| 附件 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 第一章 引言 | 第16-29页 |
| ·黄瓜的种质资源 | 第16-18页 |
| ·主要的黄瓜资源中心 | 第16-17页 |
| ·黄瓜资源的研究与利用 | 第17页 |
| ·黄瓜核心种质构建 | 第17-18页 |
| ·黄瓜遗传图谱和 QTL 定位研究进展 | 第18-20页 |
| ·高密度连锁图谱构建 | 第18页 |
| ·黄瓜重要农艺性状的 QTL 定位 | 第18-20页 |
| ·基因家族分析 | 第20页 |
| ·黄瓜的起源与驯化 | 第20-25页 |
| ·驯化综合征 | 第20-21页 |
| ·瓶颈效应与选择性清除 | 第21-22页 |
| ·黄瓜进化历史 | 第22-25页 |
| ·利用重测序研究作物的遗传多样性与人工驯化 | 第25-26页 |
| ·植物全基因组测序的研究进展 | 第25页 |
| ·全基因组重测序与驯化 | 第25-26页 |
| ·黄瓜尚未开展重测序 | 第26页 |
| ·黄瓜研究目前存在的问题 | 第26-27页 |
| ·缺乏有效的研究群体 | 第26页 |
| ·缺乏高密度的变异组图谱 | 第26-27页 |
| ·起源及向外传播途径存在争议 | 第27页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第27-29页 |
| ·目的与意义 | 第27页 |
| ·技术路线图 | 第27-29页 |
| 第二章 筛选黄瓜的核心种质库 | 第29-36页 |
| ·前言 | 第29页 |
| ·材料与方法 | 第29-30页 |
| ·植物材料 | 第29页 |
| ·遗传多样性分析 | 第29-30页 |
| ·构建核心种质库 | 第30页 |
| ·核心种质库的评价 | 第30页 |
| ·结果与分析 | 第30-34页 |
| ·黄瓜种质资源的遗传变异 | 第30-31页 |
| ·黄瓜种质资源的群体结构 | 第31-32页 |
| ·筛选黄瓜核心种质库 | 第32-33页 |
| ·核心种质库的评价 | 第33-34页 |
| ·讨论 | 第34-35页 |
| ·核心种质建库策略的选择 | 第34-35页 |
| ·核心种质库质量评价 | 第35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第三章 构建黄瓜全基因组变异图谱 | 第36-47页 |
| ·前言 | 第36页 |
| ·材料与方法 | 第36-39页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第36页 |
| ·全基因组重测序 | 第36-37页 |
| ·与参考基因组序列比对 | 第37页 |
| ·SNP 鉴定 | 第37-38页 |
| ·Indel 鉴定 | 第38页 |
| ·PAV 鉴定 | 第38页 |
| ·SNP 验证 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-45页 |
| ·SNP | 第39-42页 |
| ·Indel | 第42-43页 |
| ·PAV | 第43-44页 |
| ·SNP 数据的准确性验证 | 第44-45页 |
| ·讨论 | 第45-46页 |
| ·利用重测序策略直接获得目标个体的基因型 | 第45页 |
| ·关于预测 SNP 准确度的验证 | 第45-46页 |
| ·小结 | 第46-47页 |
| 第四章 黄瓜的群体结构与遗传多样性 | 第47-61页 |
| ·前言 | 第47页 |
| ·材料与方法 | 第47-49页 |
| ·重构黄瓜的群体结构 | 第47-48页 |
| ·计算黄瓜基因组内的连锁不平衡 | 第48页 |
| ·分析黄瓜的遗传多样性 | 第48页 |
| ·推测栽培黄瓜的起源 | 第48-49页 |
| ·结果与分析 | 第49-59页 |
| ·群体结构 | 第49-53页 |
| ·连锁不平衡 | 第53-56页 |
| ·遗传多样性分析 | 第56-57页 |
| ·栽培黄瓜起源的推测 | 第57-59页 |
| ·讨论 | 第59-60页 |
| ·印度黄瓜是栽培黄瓜的祖先类型 | 第59页 |
| ·连锁不平衡的应用 | 第59-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| 第五章 黄瓜群体分化的分子基础 | 第61-73页 |
| ·前言 | 第61页 |
| ·材料和方法 | 第61-64页 |
| ·计算固定指数 | 第61页 |
| ·确定亚群间高度分化区域和异义 SNP | 第61-62页 |
| ·利用群体分化克隆β-胡萝卜素羟化酶基因 | 第62-64页 |
| ·结果与分析 | 第64-71页 |
| ·固定指数 FST | 第64-65页 |
| ·栽培亚群间高度分化区域和异义突变 SNP 的分析 | 第65-67页 |
| ·利用群体分化克隆β-胡萝卜素羟化酶基因 | 第67-71页 |
| ·讨论 | 第71-72页 |
| ·西双版纳黄瓜可用于栽培黄瓜遗传改良 | 第71页 |
| ·群体分化与基因克隆 | 第71-72页 |
| ·小结 | 第72-73页 |
| 第六章 黄瓜的人工驯化 | 第73-87页 |
| ·前言 | 第73-74页 |
| ·材料与方法 | 第74-76页 |
| ·估计瓶颈效应大小 | 第74页 |
| ·预测驯化选择区域 | 第74-75页 |
| ·定位黄瓜果实苦味基因 Bi、Bt | 第75页 |
| ·初定位黄瓜果实长度 QTL | 第75-76页 |
| ·果实苦味和果实长度性状的受选择分析 | 第76页 |
| ·结果与分析 | 第76-84页 |
| ·瓶颈效应 | 第76-77页 |
| ·驯化选择区域 | 第77-80页 |
| ·果实苦味性状的驯化分析 | 第80-82页 |
| ·果实长度性状的驯化分析 | 第82-84页 |
| ·讨论 | 第84-86页 |
| ·驯化选择区域的确定 | 第84-85页 |
| ·栽培黄瓜可能经历同一次驯化事件 | 第85页 |
| ·黄瓜驯化性状分析 | 第85-86页 |
| ·小结 | 第86-87页 |
| 第七章 全文结论 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-99页 |
| 附录 | 第99-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
| 作者简介 | 第115页 |
| 研究生期间发表论文 | 第115页 |