| 博士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-24页 |
| 1.1 副猪嗜血杆菌概述 | 第13-14页 |
| 1.1.1 副猪嗜血杆菌的发现、命名 | 第13页 |
| 1.1.2 副猪嗜血杆菌病原学和理化特性 | 第13-14页 |
| 1.1.3 格拉泽氏病 | 第14页 |
| 1.2 基因组学研究 | 第14-18页 |
| 1.2.1 基因组及人类基因组测序计划 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基因组测序技术的产生和发展 | 第15-16页 |
| 1.2.3 细菌基因组学研究 | 第16-17页 |
| 1.2.4 副猪嗜血杆菌基因组学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 副猪嗜血杆菌分型研究现状 | 第18-21页 |
| 1.3.1 传统血清分型和血清型流行性 | 第18-19页 |
| 1.3.2 分子定型方法 | 第19-21页 |
| 1.4 副猪嗜血杆菌耐药性研究现状 | 第21-22页 |
| 1.5 本研究目的和意义 | 第22-24页 |
| 第二章 副猪嗜血杆菌基因组测序、组装、注释 | 第24-48页 |
| 2.1 材料 | 第24-26页 |
| 2.1.1 菌株 | 第24-26页 |
| 2.1.2 试剂及培养基 | 第26页 |
| 2.2 方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 菌株形态和革兰氏染色特性鉴定 | 第26页 |
| 2.2.2 16S rRNA序列鉴定 | 第26-27页 |
| 2.2.3 测序文库构建 | 第27页 |
| 2.2.4 原始测序数据过滤和质量评估 | 第27-29页 |
| 2.2.5 基因组组装 | 第29页 |
| 2.2.6 基因预测 | 第29页 |
| 2.2.7 基因功能注释 | 第29页 |
| 2.2.8 平均核酸相似性分析 | 第29页 |
| 2.3 结果 | 第29-46页 |
| 2.3.1 菌株形态和革兰氏染色特性鉴定 | 第29-30页 |
| 2.3.2 16S rRNA序列鉴定 | 第30-32页 |
| 2.3.3 测序文库构建 | 第32页 |
| 2.3.4 原始测序数据过滤和质量评估 | 第32-40页 |
| 2.3.5 基因组组装 | 第40-41页 |
| 2.3.6 基因预测 | 第41-43页 |
| 2.3.7 基因功能注释 | 第43-45页 |
| 2.3.8 平均核酸相似性分析 | 第45-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-48页 |
| 第三章 副猪嗜血杆菌遗传变异分析 | 第48-76页 |
| 3.1 材料 | 第48页 |
| 3.2 方法 | 第48-50页 |
| 3.2.1 单核苷酸多态性（SNP）分析 | 第48页 |
| 3.2.2 小片段插入缺失（Small InDel）分析 | 第48-49页 |
| 3.2.3 结构变异（SV）分析 | 第49页 |
| 3.2.4 共有SNP和Small InDel分析 | 第49页 |
| 3.2.5 DNA水平变异基因分析 | 第49-50页 |
| 3.2.6 DNA水平共有变异基因分析 | 第50页 |
| 3.2.7 变异基因在Core/accessory genome上的分布 | 第50页 |
| 3.2.8 进化分析 | 第50页 |
| 3.3 结果 | 第50-74页 |
| 3.3.1 单核苷酸多态性（SNP）分析 | 第50-54页 |
| 3.3.2 小片段插入缺失（Small InDel）分析 | 第54-60页 |
| 3.3.3 结构变异（SV）分析 | 第60-64页 |
| 3.3.4 共有SNP和Small InDel分析 | 第64-65页 |
| 3.3.5 DNA水平变异基因分析 | 第65-68页 |
| 3.3.6 DNA水平共有变异基因分析 | 第68-69页 |
| 3.3.7 变异基因在Core/accessory genome上的分布 | 第69-71页 |
| 3.3.8 进化分析 | 第71-74页 |
| 3.4 讨论 | 第74-76页 |
| 第四章 副猪嗜血杆菌分型研究 | 第76-105页 |
| 4.1 材料 | 第76页 |
| 4.1.1 菌株 | 第76页 |
| 4.1.2 试剂 | 第76页 |
| 4.1.3 培养基配制 | 第76页 |
| 4.2 方法 | 第76-81页 |
| 4.2.1 传统血清定型 | 第76页 |
| 4.2.2 multiple PCR（mPCR）分子血清定型 | 第76-78页 |
| 4.2.3 荚膜位点检测与分型 | 第78页 |
| 4.2.4 多位点序列分型 | 第78-81页 |
| 4.2.5 传统血清分型、mPCR分型和荚膜位点分型比较 | 第81页 |
| 4.2.6 多位点序列分型与mPCR分型关联分析 | 第81页 |
| 4.2.7 ST流行性和优势ST分析 | 第81页 |
| 4.3 结果 | 第81-102页 |
| 4.3.1 传统血清定型 | 第81-82页 |
| 4.3.2 multiple PCR（mPCR）分子血清定型 | 第82-83页 |
| 4.3.3 荚膜位点检测与分型 | 第83-87页 |
| 4.3.4 多位点序列分型 | 第87-98页 |
| 4.3.5 传统血清分型、mPCR分型和荚膜位点分型比较 | 第98-99页 |
| 4.3.6 多位点序列分型与mPCR分型关联分析 | 第99-100页 |
| 4.3.7 ST流行性和优势ST分析 | 第100-102页 |
| 4.4 讨论 | 第102-105页 |
| 第五章 副猪嗜血杆菌耐药性研究 | 第105-110页 |
| 5.1 材料 | 第105页 |
| 5.1.1 菌株 | 第105页 |
| 5.1.2 试剂 | 第105页 |
| 5.2 方法 | 第105页 |
| 5.2.1 耐药基因检测 | 第105页 |
| 5.2.2 耐药性检测 | 第105页 |
| 5.3 结果 | 第105-109页 |
| 5.3.1 耐药基因检测 | 第105-108页 |
| 5.3.2 耐药性检测 | 第108-109页 |
| 5.4 讨论 | 第109-110页 |
| 第六章 全文结论 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 作者简历 | 第122-123页 |
