| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-16页 |
| 1.1.1 真社会性研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.2 RNA编辑研究进展 | 第13-15页 |
| 1.1.3 RNA编辑位点检测研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2 主要研究内容 | 第16-17页 |
| 1.3 研究意义 | 第17-18页 |
| 第二章 蚂蚁参考基因组的获得和注释 | 第18-26页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 基因组组装和质量评估 | 第18-20页 |
| 2.2.1 DNA测序序列过滤 | 第18-19页 |
| 2.2.2 基因组组装 | 第19-20页 |
| 2.3 基因组Repeat注释 | 第20-21页 |
| 2.4 蛋白编码基因集的注释 | 第21-23页 |
| 2.5 非编码RNA（ncRNA）注释 | 第23-24页 |
| 2.6 本章小结 | 第24-26页 |
| 第三章 切叶蚁实验样品、数据的获得与处理 | 第26-32页 |
| 3.1 引言 | 第26页 |
| 3.2 实验设计 | 第26-27页 |
| 3.3 样品收集 | 第27-28页 |
| 3.4 实验样品的文库构建及测序 | 第28-30页 |
| 3.5 测序数据过滤 | 第30-31页 |
| 3.6 本章小结 | 第31-32页 |
| 第四章 RNA编辑位点检测 | 第32-47页 |
| 4.1 引言 | 第32页 |
| 4.2 RNA编辑检测软件RES-Scanner简介 | 第32-33页 |
| 4.3 RNA/DNA测序数据比对和过滤 | 第33-35页 |
| 4.4 利用DNA测序数据预测纯合基因型 | 第35-39页 |
| 4.4.1 贝叶斯模型预测纯合位点 | 第36-38页 |
| 4.4.2 二项分布模型预测纯合位点 | 第38-39页 |
| 4.4.3 频率模型预测纯合位点 | 第39页 |
| 4.5 RNA编辑位点检测 | 第39-40页 |
| 4.6 多样品检测 | 第40-41页 |
| 4.7 RNA编辑位点注释 | 第41页 |
| 4.8 准确性评估 | 第41-45页 |
| 4.9 本章小结 | 第45-47页 |
| 第五章 RNA编辑酶 | 第47-59页 |
| 5.1 引言 | 第47页 |
| 5.2 A-I类型RNA编辑酶ADARs | 第47-49页 |
| 5.3 ADARs作用底物 | 第49-50页 |
| 5.4 RNA编辑酶分析 | 第50-54页 |
| 5.4.1 ADAR基因和APOBEC基因查询序列获取 | 第50页 |
| 5.4.2 基于同源关系的基因预测 | 第50-51页 |
| 5.4.3 ADARs系统发育树构建 | 第51-53页 |
| 5.4.4 功能域预测及保守性分析 | 第53-54页 |
| 5.5 ADAR基因的等级差异表达 | 第54-57页 |
| 5.5.1 基因表达量计算 | 第54-56页 |
| 5.5.2 ADAR基因qPCR验证 | 第56-57页 |
| 5.6 本章小结 | 第57-59页 |
| 第六章 切叶蚁RNA编辑组和特征的研究 | 第59-73页 |
| 6.1 引言 | 第59-60页 |
| 6.2 RNA编辑位点和特征 | 第60-65页 |
| 6.3 RNA编辑位点实验验证 | 第65-69页 |
| 6.4 RNA编辑位点全基因组分布 | 第69-71页 |
| 6.5 本章小结 | 第71-73页 |
| 第七章 群体间RNA编辑位点功能的研究 | 第73-88页 |
| 7.1 引言 | 第73-74页 |
| 7.2 等级特异的相关RNA编辑位点分析 | 第74-81页 |
| 7.3 功能注释和富集分析 | 第81-84页 |
| 7.3.1 切叶蚁基因本体的注释 | 第81页 |
| 7.3.2 GO富集分析 | 第81-82页 |
| 7.3.3 切叶蚁中等级一致RNA编辑的功能 | 第82-84页 |
| 7.4 改变氨基酸编码的编辑位点分析 | 第84-86页 |
| 7.5 本章小结 | 第86-88页 |
| 第八章 RNA编辑在蚂蚁中的保守性研究 | 第88-100页 |
| 8.1 引言 | 第88页 |
| 8.2 保守性检测 | 第88-97页 |
| 8.2.1 基因组位点进化保守性分析 | 第89-92页 |
| 8.2.2 RNA编辑位点保守性分析 | 第92-97页 |
| 8.3 编辑基因的进化分析 | 第97-98页 |
| 8.4 本章小结 | 第98-100页 |
| 第九章 RNA编辑和行为分化的研究 | 第100-114页 |
| 9.1 引言 | 第100页 |
| 9.2 RNA编辑位点的分层聚类分析 | 第100-101页 |
| 9.3 等级特异编辑位点的检测 | 第101-111页 |
| 9.4 差异编辑位点的PCR实验验证 | 第111-112页 |
| 9.5 本章小结 | 第112-114页 |
| 结论 | 第114-117页 |
| 创新性成果 | 第115页 |
| 讨论和展望 | 第115-117页 |
| 参考文献 | 第117-132页 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 | 第132-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 答辩委员会对论文的评定意见 | 第134页 |