| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 引言 | 第10-22页 |
| 1 表达序列标签（ESTs）概述 | 第10-12页 |
| ·EST 序列的获取 | 第10-11页 |
| ·EST 技术的研究现状 | 第11页 |
| ·EST 研究中存在的问题和展望 | 第11-12页 |
| 2 SSR 分子标记研究进展 | 第12-15页 |
| ·基于克隆方法的 SSR 分子标记的开发 | 第12-13页 |
| ·基于 EST 数据的 SSR 分子标记的开发 | 第13-14页 |
| ·EST-SSR 标记在水产动物中的应用 | 第14-15页 |
| ·SSR 标记辅助育种 | 第15页 |
| 3. SNP 分子标记的研究进展 | 第15-18页 |
| ·SNP 分子标记的概述 | 第15-16页 |
| ·SNP 分型方法 | 第16-17页 |
| ·EST-SNP 标记在水产研究中的应用 | 第17页 |
| ·SNP 标记辅助育种 | 第17-18页 |
| 4 大口黑鲈 SSR 和 SNP 分子标记开发研究进展 | 第18-22页 |
| 第一章 大口黑鲈两个亚种 EST 数据库的构建与分析 | 第22-31页 |
| 1 材料方法 | 第22-23页 |
| ·实验鱼 | 第22页 |
| ·研究方法 | 第22-23页 |
| ·总 RNA 提取 | 第22-23页 |
| ·cDNA 反转录合成第一链，反应体系 | 第23页 |
| ·454 文库构建和测序 | 第23页 |
| ·序列处理与拼接 | 第23页 |
| 2 结果与分析 | 第23-29页 |
| ·EST 序列和 EST 序列拼接 | 第23-25页 |
| ·GO 分类 | 第25-26页 |
| ·大口黑鲈 EST-SSRs 的分布特征 | 第26-28页 |
| ·EST-SNP 出现的频率及突变类型 | 第28-29页 |
| ·大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种基因差异 | 第29页 |
| 3 讨论 | 第29-31页 |
| 第二章 大口黑鲈 EST-SSR 的筛选 | 第31-41页 |
| 1 材料 | 第31-32页 |
| ·实验鱼 | 第31页 |
| ·主要药品与试剂 | 第31页 |
| ·常用溶液及缓冲液 | 第31-32页 |
| ·主要的仪器设备 | 第32页 |
| 2 方法 | 第32-39页 |
| ·大口黑鲈基因组 DNA 提取 | 第32页 |
| ·大口黑鲈 ESTs 中微卫星序列的查找和引物合成 | 第32-37页 |
| ·PCR 扩增 | 第37页 |
| ·扩增产物的电泳和银染检测 | 第37-38页 |
| ·电泳图谱分析 | 第38页 |
| ·等位基因统计与数据处理 | 第38-39页 |
| 3 结果与分析 | 第39-41页 |
| ·EST-SSRs 筛选结果 | 第39页 |
| ·EST-SSRs 标记多态性分析 | 第39-40页 |
| ·15 个微卫星的功能注释 | 第40-41页 |
| 4 讨论 | 第41页 |
| 第三章 大口黑鲈 SNP 的筛选及载脂蛋白部分序列上 SNP 多态性与生长相关的分析 | 第41-49页 |
| 1 材料与方法 | 第42-44页 |
| ·样品来源 | 第42页 |
| ·主要试剂和材料 | 第42页 |
| ·引物的合成 | 第42-43页 |
| ·载脂蛋白、丝氨酸蛋白抑制剂、锌指蛋白等基因 SNP 位点的筛选 | 第43页 |
| ·载脂蛋白上的 SNP 位点分型 | 第43-44页 |
| ·数据统计分析 | 第44页 |
| 2 结果 | 第44-48页 |
| ·载脂蛋白、丝氨酸蛋白抑制剂、锌指蛋白等基因上 SNPs 位点的获得 | 第44-45页 |
| ·载脂蛋白基因部分序列的 SNP 位点的获得和分析 | 第45-46页 |
| ·载脂蛋白基因上 SNPs 位点在大口黑鲈群体中的多态性分析 | 第46-47页 |
| ·载脂蛋白 4 个 SNPs 位点的多态性与大口黑鲈生长性状关联分析 | 第47-48页 |
| 3 讨论 | 第48-49页 |
| 全文总结 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-56页 |
| 附录一 中英文对照缩略词表（Abbreviations） | 第56-58页 |
| 附录二 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
