| 中文摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-18页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-32页 |
| 1.1 蛋白质合成概述 | 第19-20页 |
| 1.2 编程性核糖体移码研究进展 | 第20-26页 |
| 1.2.1 编程性核糖体移码的生物学功能 | 第21-23页 |
| 1.2.2 编程性核糖体移码的影响因素 | 第23-26页 |
| 1.3 八肋游仆虫 | 第26-30页 |
| 1.3.1 八肋游仆虫简介 | 第26-28页 |
| 1.3.2 游仆虫中编程性核糖体移码研究进展 | 第28-30页 |
| 1.4 本研究的目的及意义 | 第30-31页 |
| 1.5 本研究的创新性 | 第31-32页 |
| 第二章 八肋游仆虫大核基因组草图绘制 | 第32-46页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1.1 细胞 | 第32页 |
| 2.1.2 酶及化学试剂 | 第32页 |
| 2.1.3 主要试剂的配制 | 第32-33页 |
| 2.2 实验方法 | 第33-35页 |
| 2.2.1 八肋游仆虫的培养及收集 | 第33页 |
| 2.2.2 DNA的提取及基因组测序 | 第33-34页 |
| 2.2.3 数据处理及基因组组装 | 第34页 |
| 2.2.4 污染DNA的去除 | 第34页 |
| 2.2.5 Read比对及tRNA的预测 | 第34页 |
| 2.2.6 基因预测 | 第34-35页 |
| 2.3 实验结果 | 第35-43页 |
| 2.3.1 八肋游仆虫大核基因组组装 | 第35-40页 |
| 2.3.2 大核基因组能够编码其营养生长所需的全部基因 | 第40-42页 |
| 2.3.3 基因预测 | 第42-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第三章 编程性核糖体移码基因的鉴定 | 第46-73页 |
| 3.1 实验材料 | 第46页 |
| 3.1.1 细胞 | 第46页 |
| 3.1.2 酶及化学试剂 | 第46页 |
| 3.1.3 数据来源 | 第46页 |
| 3.2 实验方法 | 第46-49页 |
| 3.2.1 八肋游仆虫的培养及收集 | 第46页 |
| 3.2.2 RNA的提取及转录组测序 | 第46-47页 |
| 3.2.3 数据处理及转录组组装 | 第47页 |
| 3.2.4 八肋游仆虫总蛋白样品制备 | 第47页 |
| 3.2.5 蛋白样品的溶液内酶解 | 第47-48页 |
| 3.2.6 Shotgun LC-MS/MS质谱分析 | 第48页 |
| 3.2.7 质谱数据分析 | 第48-49页 |
| 3.2.8 多序列比对 | 第49页 |
| 3.2.9 功能注释及富集分析 | 第49页 |
| 3.3 实验结果 | 第49-71页 |
| 3.3.1 转录组测序及组装 | 第49-50页 |
| 3.3.2 八肋游仆虫中编程性核糖体移码基因的预测 | 第50-54页 |
| 3.3.3 质谱分析确认游仆虫中的移码类型及移码位点 | 第54-66页 |
| 3.3.4 八肋游仆虫中含有高频率的+1 PRF现象 | 第66-67页 |
| 3.3.5 八肋游仆虫中+1 PRF蛋白的功能显著富集于蛋白激酶 | 第67-71页 |
| 3.4 讨论 | 第71-73页 |
| 第四章 游仆虫中编程性核糖体移码的机制研究 | 第73-85页 |
| 4.1 实验材料 | 第73页 |
| 4.1.1 细胞 | 第73页 |
| 4.1.2 引物、主要酶和化学试剂 | 第73页 |
| 4.2 实验方法 | 第73-75页 |
| 4.2.1 序列保守性分析 | 第73页 |
| 4.2.2 RNA二级结构预测 | 第73页 |
| 4.2.3 八肋游仆虫基因组的提取及目的基因的克隆 | 第73-75页 |
| 4.2.4 Small RNA的提取及高通量测序 | 第75页 |
| 4.2.5 Small RNA数据处理 | 第75页 |
| 4.2.6 Read比对 | 第75页 |
| 4.3 实验结果 | 第75-82页 |
| 4.3.1 八肋游仆虫PRF基因中顺式作用元件分析 | 第75-78页 |
| 4.3.2 八肋游仆虫中反密码子环扩大的特殊tRNAs分析 | 第78-82页 |
| 4.4 讨论 | 第82-85页 |
| 第五章 八肋游仆虫中三种终止密码子都可编码氨基酸 | 第85-93页 |
| 5.1 材料与方法 | 第85页 |
| 5.1.1 数据来源 | 第85页 |
| 5.1.2 序列分析及多序列比对 | 第85页 |
| 5.1.3 Small RNA数据分析 | 第85页 |
| 5.2 实验结果 | 第85-90页 |
| 5.3 讨论 | 第90-93页 |
| 第六章 八肋游仆虫基因组数据库（EOGD）的构建 | 第93-100页 |
| 6.1 EOGD的构架及主要内容 | 第93-94页 |
| 6.2 EOGD的使用 | 第94-99页 |
| 6.3 EOGD的运行状况及未来发展 | 第99-100页 |
| 总结与展望 | 第100-103页 |
| 参考文献 | 第103-115页 |
| 附录1 略语表 | 第115-116页 |
| 附录2 八肋游仆虫中预测的tRNAs | 第116-119页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第119-121页 |
| 致谢 | 第121-123页 |
| 个人简况及联系方式 | 第123-125页 |
