| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-44页 |
| 1.1 转录调控的基本性质 | 第15-19页 |
| 1.1.1 转录调控元件 | 第16页 |
| 1.1.2 转录因子及其他辅助因子 | 第16-18页 |
| 1.1.3 转录调控元件的组装 | 第18-19页 |
| 1.2 转录调控的特异性 | 第19-28页 |
| 1.2.1 转录因子与调控元件识别模式 | 第20-21页 |
| 1.2.2 转录调控模式 | 第21-23页 |
| 1.2.3 影响转录调控特异性的因素 | 第23-28页 |
| 1.3 转录调控的检测方法 | 第28-41页 |
| 1.3.1 Protein-DNA互作检测方法 | 第29-32页 |
| 1.3.2 Protein-Protein互作检测方法 | 第32-36页 |
| 1.3.3 DNA-DNA互作检测方法 | 第36-39页 |
| 1.3.4 DNA-Protein-RNA互作检测方法 | 第39-41页 |
| 1.4 转录调控与疾病 | 第41-42页 |
| 1.4.1 调控元件突变与疾病 | 第41页 |
| 1.4.2 转录因子及其他调节子突变与疾病 | 第41-42页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第42-44页 |
| 第二章 One-Pot-seq方法的提出与原理验证 | 第44-77页 |
| 2.1 引言 | 第44-47页 |
| 2.2 实验材料 | 第47-48页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第47页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第47-48页 |
| 2.2.3 实验仪器 | 第48页 |
| 2.3 实验设计 | 第48-56页 |
| 2.3.1 条形码蛋白的制备 | 第49-51页 |
| 2.3.2 转录调控复合体的筛选 | 第51-53页 |
| 2.3.3 转录调控复合物的原位邻近连接捕获 | 第53页 |
| 2.3.4 转录调控复合物的鉴定 | 第53-54页 |
| 2.3.5 调控元件DNA序列的制备 | 第54-55页 |
| 2.3.6 后续优化设计 | 第55-56页 |
| 2.4 实验原理验证 | 第56-65页 |
| 2.4.1 条形码蛋白的制备 | 第57-60页 |
| 2.4.2 转录调控复合物的筛选 | 第60-62页 |
| 2.4.3 转录调控复合物的原位邻近连接捕获 | 第62-64页 |
| 2.4.4 转录调控复合物的鉴定 | 第64-65页 |
| 2.4.5 转录调控元件DNA序列的制备 | 第65页 |
| 2.5 结果分析 | 第65-75页 |
| 2.5.1 cDNA展示用模式DNA文库的制备 | 第65-66页 |
| 2.5.2 调控元件DNA序列的制备 | 第66-67页 |
| 2.5.3 条形码蛋白的制备 | 第67-68页 |
| 2.5.4 cDNA第II链合成条件优化 | 第68-69页 |
| 2.5.5 筛选过程的实时检测 | 第69-70页 |
| 2.5.6 筛选富集效率的Polit-PCR检测 | 第70-71页 |
| 2.5.7 互作复合物的巢式PCR条件摸索 | 第71-73页 |
| 2.5.8 转录调控复合物的鉴定 | 第73-74页 |
| 2.5.9 连接标签序列Mme I酶切 | 第74-75页 |
| 2.6 本章小结 | 第75-77页 |
| 第三章 Library-Library One-Pot-seq实验体系建立 | 第77-98页 |
| 3.1 引言 | 第77-78页 |
| 3.2 实验材料 | 第78-79页 |
| 3.2.1 实验菌株 | 第78页 |
| 3.2.2 主要试剂 | 第78-79页 |
| 3.2.3 实验仪器 | 第79页 |
| 3.3 实验方法 | 第79-82页 |
| 3.3.1 c-Fos/c-Jun随机突变库的制备 | 第79-80页 |
| 3.3.2 调控元件DNA随机合成文库制备 | 第80-81页 |
| 3.3.3 随机突变库Library-Library One-Pot-seq筛选 | 第81页 |
| 3.3.4 转录调控复合物的动力学模拟 | 第81-82页 |
| 3.3.5 突变体结合能力的检测 | 第82页 |
| 3.4 结果与分析 | 第82-96页 |
| 3.4.1 条形码蛋白随机突变文库的构建 | 第82-83页 |
| 3.4.2 调控元件DNA文库的随机合成 | 第83-84页 |
| 3.4.3 针对于Library-Library实验体系的评价 | 第84-86页 |
| 3.4.4 调控元件DNA随机合成库的富集效率分析 | 第86-88页 |
| 3.4.5 转录调控复合物突变体的鉴定 | 第88-93页 |
| 3.4.6 转录调控复合物突变体结合能力的检测 | 第93-95页 |
| 3.4.7 One-Pot-seq与其他方法的比较 | 第95-96页 |
| 3.5 本章小结 | 第96-98页 |
| 第四章 小鼠肝脏全局条形码蛋白库转录调控复合物筛选 | 第98-108页 |
| 4.1 引言 | 第98页 |
| 4.2 实验材料 | 第98-100页 |
| 4.2.1 实验菌株 | 第98-99页 |
| 4.2.2 主要试剂 | 第99页 |
| 4.2.3 实验仪器 | 第99-100页 |
| 4.3 实验方法 | 第100-102页 |
| 4.3.1 小鼠肝脏cDNA展示模式文库制备 | 第100-101页 |
| 4.3.2 小鼠肝脏条形码蛋白One-Pot-seq固相筛选 | 第101页 |
| 4.3.3 小鼠肝脏互作条形码蛋白的鉴定 | 第101-102页 |
| 4.4 结果与分析 | 第102-107页 |
| 4.4.1 小鼠肝脏cDNA展示模式文库制备 | 第102-103页 |
| 4.4.2 小鼠肝脏全局条形码蛋白库筛选效率检测 | 第103-105页 |
| 4.4.3 转录调控互作复合物的鉴定 | 第105-107页 |
| 4.5 本章小结 | 第107-108页 |
| 第五章 总结与展望 | 第108-112页 |
| 5.1 总结 | 第108-110页 |
| 5.2 展望 | 第110-112页 |
| 参考文献 | 第112-131页 |
| 附录 | 第131-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
