| 本论文的创新点 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第13-40页 |
| 1 黄鳝生物学特性对遗传结构的影响 | 第13-14页 |
| 1.1 黄鳝的迁徙能力及其与遗传结构的关系 | 第13页 |
| 1.2 黄鳝人为迁徙对遗传结构分析的干扰 | 第13-14页 |
| 1.3 黄鳝特殊的生殖方式 | 第14页 |
| 2 转录组测序、分析及应用 | 第14-26页 |
| 2.1 RNA分类 | 第15页 |
| 2.2 RNA研究方法发展历程 | 第15-16页 |
| 2.3 RNA-Seq的测序流程和策略 | 第16-19页 |
| 2.4 RNA-Seq测序结果分析 | 第19-23页 |
| 2.5 RNA-Seq技术的应用 | 第23-26页 |
| 3 线粒体基因组结构,遗传方式及在物种鉴定和演化研究中的应用 | 第26-29页 |
| 3.1 黄鳝mtDNA结构 | 第26-27页 |
| 3.2 mtDNA遗传方式 | 第27-28页 |
| 3.3 mtDNA在物种鉴定和演化研究中的优势 | 第28-29页 |
| 4 核基因组遗传标记的种类及其在物种鉴定和演化中的应用 | 第29-38页 |
| 4.1 核基因组分子标记的种类 | 第30-33页 |
| 4.2 人类基因组INDEL和SNP开发的流程 | 第33-36页 |
| 4.3 INDEL作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势 | 第36-37页 |
| 4.4 SNP作为遗传标记在群体遗传学研究中的优势 | 第37-38页 |
| 5 本论文的目的和意义 | 第38-40页 |
| 第二章 mtDNA D-loop区域序列分析 | 第40-56页 |
| 1 引言 | 第40-41页 |
| 2 材料和方法 | 第41-44页 |
| 2.1 样品采集与分类 | 第41页 |
| 2.2 本研究所用试剂配制 | 第41-42页 |
| 2.3 基因组DNA提取 | 第42页 |
| 2.4 PCR反应体系和引物 | 第42-43页 |
| 2.5 DNA回收试剂盒 | 第43页 |
| 2.6 数据处理与分析步骤 | 第43-44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-52页 |
| 3.1 D-loop单体型数据分析 | 第44-45页 |
| 3.2 D-loop单体型在黄鳝群体的分布 | 第45-47页 |
| 3.3 黄鳝群体遗传多样性 | 第47-48页 |
| 3.4 单体型网络图分布 | 第48-49页 |
| 3.5 群体之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst) | 第49页 |
| 3.6 单体型聚类结果 | 第49-50页 |
| 3.7 黄鳝的单体群分布 | 第50-51页 |
| 3.8 黄鳝单体群地理热图 | 第51-52页 |
| 4 讨论 | 第52-56页 |
| 4.1 黄鳝群体mtDNA D-loop单体型和核苷酸多样性分布 | 第52-54页 |
| 4.2 黄鳝群体D-loop系统发生关系 | 第54页 |
| 4.3 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的问题探讨 | 第54-56页 |
| 第三章 核基因组编码区INDEL标记开发及数据分析 | 第56-81页 |
| 1 引言 | 第56-60页 |
| 2 材料和方法 | 第60-63页 |
| 2.1 INDEL标记开发方法 | 第60页 |
| 2.2 PCR引物和反应体系 | 第60-62页 |
| 2.3 DNA-PAGE凝胶电泳 | 第62-63页 |
| 2.4 数据处理和分析 | 第63页 |
| 3 结果与分析 | 第63-76页 |
| 3.1 编码区INDEL标记插入和缺失片段长度 | 第63-64页 |
| 3.2 编码区INDEL标记插入或缺失氨基酸类型 | 第64-65页 |
| 3.3 非编码区INDEL标记基因频率及临近基因的表达分析 | 第65-67页 |
| 3.4 编码区INDEL标记基因频率 | 第67-69页 |
| 3.5 黄鳝群体的Hardy-Weinberg平衡检验 | 第69-70页 |
| 3.6 黄鳝群体的观测纯和度 | 第70-71页 |
| 3.7 黄鳝群体的多态信息位点百分比(PIC) | 第71-72页 |
| 3.8 黄鳝群体两两之间的遗传分化系数(Pair-wise Fst) | 第72页 |
| 3.9 黄鳝群体主坐标轴分析(PCoA) | 第72-73页 |
| 3.10 黄鳝群体的种群结构(Population Structure) | 第73-74页 |
| 3.11 遗传一致度、平均观测杂合度、平均观测纯合度以及平均多态信息百分比的地理热图 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-81页 |
| 4.1 编码区INDEL标记多态性 | 第76-77页 |
| 4.2 INDEL标记与基因表达的关系 | 第77页 |
| 4.3 黄鳝群体的遗传多态性 | 第77-79页 |
| 4.4 黄鳝繁殖方式探讨 | 第79页 |
| 4.5 长江流域和海峡两岸黄鳝起源的进一步探讨 | 第79-81页 |
| 第四章 核基因组编码区SNP标记开发及定位分析 | 第81-90页 |
| 1 引言 | 第81-83页 |
| 2 材料和方法 | 第83-84页 |
| 2.1 RNA-Seq测序结果De-novo组装 | 第83页 |
| 2.2 SNP筛选和注释 | 第83页 |
| 2.3 Circos作图方法 | 第83-84页 |
| 3 结果与分析 | 第84-89页 |
| 3.1 编码区SNP在各条染色体上的分布 | 第84-85页 |
| 3.2 编码区SNP转换和颠换比例分析 | 第85页 |
| 3.3 编码区SNP标记对氨基酸序列的影响 | 第85-86页 |
| 3.4 SNP与基因表达量的关系 | 第86-87页 |
| 3.5 SNP在染色体定位及其所在基因的表达量 | 第87-89页 |
| 4 讨论 | 第89-90页 |
| 4.1 黄鳝编码区SNP标记多样性 | 第89页 |
| 4.2 SNP与基因表达量的关系 | 第89-90页 |
| 研究总结 | 第90-91页 |
| 参考文献 | 第91-99页 |
| 中英文对照表 | 第99-100页 |
| 博士期间发表论文 | 第100-101页 |
| 附件 | 第101-108页 |
| 附表 Hardy-Weinberg平衡卡方检验结果 | 第101-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
