| 中文摘要 | 第1-8页 |
| SUMMARY | 第8-11页 |
| 第一章 前言 | 第11-25页 |
| ·猪种起源 | 第12-16页 |
| ·中国地方猪种 | 第12-13页 |
| ·贵州地方猪种 | 第13-16页 |
| ·我国地方猪种与欧洲猪种的比较 | 第16页 |
| ·拷贝数变异的研究进展 | 第16-24页 |
| ·CNV的简介 | 第17-18页 |
| ·CNV的常见变异形式 | 第18页 |
| ·CNV的形成机理 | 第18-20页 |
| ·CNV的作用机制 | 第20-21页 |
| ·CNV的检测方法 | 第21-23页 |
| ·猪全基因组CNV的研究进展 | 第23-24页 |
| ·研究目的和意义 | 第24-25页 |
| 第二章 从江香猪拷贝数变异的关联分析 | 第25-72页 |
| ·材料与方法 | 第25-30页 |
| ·实验材料 | 第25-26页 |
| ·主要试剂 | 第26-27页 |
| ·主要实验仪器 | 第27-28页 |
| ·主要溶液的配制 | 第28-29页 |
| ·引物设计 | 第29-30页 |
| ·实验方法 | 第30-37页 |
| ·血液基因组DNA的提取 | 第30-31页 |
| ·DNA浓度和纯度的检测 | 第31-32页 |
| ·PCR扩增 | 第32页 |
| ·荧光定量PCR | 第32-33页 |
| ·琼脂糖凝胶电泳 | 第33页 |
| ·目的DNA片段的回收与纯化 | 第33-34页 |
| ·DNA的连接 | 第34页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第34-35页 |
| ·重组质粒的转化 | 第35页 |
| ·菌落PCR鉴定 | 第35-36页 |
| ·质粒DNA的提取 | 第36-37页 |
| ·目的DNA测序 | 第37页 |
| ·全基因组CNVR的研究 | 第37-40页 |
| ·SNP基因型的判定 | 第37-38页 |
| ·利用PENNCNV推测拷贝数 | 第38-39页 |
| ·数据的质量控制 | 第39-40页 |
| ·CNVR的合并 | 第40页 |
| ·QTL的定位 | 第40-41页 |
| ·SNP芯片结果的验证 | 第41-44页 |
| ·标准曲线的制备 | 第41-44页 |
| ·区间的验证 | 第44页 |
| ·数据的分析 | 第44-45页 |
| ·QPCR结果的处理 | 第44页 |
| ·香猪全基因组关联分析 | 第44-45页 |
| ·CNVR包括的基因及基因功能分析 | 第45页 |
| ·每个拷贝数变异区间不同猪品种间的比较 | 第45页 |
| ·结果 | 第45-66页 |
| ·全基因组DNA的检测 | 第45-46页 |
| ·PCR扩增及测序 | 第46-47页 |
| ·荧光定量PCR扩增曲线 | 第47页 |
| ·不同CNVR香猪拷贝数测定 | 第47-52页 |
| ·不同拷贝数变异区间与香猪体尺指标的相关性分析 | 第52-59页 |
| ·CNVR包括的基因及基因功能分析 | 第59-62页 |
| ·不同CNVR中香猪与可乐猪、荣昌猪及大白猪对比 | 第62-66页 |
| ·讨论 | 第66-72页 |
| ·香猪高低群体在各CNVR中的分布 | 第66-67页 |
| ·不同CNVR中香猪与可乐猪、荣昌猪及大白猪的种间比较 | 第67-72页 |
| 第三章 贵州地方猪毛色与KIT基因拷贝数变异之间的关联分析 | 第72-85页 |
| ·材料与方法 | 第72-74页 |
| ·实验材料 | 第72-73页 |
| ·主要试剂同第二章 | 第73页 |
| ·引物的设计及合成 | 第73-74页 |
| ·主要溶液的配制 （同第二章） | 第74页 |
| ·主要实验仪器 （同第二章） | 第74页 |
| ·实验方法 | 第74页 |
| ·血液基因组DNA的提取及检测（同第二章） | 第74页 |
| ·QPCR检测样本和分析 | 第74页 |
| ·毛色与拷贝数的相关性分析 | 第74页 |
| ·结果 | 第74-81页 |
| ·全基因组DNA的检测 | 第74-75页 |
| ·KIT和COL10基因片段的克隆 | 第75-76页 |
| ·荧光定量PCR扩增曲线 | 第76-78页 |
| ·贵州地方猪KIT基因拷贝数的检测 | 第78-79页 |
| ·贵州地方猪不同毛色个体中KIT基因的拷贝数 | 第79-80页 |
| ·地方猪毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析 | 第80-81页 |
| ·讨论 | 第81-84页 |
| ·结论 | 第84-85页 |
| 第四章 小结 | 第85-86页 |
| 缩略语 | 第86-87页 |
| 致谢 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-95页 |
| 附录一 | 第95-96页 |
| 附录二 | 第96-97页 |
| 图版一 | 第97-99页 |
| 图版二 | 第99-101页 |
| 图版三 | 第101-102页 |