| 摘要 | 第3-6页 |
| ABSTRACT | 第6-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-39页 |
| 1.1 系统发育基因组学概述 | 第13-19页 |
| 1.1.1 系统发育学概念 | 第13-14页 |
| 1.1.2 早期系统发育学的发展 | 第14-17页 |
| 1.1.3 系统发育基因组学的发展 | 第17-19页 |
| 1.2 系统发育基因组学时代带来的革新 | 第19-29页 |
| 1.2.1 认知上的革新 | 第19-24页 |
| 1.2.2 技术上的革新 | 第24-26页 |
| 1.2.3 分析方法的革新 | 第26-29页 |
| 1.3 系统发育基因组学研究亟待解决的问题 | 第29-35页 |
| 1.3.1 日益突出的系统发育关系冲突 | 第29-33页 |
| 1.3.2 解决系统发育冲突的可能方案 | 第33-35页 |
| 1.4 古老的快速分化事件成为生命之树的难点问题 | 第35-37页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第37-39页 |
| 第二章 通过数据筛选解决有颌类脊椎动物系统发育框架的难点问题 | 第39-77页 |
| 2.1 引言 | 第39-46页 |
| 2.1.1 有颌类脊椎动物简介 | 第39-40页 |
| 2.1.2 有颌类脊椎动物系统发育关系现存的难点问题 | 第40-44页 |
| 2.1.3 系统发育基因组学研究中常用的提高数据信噪比策略 | 第44-46页 |
| 2.2 材料与方法 | 第46-53页 |
| 2.2.1 物种选择、样本制备、RNA提取及测序 | 第46-47页 |
| 2.2.2 自产数据组装与注释 | 第47-49页 |
| 2.2.3 公共数据库下载序列的处理与拼接 | 第49页 |
| 2.2.4 直系同源基因鉴定 | 第49-50页 |
| 2.2.5 系统发育分析 | 第50-53页 |
| 2.3 结果 | 第53-71页 |
| 2.3.1 数据特征 | 第53-54页 |
| 2.3.2 全部数据无法完全解析有颌类系统发育关系 | 第54-58页 |
| 2.3.3 非特异性筛选数据所得结果不一致且存在严重冲突 | 第58-61页 |
| 2.3.4 大量信号冲突导致系统发育关系冲突 | 第61-64页 |
| 2.3.5 问题特异型筛选数据建树得到一致且可靠的系统发育关系 | 第64-69页 |
| 2.3.6 数据筛选过程中数据信噪比变化情况 | 第69-71页 |
| 2.4 讨论 | 第71-77页 |
| 2.4.1 有颌类脊椎动物系统发育关系 | 第71-72页 |
| 2.4.2 数据愈完整不代表结果愈正确 | 第72-73页 |
| 2.4.3 非特异性筛选数据可能无法同时解决多个困难问题 | 第73-74页 |
| 2.4.4 利用问题特异型数据筛选方案解决困难问题的优势及相关建议 | 第74-77页 |
| 第三章 利用基因组数据解决劳亚兽总目系统发育关系的难点问题 | 第77-112页 |
| 3.1 引言 | 第77-84页 |
| 3.1.1 劳亚兽总目简介 | 第77-78页 |
| 3.1.2 劳亚兽总目系统发育关系 | 第78-80页 |
| 3.1.3 解决争议问题常用数据类型 | 第80-84页 |
| 3.2 材料与方法 | 第84-92页 |
| 3.2.1 数据收集及同源基因鉴定 | 第84-88页 |
| 3.2.2 系统发育分析 | 第88-92页 |
| 3.3 结果 | 第92-106页 |
| 3.3.0 数据特征 | 第92-94页 |
| 3.3.1 蛋白编码数据集对劳亚兽各目间关系的解析存在系统发育关系冲突 | 第94-95页 |
| 3.3.2 内含子数据集高支持度解析劳亚兽各目间关系 | 第95-96页 |
| 3.3.3 内含子数据相比于蛋白编码数据建树结果更具稳健性 | 第96-103页 |
| 3.3.4 内含子数据及蛋白编码数据内在信号的一致性 | 第103-106页 |
| 3.4 讨论 | 第106-112页 |
| 3.4.1 劳亚兽各目间系统发育关系 | 第106-107页 |
| 3.4.2 内含子数据对解决快速进化问题的潜在价值 | 第107-109页 |
| 3.4.3 超级矩阵法及物种树方法解决快速进化问题的比较 | 第109-112页 |
| 第四章 总结与展望 | 第112-116页 |
| 4.1 总结 | 第112-114页 |
| 4.1.1 问题特异型筛选数据解决多个有颌类脊椎动物进化框架的难点问题 | 第112-113页 |
| 4.1.2 内含子数据解决经历快速辐射性进化的劳亚兽总目系统发育关系 | 第113-114页 |
| 4.2 展望 | 第114-116页 |
| 4.2.1 开发更为有效的分析流程提高系统发育基因组学研究的准确性 | 第114页 |
| 4.2.2 增加各类群测序物种，完成生命之树草图的绘制 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-134页 |
| 附录 | 第134-164页 |
| 攻读学位期间研究成果 | 第164-165页 |
| 致谢 | 第165-166页 |
