| 目录 | 第1-7页 |
| 中文摘要 | 第7-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| 符号说明及缩写词 | 第15-16页 |
| 第一章 研究背景和立题依据 | 第16-36页 |
| ·研究背景 | 第16-34页 |
| ·海洋沉积物微生物 | 第16-18页 |
| ·海洋沉积物概述 | 第16-17页 |
| ·海洋沉积物微生物在全球物质循环中的作用 | 第17-18页 |
| ·古菌研究进展 | 第18-26页 |
| ·可培养古菌系统分类研究进展 | 第18-23页 |
| ·不可培养古菌类群研究进展 | 第23-25页 |
| ·不可培养古菌MCG类群研究进展 | 第25-26页 |
| ·宏基因组学研究进展 | 第26-34页 |
| ·宏基因组学概述 | 第26页 |
| ·宏基因组学研究常用的技术 | 第26-30页 |
| ·宏基因组研究在基因序列方面的进展 | 第30页 |
| ·宏基因组研究在酶学方面的进展 | 第30-32页 |
| ·功能宏基因组研究在β-半乳糖苷酶方面的进展 | 第32-33页 |
| ·宏基因组研究常用数据库以及软件 | 第33-34页 |
| ·题依据及研究内容 | 第34-36页 |
| ·立题依据 | 第34-35页 |
| ·研究内容 | 第35-36页 |
| 第二章 南海海底表层沉积物样品E505的古菌多样性分析 | 第36-50页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第36-38页 |
| ·环境样品及实验菌株 | 第36页 |
| ·培养基 | 第36-37页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第37-38页 |
| ·主要仪器设备 | 第38页 |
| ·数据库及分析软件 | 第38页 |
| ·实验方法 | 第38-41页 |
| ·环境样品的采集 | 第38-39页 |
| ·环境基因组DNA的提取 | 第39页 |
| ·环境基因组DNA的纯化 | 第39页 |
| ·古菌16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第39-40页 |
| ·古菌16S rRNA基因克隆子的测序 | 第40页 |
| ·16S rRNA基因系统发生树的构建 | 第40-41页 |
| ·结果与分析 | 第41-47页 |
| ·南海海底表层沉积物样品E505中DNA的提取和纯化 | 第41-42页 |
| ·古菌16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第42页 |
| ·南海海底表层沉积物样品E505中古菌多样性分析 | 第42-45页 |
| ·MCG泉古菌的系统分类分析 | 第45-47页 |
| ·讨论 | 第47-50页 |
| 第三章 通过宏基因组研究未培养MCG泉古菌的生理特征 | 第50-68页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第50-52页 |
| ·环境样品及实验菌株 | 第50页 |
| ·培养基 | 第50页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第50-51页 |
| ·主要仪器设备 | 第51页 |
| ·数据库及分析软件 | 第51-52页 |
| ·实验方法 | 第52-54页 |
| ·宏基因组文库的构建 | 第52页 |
| ·宏基因组文库的备份和保存 | 第52页 |
| ·宏基因组文库的筛选 | 第52-53页 |
| ·fosmid克隆的纯化和测序 | 第53页 |
| ·基因组片段的功能性注释 | 第53-54页 |
| ·结果与分析 | 第54-65页 |
| ·南海表层沉积物样品E505 fosmid文库的构建 | 第54-55页 |
| ·MCG fosmid的筛选与测序 | 第55-58页 |
| ·rRNA和tRNA分析 | 第58-61页 |
| ·通过基因功能注释分析MCG古菌E6-3G的生理特征 | 第61-63页 |
| ·通过基因功能注释分析MCG古菌E37-7F的生理特征 | 第63-64页 |
| ·通过基因功能注释分析MCG古菌E48-1C的生理特征 | 第64-65页 |
| ·讨论 | 第65-68页 |
| 第四章 MCG古菌的分子进化分析 | 第68-92页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第69-70页 |
| ·环境样品及实验菌株 | 第69页 |
| ·培养基 | 第69页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第69页 |
| ·主要仪器设备 | 第69页 |
| ·数据库及分析软件 | 第69-70页 |
| ·实验方法 | 第70-71页 |
| ·蛋白质系统发生树的构建 | 第70页 |
| ·MCG fosmid与已知古菌基因组或基因组片段的比较基因组分析 | 第70页 |
| ·MCG fosmid与其它中温泉古菌fomid内部四核苷酸频率的比较分析 | 第70-71页 |
| ·MCG古菌与可培养古菌的相似性分析 | 第71页 |
| ·结果与分析 | 第71-89页 |
| ·MCG fosmid 16S rRNA基因的系统进化分析 | 第71-73页 |
| ·MCG fosmid所编码保守蛋白的系统进化分析 | 第73-78页 |
| ·MCG fosmid与已知古菌基因组或基因组片段的比较基因组分析 | 第78页 |
| ·MCG fosmid与其它中温泉古菌fomid内部四核苷酸频率的比较分析 | 第78-81页 |
| ·MCG fosmid内部的四核苷酸分析 | 第81-83页 |
| ·MCG古菌与可培养古菌的相似性分析 | 第83-89页 |
| ·讨论 | 第89-92页 |
| 第五章 通过功能宏基因组筛选南海沉积物E505中的β-半乳糖苷酶 | 第92-106页 |
| ·实验材料、试剂和仪器 | 第92-94页 |
| ·环境样品、实验菌株及质粒 | 第92-93页 |
| ·培养基 | 第93页 |
| ·主要试剂和试剂盒 | 第93页 |
| ·主要仪器设备 | 第93页 |
| ·数据库及分析软件 | 第93-94页 |
| ·实验方法 | 第94-97页 |
| ·混合克隆的制备及备份 | 第94页 |
| ·β-半乳糖苷酶的活性筛选和克隆子纯化 | 第94页 |
| ·fosmid克隆全细胞裂解液的制备 | 第94页 |
| ·活性电泳 | 第94-95页 |
| ·β-半乳糖苷酶酶活检测 | 第95页 |
| ·携带β-半乳糖苷酶fosmid的测序以及功能注释 | 第95-96页 |
| ·EPI300电转感受态的制备以及电转化 | 第96页 |
| ·体外转座子插入实验 | 第96-97页 |
| ·目的基因的克隆和表达 | 第97页 |
| ·结果与分析 | 第97-104页 |
| ·β-半乳糖苷酶的活性筛选和克隆子纯化 | 第97-99页 |
| ·携带β-半乳糖苷酶基因的fosmid的测序以及功能注释 | 第99-100页 |
| ·通过体外转座子插入实验确定编码β-半乳糖苷酶的基因 | 第100-102页 |
| ·靶标基因的异源表达和重组蛋白的β-半乳糖苷酶活性检测 | 第102-103页 |
| ·分析fosmid克隆β-半乳糖苷酶活性的来源 | 第103-104页 |
| ·讨论 | 第104-106页 |
| 全文总结与展望 | 第106-108页 |
| 一、本文取得的创新性成果 | 第106-107页 |
| 二、本文存在的问题及深入方向 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-124页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126-154页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第154页 |
