| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 目录 | 第6-9页 |
| 略缩词列表 | 第9-10页 |
| 1 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 基因芯片技术 | 第10-14页 |
| 1.1.1 基因芯片----生物芯片家族的代表成员之一 | 第10-11页 |
| 1.1.2 基因芯片的原理与实验流程 | 第11-12页 |
| 1.1.3 基因芯片的应用领域 | 第12-14页 |
| 1.2 Affymetrix 基因表达谱芯片数据的分析 | 第14-17页 |
| 1.2.1 Affymetrix 基因表达谱芯片的设计原理 | 第14页 |
| 1.2.2 Affymetrix 寡核苷酸芯片数据及其含义 | 第14-15页 |
| 1.2.3 基因芯片数据分析的基本流程 | 第15-16页 |
| 1.2.4 常见的基因芯片数据分析软件 | 第16-17页 |
| 1.3 本研究的意义、主要内容和创新性 | 第17-20页 |
| 1.3.1 本文的研究目的及意义 | 第17页 |
| 1.3.2 本研究的主要内容 | 第17-18页 |
| 1.3.3 本课题的创新性 | 第18-20页 |
| 2 基因表达谱芯片数据的初步处理方法 | 第20-26页 |
| 2.1 探针水平数据的获得 | 第20页 |
| 2.2 数据的预处理 | 第20-22页 |
| 2.2.1 背景校正 | 第20-21页 |
| 2.2.2 数据清洗 | 第21页 |
| 2.2.3 归一化 | 第21-22页 |
| 2.3 基因表达数据的计算 | 第22页 |
| 2.4 差异表达基因的筛选 | 第22-24页 |
| 2.4.1 倍数变化法 | 第22页 |
| 2.4.2 参数分析方法 | 第22-23页 |
| 2.4.3 非参数分析 | 第23-24页 |
| 2.4.4 假表达谱 | 第24页 |
| 2.5 数据的可视化方法 | 第24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-26页 |
| 3 基于 R/Bioconductor 的芯片数据分析平台的构建 | 第26-42页 |
| 3.1 引言 | 第26-31页 |
| 3.1.1 开源的生物计算环境 | 第26-28页 |
| 3.1.2 R 语言 | 第28-30页 |
| 3.1.3 Bioconductor | 第30-31页 |
| 3.2 本地化 Bioconductor 平台的构建 | 第31-36页 |
| 3.2.1 系统构建的基本构架 | 第31-32页 |
| 3.2.2 分析平台中各类软件包的配置 | 第32-36页 |
| 3.3 用于分析的基因芯片数据的获取 | 第36-38页 |
| 3.3.1 常用的基因表达芯片数据库 | 第36-37页 |
| 3.3.2 Bioconductor 环境下微阵列数据的获取 | 第37-38页 |
| 3.4 微阵列数据的预处理与相关包的配置 | 第38-40页 |
| 3.5 差异表达基因的筛选与相关包的配置 | 第40页 |
| 3.6 基因富集分析与相关包的配置 | 第40页 |
| 3.7 通路和生物网络分析及 Cytoscape 软件包的安装配置 | 第40-41页 |
| 3.8 本章小结 | 第41-42页 |
| 4 实例分析：哮喘相关的基因表达谱芯片数据的分析与挖掘 | 第42-68页 |
| 4.1 引言 | 第42-43页 |
| 4.2 实验数据的获取与导入 | 第43-45页 |
| 4.2.1 实验数据的选择与获取 | 第43页 |
| 4.2.2 实验数据导入 Bioconductor 平台 | 第43-45页 |
| 4.3 预处理前的数据质控 | 第45-56页 |
| 4.3.1 通过数据可视化展示实现芯片质量控制 | 第45-55页 |
| 4.3.2 通过 arrayQualityMetrics 包实现芯片质量控制 | 第55-56页 |
| 4.4 实验数据的预处理 | 第56-57页 |
| 4.5 归一化后数据的质控 | 第57-58页 |
| 4.6 差异表达基因的检测 | 第58-60页 |
| 4.7 差异表达基因的注释与基因本体学 | 第60-62页 |
| 4.8 聚类分析 | 第62-63页 |
| 4.9 通路分析 | 第63-65页 |
| 4.10 其他生物信息学分析 | 第65-66页 |
| 4.11 本章小结 | 第66-68页 |
| 5 运用构建的平台进行哮喘相关信号通路综合分析 | 第68-78页 |
| 5.1 哮喘相关基因表达谱数据的选取 | 第68页 |
| 5.2 数据分析的基本过程 | 第68-69页 |
| 5.3 结果 | 第69-75页 |
| 5.3.1 芯片数据质检结果 | 第69页 |
| 5.3.2 差异表达基因分析结果 | 第69-71页 |
| 5.3.3 pathway 综合分析结果 | 第71-75页 |
| 5.4 讨论 | 第75-78页 |
| 6 结论及展望 | 第78-80页 |
| 6.1 结论 | 第78页 |
| 6.2 对未来工作的展望 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-92页 |
| 附录 | 第92-96页 |
| A. GSE470 差异表达基因的筛选、注释与聚类所用代码 | 第92-94页 |
| B. GSE470 芯片组 pathway 分析所用的相关代码 | 第94-95页 |
| C. 在校期间作者所发表的论文目录 | 第95-96页 |
| D. 在校期间作者所参加的科研项目 | 第96页 |
