| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 引言 | 第13-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-35页 |
| 1.1 盐胁迫对植物的伤害 | 第15页 |
| 1.1.1 原初盐害 | 第15页 |
| 1.1.2 次生盐害 | 第15页 |
| 1.1.3 盐对植物生长的影响 | 第15页 |
| 1.2 植物耐盐机理 | 第15-22页 |
| 1.2.1 植物脱毒耐盐 | 第16页 |
| 1.2.2 重建体内平衡 | 第16-18页 |
| 1.2.3 植物盐胁迫信号转导及其调控机制 | 第18-22页 |
| 1.3 野大麦基本特征及利用 | 第22-23页 |
| 1.3.1 野大麦基本特征 | 第22页 |
| 1.3.2 野大麦耐盐性利用 | 第22-23页 |
| 1.4 内生真菌-植物共生体对耐盐胁迫的影响 | 第23-29页 |
| 1.4.1 内生真菌与抗逆性 | 第23-24页 |
| 1.4.2 盐碱胁迫下内生真菌对宿主禾草生长发育影响 | 第24-25页 |
| 1.4.3 内生真菌减少盐碱胁迫对宿主禾草的原初盐害 | 第25-27页 |
| 1.4.4 内生真菌减少盐碱胁迫对宿主禾草的次生盐害 | 第27-29页 |
| 1.5 转录组技术在植物抗逆中的应用 | 第29-31页 |
| 1.5.1 转录组在植物抗逆中的研究进展 | 第29-30页 |
| 1.5.2 转录组技术在禾草内生真菌中研究进展 | 第30-31页 |
| 1.6 miRNA与植物抗逆 | 第31-33页 |
| 1.6.1 miRNA简介及其作用方式 | 第31-32页 |
| 1.6.2 miRNA与植物抗逆 | 第32-33页 |
| 1.7 研究目的 | 第33-35页 |
| 第二章 盐胁迫下野大麦内生真菌共生体转录组变化 | 第35-83页 |
| 2.1 前言 | 第35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-40页 |
| 2.2.1 材料来源与试验处理 | 第35-36页 |
| 2.2.2 理化指标测定方法 | 第36页 |
| 2.2.3 取样及提取总RNA | 第36-37页 |
| 2.2.4 野大麦转录组测序 | 第37页 |
| 2.2.5 RNA中基因组DNA的去除和反转录 | 第37页 |
| 2.2.6 实时荧光定量PCR | 第37-39页 |
| 2.2.7 转录组测序流程及测序数据质量控制 | 第39-40页 |
| 2.2.8 差异基因的分析方法 | 第40页 |
| 2.2.9 理化指标结果统计分析方法 | 第40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-76页 |
| 2.3.1 内生真菌对盐胁迫下野大麦部分理化指标影响 | 第40-44页 |
| 2.3.2 野大麦RNA电泳结果 | 第44页 |
| 2.3.3 RNA-seq高通量测序数据质量评估 | 第44-47页 |
| 2.3.4 比对参考基因组分析 | 第47-49页 |
| 2.3.5 mRNA表达量分析 | 第49-50页 |
| 2.3.6 样本相关性分析 | 第50-52页 |
| 2.3.7 转录组差异基因 | 第52-54页 |
| 2.3.8 部分差异基因实时荧光定量PCR | 第54-55页 |
| 2.3.9 差异基因的功能聚类分析 | 第55-63页 |
| 2.3.10 差异基因的通路分析 | 第63-76页 |
| 2.4 讨论 | 第76-82页 |
| 2.4.1 内生真菌促进宿主野大麦盐胁迫下理化指标含量 | 第77-78页 |
| 2.4.2 内生真菌促进宿主野大麦启动了防御反应基因 | 第78-79页 |
| 2.4.3 内生真菌促进宿主野大麦启动了植物-病原体互作通路基因 | 第79-80页 |
| 2.4.4 内生真菌调控植物激素相关基因来提高宿主野大麦耐盐性 | 第80-81页 |
| 2.4.5 WRKY转录因子在内生真菌提高野大麦耐盐性中的作用 | 第81页 |
| 2.4.6 内生真菌影响糖代谢和光合作用相关基因 | 第81-82页 |
| 2.5 本章小结 | 第82-83页 |
| 第三章 Epichloё bromicola内生真菌转录组变化 | 第83-104页 |
| 3.1 前言 | 第83页 |
| 3.2 材料与方法 | 第83-84页 |
| 3.2.1 离体培养野大麦内生真菌 | 第83-84页 |
| 3.2.2 野大麦内生真菌转录组测序流程及数据分析 | 第84页 |
| 3.3 结果与分析 | 第84-100页 |
| 3.3.1 离体内生真菌RNA结果 | 第84-85页 |
| 3.3.2 高通量测序数据质量评估 | 第85页 |
| 3.3.3 比对到真菌参考基因组分析 | 第85-87页 |
| 3.3.4 内生真菌mRNA表达量分析 | 第87页 |
| 3.3.5 样本相关性和聚类分析 | 第87-89页 |
| 3.3.6 内生真菌转录组差异表达分析 | 第89-90页 |
| 3.3.7 内生真菌差异表达基因的功能通路分析 | 第90-100页 |
| 3.4 讨论 | 第100-103页 |
| 3.4.1 内生真菌与宿主共生显著影响到糖代谢 | 第100-101页 |
| 3.4.2 内生真菌与宿主共生显著影响到氨基酸和莽草酸途径 | 第101-102页 |
| 3.4.3 内生真菌提高了ROS清除力 | 第102页 |
| 3.4.4 内生真菌与宿主共生后通过信号通路调控共生互作 | 第102-103页 |
| 3.5 本章小结 | 第103-104页 |
| 第四章 盐胁迫下野大麦内生真菌共生体小RNA变化 | 第104-135页 |
| 4.1 前言 | 第104页 |
| 4.2 材料与方法 | 第104-107页 |
| 4.2.1 盐分胁迫处理 | 第104-105页 |
| 4.2.2 取样及提取总RNA | 第105页 |
| 4.2.3 野大麦小RNA测序流程及测序数据质量控制 | 第105-106页 |
| 4.2.4 野大麦miRNA表达量计算公式 | 第106页 |
| 4.2.5 野大麦的miRNA预测 | 第106页 |
| 4.2.6 野大麦差异miRNA分析方法 | 第106页 |
| 4.2.7 野大麦差异miRNA靶标预测 | 第106页 |
| 4.2.8 实时荧光定量PCR | 第106-107页 |
| 4.3 结果与分析 | 第107-130页 |
| 4.3.1 野大麦小RNA建库质量 | 第107-110页 |
| 4.3.2 Reads与参考基因组比对结果 | 第110页 |
| 4.3.3 比对到Rfam数据库 | 第110-112页 |
| 4.3.4 野大麦miRNA分析 | 第112-113页 |
| 4.3.5 野大麦miRNA样本相关性分析 | 第113-115页 |
| 4.3.6 野大麦耐盐相关miRNA | 第115页 |
| 4.3.7 野大麦miRNA差异表达分析 | 第115-116页 |
| 4.3.8 野大麦共差异表达的miRNA分析 | 第116-119页 |
| 4.3.9 DEmiRNA靶标预测 | 第119-120页 |
| 4.3.10 DEmiRNA靶基因功能聚类分析和功能富集 | 第120-124页 |
| 4.3.11 miRNA通过相关信号通路调控盐胁迫的作用机制 | 第124-126页 |
| 4.3.12 部分miRNA实时荧光定量PCR | 第126-127页 |
| 4.3.13 miRNA与靶基因mRNA共分析 | 第127-128页 |
| 4.3.14 验证hvu-miR156靶基因MLOC_13032 | 第128-130页 |
| 4.4 讨论 | 第130-134页 |
| 4.4.1 耐盐相关的miRNA | 第130-132页 |
| 4.4.2 内生真菌对差异miRNA影响 | 第132页 |
| 4.4.3 内生真菌通过茉莉酸信号调控宿主靶基因耐盐 | 第132-133页 |
| 4.4.4 hvu-miR156对靶基因的调控 | 第133-134页 |
| 4.5 本章小结 | 第134-135页 |
| 第五章 主要结论与展望 | 第135-138页 |
| 5.1 研究总结 | 第135-136页 |
| 5.2 创新之处 | 第136页 |
| 5.3 研究展望 | 第136-138页 |
| 参考文献 | 第138-156页 |
| 在学期间的研究成果 | 第156-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
| 附录 | 第159-170页 |
