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基于mRNA和miRNA组学研究内生真菌提高野大麦耐盐机理

中文摘要第3-5页
Abstract第5-7页
引言第13-15页
第一章 文献综述第15-35页
    1.1 盐胁迫对植物的伤害第15页
        1.1.1 原初盐害第15页
        1.1.2 次生盐害第15页
        1.1.3 盐对植物生长的影响第15页
    1.2 植物耐盐机理第15-22页
        1.2.1 植物脱毒耐盐第16页
        1.2.2 重建体内平衡第16-18页
        1.2.3 植物盐胁迫信号转导及其调控机制第18-22页
    1.3 野大麦基本特征及利用第22-23页
        1.3.1 野大麦基本特征第22页
        1.3.2 野大麦耐盐性利用第22-23页
    1.4 内生真菌-植物共生体对耐盐胁迫的影响第23-29页
        1.4.1 内生真菌与抗逆性第23-24页
        1.4.2 盐碱胁迫下内生真菌对宿主禾草生长发育影响第24-25页
        1.4.3 内生真菌减少盐碱胁迫对宿主禾草的原初盐害第25-27页
        1.4.4 内生真菌减少盐碱胁迫对宿主禾草的次生盐害第27-29页
    1.5 转录组技术在植物抗逆中的应用第29-31页
        1.5.1 转录组在植物抗逆中的研究进展第29-30页
        1.5.2 转录组技术在禾草内生真菌中研究进展第30-31页
    1.6 miRNA与植物抗逆第31-33页
        1.6.1 miRNA简介及其作用方式第31-32页
        1.6.2 miRNA与植物抗逆第32-33页
    1.7 研究目的第33-35页
第二章 盐胁迫下野大麦内生真菌共生体转录组变化第35-83页
    2.1 前言第35页
    2.2 材料与方法第35-40页
        2.2.1 材料来源与试验处理第35-36页
        2.2.2 理化指标测定方法第36页
        2.2.3 取样及提取总RNA第36-37页
        2.2.4 野大麦转录组测序第37页
        2.2.5 RNA中基因组DNA的去除和反转录第37页
        2.2.6 实时荧光定量PCR第37-39页
        2.2.7 转录组测序流程及测序数据质量控制第39-40页
        2.2.8 差异基因的分析方法第40页
        2.2.9 理化指标结果统计分析方法第40页
    2.3 结果与分析第40-76页
        2.3.1 内生真菌对盐胁迫下野大麦部分理化指标影响第40-44页
        2.3.2 野大麦RNA电泳结果第44页
        2.3.3 RNA-seq高通量测序数据质量评估第44-47页
        2.3.4 比对参考基因组分析第47-49页
        2.3.5 mRNA表达量分析第49-50页
        2.3.6 样本相关性分析第50-52页
        2.3.7 转录组差异基因第52-54页
        2.3.8 部分差异基因实时荧光定量PCR第54-55页
        2.3.9 差异基因的功能聚类分析第55-63页
        2.3.10 差异基因的通路分析第63-76页
    2.4 讨论第76-82页
        2.4.1 内生真菌促进宿主野大麦盐胁迫下理化指标含量第77-78页
        2.4.2 内生真菌促进宿主野大麦启动了防御反应基因第78-79页
        2.4.3 内生真菌促进宿主野大麦启动了植物-病原体互作通路基因第79-80页
        2.4.4 内生真菌调控植物激素相关基因来提高宿主野大麦耐盐性第80-81页
        2.4.5 WRKY转录因子在内生真菌提高野大麦耐盐性中的作用第81页
        2.4.6 内生真菌影响糖代谢和光合作用相关基因第81-82页
    2.5 本章小结第82-83页
第三章 Epichloё bromicola内生真菌转录组变化第83-104页
    3.1 前言第83页
    3.2 材料与方法第83-84页
        3.2.1 离体培养野大麦内生真菌第83-84页
        3.2.2 野大麦内生真菌转录组测序流程及数据分析第84页
    3.3 结果与分析第84-100页
        3.3.1 离体内生真菌RNA结果第84-85页
        3.3.2 高通量测序数据质量评估第85页
        3.3.3 比对到真菌参考基因组分析第85-87页
        3.3.4 内生真菌mRNA表达量分析第87页
        3.3.5 样本相关性和聚类分析第87-89页
        3.3.6 内生真菌转录组差异表达分析第89-90页
        3.3.7 内生真菌差异表达基因的功能通路分析第90-100页
    3.4 讨论第100-103页
        3.4.1 内生真菌与宿主共生显著影响到糖代谢第100-101页
        3.4.2 内生真菌与宿主共生显著影响到氨基酸和莽草酸途径第101-102页
        3.4.3 内生真菌提高了ROS清除力第102页
        3.4.4 内生真菌与宿主共生后通过信号通路调控共生互作第102-103页
    3.5 本章小结第103-104页
第四章 盐胁迫下野大麦内生真菌共生体小RNA变化第104-135页
    4.1 前言第104页
    4.2 材料与方法第104-107页
        4.2.1 盐分胁迫处理第104-105页
        4.2.2 取样及提取总RNA第105页
        4.2.3 野大麦小RNA测序流程及测序数据质量控制第105-106页
        4.2.4 野大麦miRNA表达量计算公式第106页
        4.2.5 野大麦的miRNA预测第106页
        4.2.6 野大麦差异miRNA分析方法第106页
        4.2.7 野大麦差异miRNA靶标预测第106页
        4.2.8 实时荧光定量PCR第106-107页
    4.3 结果与分析第107-130页
        4.3.1 野大麦小RNA建库质量第107-110页
        4.3.2 Reads与参考基因组比对结果第110页
        4.3.3 比对到Rfam数据库第110-112页
        4.3.4 野大麦miRNA分析第112-113页
        4.3.5 野大麦miRNA样本相关性分析第113-115页
        4.3.6 野大麦耐盐相关miRNA第115页
        4.3.7 野大麦miRNA差异表达分析第115-116页
        4.3.8 野大麦共差异表达的miRNA分析第116-119页
        4.3.9 DEmiRNA靶标预测第119-120页
        4.3.10 DEmiRNA靶基因功能聚类分析和功能富集第120-124页
        4.3.11 miRNA通过相关信号通路调控盐胁迫的作用机制第124-126页
        4.3.12 部分miRNA实时荧光定量PCR第126-127页
        4.3.13 miRNA与靶基因mRNA共分析第127-128页
        4.3.14 验证hvu-miR156靶基因MLOC_13032第128-130页
    4.4 讨论第130-134页
        4.4.1 耐盐相关的miRNA第130-132页
        4.4.2 内生真菌对差异miRNA影响第132页
        4.4.3 内生真菌通过茉莉酸信号调控宿主靶基因耐盐第132-133页
        4.4.4 hvu-miR156对靶基因的调控第133-134页
    4.5 本章小结第134-135页
第五章 主要结论与展望第135-138页
    5.1 研究总结第135-136页
    5.2 创新之处第136页
    5.3 研究展望第136-138页
参考文献第138-156页
在学期间的研究成果第156-158页
致谢第158-159页
附录第159-170页

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