| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略词 | 第11-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-31页 |
| 第一章 棉花极短纤维突变体的研究进展 | 第13-21页 |
| 1 陆地棉极短纤维突变体的研究进展 | 第13-21页 |
| 1.1 陆地棉极短纤维突变体Li_1的研究进展 | 第13-17页 |
| 1.2 陆地棉极短纤维突变体Li_2的研究进展 | 第17-21页 |
| 第二章 转录组测序技术及其应用 | 第21-29页 |
| 1 测序技术的发展 | 第21-23页 |
| 1.1 第一代测序技术 | 第21页 |
| 1.2 第二代测序技术 | 第21-22页 |
| 1.3 第三代测序技术 | 第22-23页 |
| 2 转录组学与转录组测序 | 第23-26页 |
| 2.1 转录组学研究进展 | 第23页 |
| 2.2 转录组测序技术及其应用 | 第23-26页 |
| 3 棉花纤维发育转录组研究进展 | 第26-29页 |
| 3.1 微阵列技术在棉纤维转录学研究上的应用 | 第26-27页 |
| 3.2 转录组测序技术在棉纤维转录学研究上的应用 | 第27-29页 |
| 本研究目的和意义 | 第29-31页 |
| 第二部分 研究报告 | 第31-85页 |
| 第三章 陆地棉极短纤维突变基因Li_1的精细定位 | 第31-47页 |
| 1 材料与方法 | 第31-39页 |
| 1.1 实验材料及群体构建 | 第31-32页 |
| 1.2 SSR分子标记及其来源 | 第32-33页 |
| 1.3 性状调查 | 第33页 |
| 1.4 棉花基因组DNA的提取方法 | 第33-35页 |
| 1.5 SSR的反应体系及其PCR程序 | 第35-36页 |
| 1.6 标记基因型数据收集和分离比检测 | 第36页 |
| 1.7 遗传图谱的构建 | 第36页 |
| 1.8 总RNA提取与反转录 | 第36-37页 |
| 1.9 实时定量荧光PCR | 第37页 |
| 1.10 VIGS | 第37-39页 |
| 2 结果与分析 | 第39-44页 |
| 2.1 SSR分子标记的开发 | 第39-40页 |
| 2.2 Li_1基因的精细定位 | 第40-42页 |
| 2.3 Li_1候选基因的筛选与功能验证 | 第42-44页 |
| 3 讨论 | 第44-47页 |
| 3.1 棉花极短纤维突基因Li_1的精细定位 | 第44-45页 |
| 3.2 Li_1候选基因的功能分析与验证 | 第45页 |
| 3.3 本研究结果的应用 | 第45-47页 |
| 第四章 陆地棉极短纤维突变体的转录组学研究 | 第47-85页 |
| 1 材料与方法 | 第47-52页 |
| 1.1 实验材料 | 第47-48页 |
| 1.2 总RNA的提取 | 第48页 |
| 1.3 总RNA样品质量检测 | 第48页 |
| 1.4 测序文库的构建 | 第48-50页 |
| 1.5 生物信息学分析 | 第50-51页 |
| 1.6 荧光定量PCR分析 | 第51-52页 |
| 2 结果与分析 | 第52-80页 |
| 2.1 Li_1突变体和野生型胚珠表皮细胞扫描电镜观察 | 第52页 |
| 2.2 测序RNA样品的提取与检测 | 第52-54页 |
| 2.3 测序cDNA文库构建和文库质量检测 | 第54页 |
| 2.4 测序原始数据质量评估及预处理 | 第54-58页 |
| 2.5 Reads在参考基因组中的定位 | 第58-61页 |
| 2.6 RNA-seq整体质量评估 | 第61-62页 |
| 2.7 差异表达基因的筛选 | 第62-63页 |
| 2.8 差异表达基因的功能分类 | 第63-65页 |
| 2.9 Li_1突变体纤维发育早期的差异表达基因分析 | 第65-70页 |
| 2.10 Li_1叶片转录组差异表达基因的分析 | 第70-73页 |
| 2.11 胚珠转录组与叶片转录组的比较分析 | 第73-78页 |
| 2.12 差异表达基因的定量验证 | 第78-80页 |
| 3 讨论 | 第80-85页 |
| 3.1 转录组分析参考基因组的选择 | 第80页 |
| 3.2 Li_1纤维细胞形态异常导致纤维发育伸长受阻 | 第80-81页 |
| 3.3 转录组研究Li_1突变体基因表达调控的变化 | 第81-85页 |
| 全文结论 | 第85-87页 |
| 创新点 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-101页 |
| 附录 | 第101-151页 |
| 致谢 | 第151-153页 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表论文 | 第153页 |
