| 致谢 | 第8-9页 |
| 英文缩略词 | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-26页 |
| 1.1 酿酒酵母的倍性和基因组结构 | 第15-16页 |
| 1.2 酿酒酵母种群进化和种内基因组差异 | 第16-22页 |
| 1.2.1 不同菌株的亲缘关系 | 第16-18页 |
| 1.2.2 基因组序列差异 | 第18-20页 |
| 1.2.2.1 SNPs | 第18页 |
| 1.2.2.2 插入和缺失(Indels) | 第18-19页 |
| 1.2.2.3 新基因 | 第19-20页 |
| 1.2.3 基因组结构变异 | 第20-22页 |
| 1.2.3.1 倒位 | 第20页 |
| 1.2.3.2 易位 | 第20-21页 |
| 1.2.3.3 大片段插入和丢失 | 第21页 |
| 1.2.3.4 基因拷贝数变异 | 第21-22页 |
| 1.2.3.5 酿酒酵母的非整倍化 | 第22页 |
| 1.3 基因组差异对表型的影响 | 第22-24页 |
| 1.3.1 蛋白序列差异对表型影响 | 第22-23页 |
| 1.3.2 基因表达调控对表型影响 | 第23-24页 |
| 1.4 总结与展望 | 第24页 |
| 1.5 本工作研究目的与研究内容 | 第24-26页 |
| 第二章 不同燃料乙醇酿酒酵母的胁迫耐受性和发酵性能比较 | 第26-33页 |
| 2.1 前言 | 第26-27页 |
| 2.2 材料 | 第27-28页 |
| 2.2.1 菌株 | 第27页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第27页 |
| 2.2.3 培养基的配制 | 第27-28页 |
| 2.2.5 主要仪器 | 第28页 |
| 2.3 方法 | 第28-29页 |
| 2.3.1 发酵性能测定 | 第28页 |
| 2.3.1.1 发酵工艺和数据统计 | 第28页 |
| 2.3.1.2 代谢产物分析 | 第28页 |
| 2.3.2 酵母耐受性测定 | 第28-29页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第29-31页 |
| 2.4.1 菌株多种胁迫条件下耐性比较 | 第29-30页 |
| 2.4.2 发酵性能比较 | 第30-31页 |
| 2.5 本章小结 | 第31-33页 |
| 第三章 比较功能基因组学指导菌株个性化育种 | 第33-57页 |
| 3.1 前言 | 第33页 |
| 3.2 材料 | 第33-36页 |
| 3.2.1 菌株 | 第33页 |
| 3.2.2 主要试剂和试剂盒 | 第33-34页 |
| 3.2.3 实验试剂的配制 | 第34-36页 |
| 3.2.3.1 海藻糖测定试剂 | 第34页 |
| 3.2.3.2 脂肪酸含量测试所用试剂 | 第34页 |
| 3.2.3.3 琼脂糖凝胶电泳所用试剂 | 第34-35页 |
| 3.2.3.4 酵母细胞染色所用试剂 | 第35页 |
| 3.2.3.5 酵母细胞醋酸锂转化所用试剂 | 第35页 |
| 3.2.3.6 脉冲场凝胶电泳(PFGE)所用试剂 | 第35-36页 |
| 3.2.4 培养基的配制 | 第36页 |
| 3.2.5 主要仪器 | 第36页 |
| 3.3 方法 | 第36-44页 |
| 3.3.1 大肠杆菌感受态制备和转化 | 第36-37页 |
| 3.3.2 醋酸锂转化酿酒酵母 | 第37页 |
| 3.3.3 生理生化指标测定 | 第37-38页 |
| 3.3.4 脉冲场凝胶电泳(PFGE)对酵母核型的分析 | 第38-39页 |
| 3.3.4.1 酵母菌染色体DNA样品制备 | 第38-39页 |
| 3.3.4.2 脉冲场凝胶电泳(PFGE) | 第39页 |
| 3.3.5 比较基因组杂交(aCGH) | 第39页 |
| 3.3.6 全基因组测序 | 第39-40页 |
| 3.3.7 RNA-Seq表达谱分析 | 第40页 |
| 3.3.8 实时定量PCR(qPCR) | 第40页 |
| 3.3.9 基因操作 | 第40-44页 |
| 3.4 结果 | 第44-54页 |
| 3.4.1 菌株YJS329和BYZ1的表型和生理生化分析 | 第44-45页 |
| 3.4.2 菌株YJS329的基因组结构分析 | 第45-47页 |
| 3.4.3 菌株YJS329的全基因组测序 | 第47-49页 |
| 3.4.3.1 单核苷酸多态性 | 第47页 |
| 3.4.3.2 Indels | 第47页 |
| 3.4.3.3 ORFs | 第47-49页 |
| 3.4.4 菌株YJS329与BYZ1的表达谱分析 | 第49-53页 |
| 3.4.5 功能基因组学指导YJS329个性化育种 | 第53-54页 |
| 3.5 讨论 | 第54-56页 |
| 3.6 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 基因组结构变异对酿酒酵母表型的影响 | 第57-77页 |
| 4.1 前言 | 第57-58页 |
| 4.2 材料 | 第58-60页 |
| 4.2.1 菌株与质粒 | 第58页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第58-59页 |
| 4.2.3 实验试剂配制 | 第59页 |
| 4.2.4 培养基的配制 | 第59页 |
| 4.2.5 实验仪器 | 第59-60页 |
| 4.3 方法 | 第60-61页 |
| 4.3.1 PFGE和比较基因组杂交 | 第60页 |
| 4.3.3 表型和生理生化分析 | 第60-61页 |
| 4.4 实验结果 | 第61-71页 |
| 4.4.1 不同燃料乙醇菌株基因组结构比较和进化关系 | 第61-62页 |
| 4.4.2 特定基因拷贝数变化对菌株耐受性的影响 | 第62-63页 |
| 4.4.3 大范围结构变异与菌株特定耐性和发酵性能的相关性 | 第63-66页 |
| 4.4.4 基因组结构变异对菌株表达谱的影响 | 第66-71页 |
| 4.5 讨论 | 第71-76页 |
| 4.6 本章小结 | 第76-77页 |
| 第五章 利用基因组结构变异改进菌株的复杂性状 | 第77-95页 |
| 5.1 前言 | 第77-78页 |
| 5.2 材料 | 第78-79页 |
| 5.2.1 菌株 | 第78页 |
| 5.2.2 主要试剂 | 第78页 |
| 5.2.3 实验试剂的配制 | 第78页 |
| 5.2.4 培养基的配制 | 第78-79页 |
| 5.2.5 实验仪器 | 第79页 |
| 5.3 方法 | 第79-81页 |
| 5.3.1 酵母产孢杂交 | 第79页 |
| 5.3.2 酵母相对DNA含量测定 | 第79页 |
| 5.3.3 浓醪发酵 | 第79页 |
| 5.3.4 菌株耐受力测定 | 第79-80页 |
| 5.3.5 PFGE和比较基因组杂交 | 第80页 |
| 5.3.6 RNA-Seq | 第80页 |
| 5.3.7 iTRAQ蛋白组分析 | 第80页 |
| 5.3.8 基因操作 | 第80-81页 |
| 5.4 结果 | 第81-92页 |
| 5.4.1 SVs突变株的获得和性能测定 | 第81-83页 |
| 5.4.2 ZTS3与Z7的基因组结构比较分析 | 第83-84页 |
| 5.4.3 ZTS3基因组结构变异对ZTS3复杂性状的影响机制 | 第84-92页 |
| 5.5 讨论 | 第92-93页 |
| 5.6 本章小结 | 第93-95页 |
| 第六章 全文总结及后续工作建议 | 第95-99页 |
| 6.1 全文总结 | 第95-97页 |
| 6.2 主要创新点 | 第97页 |
| 6.3 后续工作建议 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-108页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第108页 |
