| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 研究意义 | 第11-13页 |
| 1.3 研究现状 | 第13-15页 |
| 1.4 本论文主要研究内容 | 第15页 |
| 1.5 本论文的结构安排 | 第15-16页 |
| 第二章 自结合肽结构热力学与动力学研究 | 第16-33页 |
| 2.1 背景及研究问题 | 第16-19页 |
| 2.2 材料与方法 | 第19-21页 |
| 2.2.1 自结合肽SBP样本集 | 第19页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟（MD）方法及策略 | 第19-20页 |
| 2.2.3 MM/PBSA方法计算肽/蛋白结合自由能策略 | 第20-21页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第21-32页 |
| 2.3.1 MD轨迹比较分析 | 第21-23页 |
| 2.3.2 分析SBP在切断linker后的动力学行为 | 第23-24页 |
| 2.3.3 比较SBP在单体蛋白体系与对应的肽/蛋白复合物中的结构特点 | 第24-26页 |
| 2.3.4 比较SBP-靶标体系与对应的肽/蛋白复合物的结合方式 | 第26-28页 |
| 2.3.5 从热力学角度对比分析SBP-靶标与肽/蛋白复合物结合特点 | 第28-30页 |
| 2.3.6 SBP通过结合/解离靶标来介导的生物学机制分析 | 第30-32页 |
| 2.4 本章小结 | 第32-33页 |
| 第三章 自结合肽与其靶标结合的动力学机制研究 | 第33-48页 |
| 3.1 背景及研究问题 | 第33-35页 |
| 3.2 材料与方法 | 第35-37页 |
| 3.2.1 自结合肽SBP数据集 | 第35页 |
| 3.2.2 构建SBP-靶标系统的自由分离状态结构 | 第35页 |
| 3.2.3 分子动力学MD模拟方法及策略 | 第35-36页 |
| 3.2.4 线性相互作用能LIE方法 | 第36页 |
| 3.2.5 水分子密度分析方法 | 第36-37页 |
| 3.2.6 MM/PBSA方法计算SBP体系结合自由能策略 | 第37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-47页 |
| 3.3.1 动力学过程表明SBP-靶标结合分为两个阶段 | 第37-41页 |
| 3.3.2 SBP-靶标结合过程中的非键能相互作用 | 第41-42页 |
| 3.3.3 去溶剂化作用对SBP-靶标结合过程的影响 | 第42-45页 |
| 3.3.4 构像熵在SBP系统中扮演的角色 | 第45-46页 |
| 3.3.5 SBP-靶标识别过程中的结合自由能变化 | 第46-47页 |
| 3.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 改变linker序列及修饰靶标蛋白对自结合肽的影响机理 | 第48-56页 |
| 4.1 背景及研究问题 | 第48-49页 |
| 4.2 材料与方法 | 第49-50页 |
| 4.2.1 三个经过修饰后的SBP-靶标蛋白体系 | 第49页 |
| 4.2.2 分子动力学MD模拟方法及策略 | 第49-50页 |
| 4.2.3 模拟后的动力学行为和热力学性质分析 | 第50页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第50-54页 |
| 4.3.1 HYPB蛋白linker序列突变前后对SBP-靶标识别的影响 | 第50-51页 |
| 4.3.2 INAD蛋白在氧化/还原状态下SBP-靶标识别过程对比 | 第51-53页 |
| 4.3.3 hRARγ 蛋白在结合/未结合配基状态下对SBP-靶标识别的影响 | 第53-54页 |
| 4.4 本章小结 | 第54-56页 |
| 第五章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第64-65页 |
