| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第7-9页 |
| 1 绪论 | 第9-20页 |
| ·剑麻及产业概况 | 第9页 |
| ·剑麻斑马纹病 | 第9-12页 |
| ·病原菌基本特征 | 第10-11页 |
| ·疫霉的危害 | 第11页 |
| ·疫霉与植物互作的研究 | 第11-12页 |
| ·差异基因片段筛选方法 | 第12-15页 |
| ·DNA微阵列(DNA microarray) | 第12-13页 |
| ·基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE) | 第13-14页 |
| ·cDNA-AFLP | 第14页 |
| ·代表性差异分析(RDA) | 第14-15页 |
| ·抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization SSH) | 第15页 |
| ·测序技术研究进展 | 第15-18页 |
| ·Heliscope单分子测序 | 第16页 |
| ·Pacific Bioscience SMRTT技术 | 第16-17页 |
| ·纳米孔单分子技术 | 第17-18页 |
| ·研究目的及意义、内容和技术路线 | 第18-20页 |
| ·研究目的及意义 | 第18页 |
| ·研究内容 | 第18-19页 |
| ·技术路线 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-32页 |
| ·实验材料 | 第20-21页 |
| ·植物材料 | 第20页 |
| ·质粒及菌株 | 第20页 |
| ·酶和生化试剂 | 第20页 |
| ·培养基配制 | 第20-21页 |
| ·实验仪器 | 第21页 |
| ·RNA提取 | 第21-22页 |
| ·实验材料处理 | 第21页 |
| ·RNA提取及质量检测 | 第21-22页 |
| ·转录组测序 | 第22-25页 |
| ·cDNA文库构建和测序 | 第22页 |
| ·信息分析流程 | 第22-25页 |
| ·荧光定量验证 | 第25-27页 |
| ·用于分析的差异基因筛选 | 第25页 |
| ·差异基因荧光定量PCR | 第25-27页 |
| ·剑麻遗传转化体系 | 第27-32页 |
| ·ihpRNA载体构建 | 第27-29页 |
| ·ihpRNA载体转化农杆菌EHA105 | 第29-30页 |
| ·重组质粒转农杆菌的PCR检测 | 第30页 |
| ·剑麻组培及愈伤诱导 | 第30页 |
| ·农杆菌介导的遗传转化 | 第30-31页 |
| ·剑麻转化植株PCR检测 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-65页 |
| ·RNA质量检测 | 第32-34页 |
| ·转录组数据分析 | 第34-49页 |
| ·测序结果及质量控制 | 第34-35页 |
| ·覆盖度、深度分析 | 第35页 |
| ·功能注释 | 第35-38页 |
| (1) NR数据库注释 | 第36-37页 |
| (2) COG功能注释 | 第37-38页 |
| ·GO分类 | 第38-40页 |
| ·KEGG代谢通路分析 | 第40-46页 |
| ·编码蛋白框预测 | 第46-47页 |
| ·表达差异分析 | 第47-48页 |
| ·SSR分布 | 第48页 |
| ·SNP分析 | 第48-49页 |
| ·差异基因筛选 | 第49-53页 |
| ·荧光定量PCR对基因表达量的验证 | 第53-59页 |
| ·剑麻遗传转化体系 | 第59-65页 |
| ·RNAi载体的鉴定 | 第59-63页 |
| ·RNAi载体转化农杆菌的鉴定 | 第63页 |
| ·农杆菌介导的遗传转化 | 第63-64页 |
| ·转基因剑麻分子检测 | 第64-65页 |
| 4 讨论 | 第65-68页 |
| ·转录组RNA样品准备、提取及送样 | 第65页 |
| ·差异基因筛选 | 第65页 |
| ·转录组测序结果荧光定量PCR验证 | 第65-66页 |
| ·RNA干扰 | 第66-67页 |
| ·根癌农杆菌介导的遗传转化 | 第67-68页 |
| 5 结论 | 第68-69页 |
| 6 本研究的后续工作 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
