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剑麻受烟草疫霉侵染后转录组测序分析

摘要第1-5页
Abstract第5-7页
目录第7-9页
1 绪论第9-20页
   ·剑麻及产业概况第9页
   ·剑麻斑马纹病第9-12页
     ·病原菌基本特征第10-11页
     ·疫霉的危害第11页
     ·疫霉与植物互作的研究第11-12页
   ·差异基因片段筛选方法第12-15页
     ·DNA微阵列(DNA microarray)第12-13页
     ·基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)第13-14页
     ·cDNA-AFLP第14页
     ·代表性差异分析(RDA)第14-15页
     ·抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization SSH)第15页
   ·测序技术研究进展第15-18页
     ·Heliscope单分子测序第16页
     ·Pacific Bioscience SMRTT技术第16-17页
     ·纳米孔单分子技术第17-18页
   ·研究目的及意义、内容和技术路线第18-20页
     ·研究目的及意义第18页
     ·研究内容第18-19页
     ·技术路线第19-20页
2 材料与方法第20-32页
   ·实验材料第20-21页
     ·植物材料第20页
     ·质粒及菌株第20页
     ·酶和生化试剂第20页
     ·培养基配制第20-21页
     ·实验仪器第21页
   ·RNA提取第21-22页
     ·实验材料处理第21页
     ·RNA提取及质量检测第21-22页
   ·转录组测序第22-25页
     ·cDNA文库构建和测序第22页
     ·信息分析流程第22-25页
   ·荧光定量验证第25-27页
     ·用于分析的差异基因筛选第25页
     ·差异基因荧光定量PCR第25-27页
   ·剑麻遗传转化体系第27-32页
     ·ihpRNA载体构建第27-29页
     ·ihpRNA载体转化农杆菌EHA105第29-30页
     ·重组质粒转农杆菌的PCR检测第30页
     ·剑麻组培及愈伤诱导第30页
     ·农杆菌介导的遗传转化第30-31页
     ·剑麻转化植株PCR检测第31-32页
3 结果与分析第32-65页
   ·RNA质量检测第32-34页
   ·转录组数据分析第34-49页
     ·测序结果及质量控制第34-35页
     ·覆盖度、深度分析第35页
     ·功能注释第35-38页
   (1) NR数据库注释第36-37页
   (2) COG功能注释第37-38页
     ·GO分类第38-40页
     ·KEGG代谢通路分析第40-46页
     ·编码蛋白框预测第46-47页
     ·表达差异分析第47-48页
     ·SSR分布第48页
     ·SNP分析第48-49页
   ·差异基因筛选第49-53页
   ·荧光定量PCR对基因表达量的验证第53-59页
   ·剑麻遗传转化体系第59-65页
     ·RNAi载体的鉴定第59-63页
     ·RNAi载体转化农杆菌的鉴定第63页
     ·农杆菌介导的遗传转化第63-64页
     ·转基因剑麻分子检测第64-65页
4 讨论第65-68页
   ·转录组RNA样品准备、提取及送样第65页
   ·差异基因筛选第65页
   ·转录组测序结果荧光定量PCR验证第65-66页
   ·RNA干扰第66-67页
   ·根癌农杆菌介导的遗传转化第67-68页
5 结论第68-69页
6 本研究的后续工作第69-70页
参考文献第70-75页
致谢第75页

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