| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 生物信息学概述 | 第12-13页 |
| 1.2 计算机模拟概述 | 第13-16页 |
| 1.3 蛋白质结构 | 第16-17页 |
| 1.4 本论文的内容 | 第17-19页 |
| 第二章 理论和计算方法 | 第19-43页 |
| 2.1 分子对接 | 第19-21页 |
| 2.1.1 分子对接原理 | 第19-20页 |
| 2.1.2 分子对接方法的种类 | 第20-21页 |
| 2.2 分子力场 | 第21-25页 |
| 2.2.1 Born-Oppenheimer 近似 | 第21-23页 |
| 2.2.2 力场的组成和参数化 | 第23页 |
| 2.2.3 能量表示 | 第23-24页 |
| 2.2.4 立场模型 | 第24-25页 |
| 2.3 分子力学 | 第25-29页 |
| 2.3.1 优化概念 | 第26-27页 |
| 2.3.2 优化算法 | 第27-28页 |
| 2.3.3 优化是时需要注意的一些问题 | 第28-29页 |
| 2.4 分子动力学 | 第29-39页 |
| 2.4.1 分子动力学基础原理 | 第29-30页 |
| 2.4.2 积分算法 | 第30-32页 |
| 2.4.3 长程相互作用 | 第32-33页 |
| 2.4.4 边界条件 | 第33-34页 |
| 2.4.5 分子动力学模拟的系综分类 | 第34-38页 |
| 2.4.6 等温等压分子动力学模拟 | 第38-39页 |
| 2.5 本质动力学分析 | 第39-40页 |
| 2.6 提高效率的方法 | 第40-41页 |
| 2.7 分子动力学模拟的注意事项 | 第41-43页 |
| 第三章 分子动力学研究 FTZ-F1 区域位置变化对人类 LRH-1 蛋白活性的影响 | 第43-71页 |
| 3.1 引言 | 第43-45页 |
| 3.2 理论方法 | 第45-48页 |
| 3.2.1 初始结构模型 | 第45页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟 | 第45-46页 |
| 3.2.3 整体结构分析 | 第46页 |
| 3.2.4 本质动力学分析 | 第46-47页 |
| 3.2.5 静电势分析 | 第47-48页 |
| 3.2.6 蛋白质的轨迹分析 | 第48页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第48-69页 |
| 3.3.1 整体结构性质 | 第48-50页 |
| 3.3.2 三种hLRH-1 形式的 DNA 结构 | 第50-51页 |
| 3.3.3 大沟与小沟宽度 | 第51-52页 |
| 3.3.4 DNA 螺旋参数 | 第52-56页 |
| 3.3.5 hLRH-1 与DNA 之间的相互作用 | 第56-59页 |
| 3.3.6 DNA 结合域与hLRH-1 中的Ftz-F1 的相对运动 | 第59-62页 |
| 3.3.7 分子动力学模拟相关运动的计算 | 第62-65页 |
| 3.3.8 蛋白质的序列参数 | 第65-67页 |
| 3.3.9 表面静电势分析 | 第67-69页 |
| 3.4 小结 | 第69-71页 |
| 第四章 分子动力学研究精氨酸酶? 的手性并与丁基苯酞的相互作用 | 第71-83页 |
| 4.1 前言 | 第71-72页 |
| 4.2 理论方法 | 第72-74页 |
| 4.2.1 初始模型的建立 | 第72-73页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第73-74页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第74-80页 |
| 4.3.1 整体结构性质 | 第74-79页 |
| 4.3.2 复合物中的相互作用 | 第79-80页 |
| 4.4 小结 | 第80-83页 |
| 第五章 分子动力学模拟多肽抑制剂与 VIF-ELONGINC 蛋白的作用模式 | 第83-93页 |
| 5.1 前言 | 第83-84页 |
| 5.2 论方法 | 第84-86页 |
| 5.2.1 初始结构模型 | 第84-85页 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 | 第85-86页 |
| 5.2.3 丙氨酸扫描计算 | 第86页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第86-91页 |
| 5.3.1 整体结构性质 | 第86-88页 |
| 5.3.2 复合物中的相互作用 | 第88-91页 |
| 5.4 小结 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-113页 |
| 个人简介及攻读学位期间发表论文 | 第113-115页 |
| 个人简历 | 第113页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第113-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
