| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 引言 | 第12-24页 |
| 1.1 蒙古马简介及其现状 | 第12-13页 |
| 1.2 睾丸发育和精子发生过程 | 第13-14页 |
| 1.3 piRNA的简介 | 第14-16页 |
| 1.3.1 piRNA的特征 | 第14页 |
| 1.3.2 piRNA的来源和产生 | 第14-16页 |
| 1.3.2.1 piRNA在体细胞中的生成 | 第15页 |
| 1.3.2.2 piRNA在生殖细胞中的生成 | 第15-16页 |
| 1.4 piRNA的功能机制 | 第16-20页 |
| 1.4.1 piRNA与胚胎发育 | 第16页 |
| 1.4.2 piRNA与生殖细胞的发育 | 第16-17页 |
| 1.4.3 piRNA与蛋白质翻译调节 | 第17页 |
| 1.4.4 piRNA与转座子沉默、DNA的完整性 | 第17-18页 |
| 1.4.5 piRNA对基因表达的调控 | 第18页 |
| 1.4.6 piRNA与性别决定 | 第18-19页 |
| 1.4.7 piRNA的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.5 本研究主要用到的相关技术 | 第20-22页 |
| 1.5.1 高通量测序技术 | 第20-21页 |
| 1.5.2 生物信息学分析 | 第21页 |
| 1.5.3 实时荧光定量PCR技术 | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的及意义 | 第22页 |
| 1.7 本研究的技术路线 | 第22-24页 |
| 2 实验一: 蒙古马睾丸组织piRNA数据库的建立及分析 | 第24-54页 |
| 2.1 实验动物与样品采集 | 第24页 |
| 2.2 实验仪器与设备 | 第24页 |
| 2.3 实验试剂 | 第24页 |
| 2.4 实验主要数据库及生物软件 | 第24页 |
| 2.5 实验方法与步骤 | 第24-28页 |
| 2.5.1 Small RNA的文库构建与检测 | 第24-25页 |
| 2.5.2 上机测序 | 第25-26页 |
| 2.5.3 生物信息学分析 | 第26-28页 |
| 2.5.3.1 测序数据的质量控制 | 第26页 |
| 2.5.3.2 参考序列比对 | 第26-27页 |
| 2.5.3.3 新piRNA预测 | 第27页 |
| 2.5.3.4 sRNA分类注释统计 | 第27页 |
| 2.5.3.5 piRNA cluster差异表达分析 | 第27页 |
| 2.5.3.6 piRNA cluster临近基因预测 | 第27页 |
| 2.5.3.7 piRNA来源分析 | 第27页 |
| 2.5.3.8 GO功能富集分析和KEGG富集分析 | 第27-28页 |
| 2.6 实验结果与分析 | 第28-49页 |
| 2.6.1 piRNA分析结果 | 第28-35页 |
| 2.6.1.1 各样品中未知piRNA预测统计 | 第28页 |
| 2.6.1.2 piRNA碱基偏好性分析 | 第28-29页 |
| 2.6.1.3 piRNA染色体转录活性分析 | 第29-30页 |
| 2.6.1.4 piRNA来源分析 | 第30-32页 |
| 2.6.1.5 Gene Ontology(GO)功能富集分析 | 第32-33页 |
| 2.6.1.6 KEGG Pathway富集分析 | 第33-35页 |
| 2.6.2 piRNA cluster分析 | 第35-49页 |
| 2.6.2.1 piRNA cluster染色体分布 | 第35-36页 |
| 2.6.2.2 piRNA cluster链偏好性 | 第36-37页 |
| 2.6.2.3 piRNA cluster表达水平分析 | 第37-38页 |
| 2.6.2.4 样品TPM密度分布 | 第38-39页 |
| 2.6.2.5 样品间相关性检验 | 第39-41页 |
| 2.6.2.6 piRNA cluster差异表达分析 | 第41-47页 |
| 2.6.2.7 差异表达piRNA cluster表达水平聚类分析 | 第47-48页 |
| 2.6.2.8 K-means聚类分析 | 第48-49页 |
| 2.7 讨论 | 第49-54页 |
| 2.7.1 piRNA的生物功能 | 第49-50页 |
| 2.7.2 piRNA对应的piwi蛋白的功能 | 第50-51页 |
| 2.7.3 piRNA来源基因GO、KEGG研究结果讨论 | 第51-52页 |
| 2.7.4 piRNA cluster的功能 | 第52-54页 |
| 3 实验二: 差异piRNA的表达研究 | 第54-67页 |
| 3.1 实验动物与样品采集 | 第54页 |
| 3.2 实验仪器与设备 | 第54页 |
| 3.3 实验试剂 | 第54-55页 |
| 3.4 实验方法与步骤 | 第55-59页 |
| 3.4.1 总RNA的提取 | 第55-56页 |
| 3.4.2 Total RNA样品检测 | 第56页 |
| 3.4.3 性成熟前后睾丸组织总RNA反转录合成cDNA | 第56-57页 |
| 3.4.4 差异表达piRNA的验证 | 第57-59页 |
| 3.4.4.1 引物设计 | 第57-58页 |
| 3.4.2.2 引物溶解及稀释 | 第58页 |
| 3.4.2.3 引物特异性检测及反应温度确定 | 第58页 |
| 3.4.2.4 实时荧光定量PCR体系及条件 | 第58-59页 |
| 3.4.2.5 荧光定量PCR数据统计分析 | 第59页 |
| 3.5 实验结果与分析 | 第59-63页 |
| 3.5.1 总RNA提取和检测 | 第59-61页 |
| 3.5.1.1 总RNA纯度及浓度测定 | 第59-60页 |
| 3.5.1.2 总RNA质量检测结果 | 第60-61页 |
| 3.5.2 与睾丸发育和精子生成相关的功能piRNA的确定 | 第61页 |
| 3.5.3 与睾丸发育和精子生成相关piRNA的实时荧光定量PCR验证 | 第61-63页 |
| 3.6 讨论 | 第63-67页 |
| 4 结论 | 第67-68页 |
| 5 展望 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 作者简介 | 第76页 |
