残基的联系 | 第100-104页 |
| 第六章 DNA计算概述 | 第104-110页 |
| ·DNA计算的提出 | 第104-106页 |
| ·哈密顿路径问题 | 第104-105页 |
| ·Adleman的DNA计算模型 | 第105-106页 |
| ·DNA计算的生物学基础 | 第106-107页 |
| ·DNA分子是信息的载体 | 第106页 |
| ·DNA分子的操作 | 第106-107页 |
| ·分子计算 | 第107页 |
| ·DNA计算的应用和现状 | 第107-110页 |
| ·DNA计算的应用 | 第108页 |
| ·DNA计算的优点及存在的问题 | 第108-110页 |
| 第七章 可纠错的DNA操作系统及模拟计算 | 第110-118页 |
| ·突变误差的数据空间 | 第110-113页 |
| ·突变误差的定义 | 第110页 |
| ·突变误差的度量问题 | 第110-111页 |
| ·突变误差的纠错码 | 第111-113页 |
| ·DNA操作系统中的纠错码设计与应用 | 第113-114页 |
| ·DNA计算问题的选择 | 第113页 |
| ·哈密顿回路问题的DNA操作树 | 第113-114页 |
| ·DNA操作树的删除运算 | 第114页 |
| ·哈密顿回路问题的DNA操作系统 | 第114页 |
| ·DNA计算中突变误差的克服 | 第114页 |
| ·哈密顿回路问题的DNA模拟计算 | 第114-116页 |
| ·小结 | 第116-118页 |
| 第八章 结束语 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 附录一 推广SPA算法中的定理证明 | 第136-140页 |
| 附录二 CRpred的完整ROC曲线 | 第140-144页 |
| 个人简历 | 第144-145页 |
| 附发表论文 | 第145-147页 |
