| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-7页 |
| 英文缩略词及英汉对照 | 第8-12页 |
| 第1章 前言 | 第12-29页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-25页 |
| 1.1.1 菊叶薯蓣植物学特点 | 第12-15页 |
| 1.1.2 薯蓣皂苷元的应用 | 第15-17页 |
| 1.1.3 植物甾醇的生物合成代谢 | 第17-22页 |
| 1.1.4 转录组测序技术和生物信息学发展 | 第22-25页 |
| 1.2 研究目的及意义 | 第25-27页 |
| 1.3 研究技术路线 | 第27-29页 |
| 第2章 蓣皂苷元含量测定以及皂苷组织定位 | 第29-39页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第29-30页 |
| 2.2.2 主要仪器与试剂 | 第30页 |
| 2.2.3 实验方法 | 第30-31页 |
| 2.2.3.1 样品采集与处理 | 第30页 |
| 2.2.3.2 气相色谱法测定薯蓣皂苷元含量 | 第30-31页 |
| 2.2.3.3 组织切片与观察 | 第31页 |
| 2.2.3.4 块茎中薯蓣皂苷的组织化学定位 | 第31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-38页 |
| 2.3.1 薯蓣皂苷元的含量 | 第31-33页 |
| 2.3.2 雌雄株菊叶薯蓣1月龄块茎和18月龄块茎组织切片 | 第33-36页 |
| 2.3.3 菊叶薯蓣皂苷组织化学定位 | 第36-38页 |
| 2.4 小结 | 第38-39页 |
| 第3章 录组测序、拼接和功能注释 | 第39-69页 |
| 3.1 引言 | 第39-43页 |
| 3.2 实验方法 | 第43-45页 |
| 3.2.1 主要试剂、仪器设备 | 第43页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第43-44页 |
| 3.2.2.1 RNA样品的提取 | 第43页 |
| 3.2.2.2 RNA样品的检测 | 第43-44页 |
| 3.2.3 软件及命令 | 第44-45页 |
| 3.3 结果与分析 | 第45-66页 |
| 3.3.1 RNA样品质量检测 | 第45-47页 |
| 3.3.2 雌雄株菊叶薯蓣转录组测序 | 第47页 |
| 3.3.3 测序原始数据质量评估 | 第47-52页 |
| 3.3.3.1 所有碱基的测序质量值（Q_(phred)）分布检查 | 第47-48页 |
| 3.3.3.2 单个位置碱基的测序质量值（Q_(phred)）分布检查 | 第48-50页 |
| 3.3.3.3 raw reads的测序质量值（Q_(phred)）分布检查 | 第50-51页 |
| 3.3.3.4 A/T/C/G含量分布检查 | 第51-52页 |
| 3.3.4 测序数据过滤 | 第52-53页 |
| 3.3.5 转录本拼接 | 第53-55页 |
| 3.3.6 菊叶薯蓣Unigene的筛选与功能注释 | 第55-57页 |
| 3.3.7 菊叶薯蓣Unigenes的分类 | 第57-66页 |
| 3.3.7.1 菊叶薯蓣Unigenes的GO分类 | 第57-60页 |
| 3.3.7.2 菊叶薯蓣Unigenes的KOG分类 | 第60-62页 |
| 3.3.7.3 菊叶薯蓣Unigenes的KEGG分类 | 第62-66页 |
| 3.4 小结 | 第66-69页 |
| 第4章 叶薯蓣雌雄株基因表达差异 | 第69-96页 |
| 4.1 引言 | 第69-70页 |
| 4.2 实验方法 | 第70-71页 |
| 4.3 结果与分析 | 第71-95页 |
| 4.3.1 雌雄株样本Unigenes的RPKM分布 | 第71-75页 |
| 4.3.2 雌雄株差异表达Unigenes分类 | 第75-92页 |
| 4.3.2.1 雌雄株差异表达的Unigene数量 | 第75页 |
| 4.3.2.2 雌雄株中差异表达Unigenes的GO分类 | 第75-82页 |
| 4.3.2.3 雌株中表达量较高的Unigene GO分类 | 第82-87页 |
| 4.3.2.4 雄株中表达量较高的Unigene GO分类 | 第87-92页 |
| 4.3.3 雌雄株样本表达差异基因的KEGG富集 | 第92-95页 |
| 4.4 小结 | 第95-96页 |
| 第5章 叶薯蓣皂苷元的生物合成途径 | 第96-137页 |
| 5.1 引言 | 第96-97页 |
| 5.2 实验方法 | 第97-99页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第97页 |
| 5.2.2 主要仪器与试剂 | 第97页 |
| 5.2.3 运行程序 | 第97页 |
| 5.2.4 实验方法 | 第97-99页 |
| 5.3 结果与分析 | 第99-134页 |
| 5.3.1 菊叶薯蓣次级代谢产物合成途径的分类 | 第99-101页 |
| 5.3.2 菊叶薯蓣皂苷元的生物合成途径 | 第101-127页 |
| 5.3.2.1 皂苷元生物合成代谢途径 | 第101-114页 |
| 5.3.2.2 部分皂苷元合成有关Unigene的序列信息 | 第114-117页 |
| 5.3.2.3 关键酶HMGR的结构、功能预测与进化树构建 | 第117-122页 |
| 5.3.2.4 关键酶CAS的结构、功能预测与进化树构建 | 第122-127页 |
| 5.3.3 菊叶薯蓣皂苷元合成有关基因的表达差异 | 第127-134页 |
| 5.3.3.1 皂苷元合成有关基因的雌雄株表达差异 | 第127-131页 |
| 5.3.3.2 10皂苷元合成有关基因的组织表达差异 | 第131-133页 |
| 5.3.3.3 4皂苷元合成有关基因在菊叶薯蓣和盾叶薯蓣中的差异 | 第133-134页 |
| 5.4 小结 | 第134-137页 |
| 第6章 讨论与结论 | 第137-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 参考文献 | 第143-154页 |
| 附录 | 第154页 |
