| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-16页 |
| ·RNA-Seq 实验概述 | 第12页 |
| ·采用概率方法求解基因和异构体表达水平 | 第12-13页 |
| ·本文主要研究内容和思路 | 第13-14页 |
| ·本文的组织结构 | 第14-16页 |
| 第二章 背景介绍 | 第16-26页 |
| ·生物背景知识 | 第16-17页 |
| ·NGS | 第17-20页 |
| ·454 测序技术 | 第18-19页 |
| ·Illumina 测序技术 | 第19页 |
| ·ABI/SOLiD | 第19-20页 |
| ·转录组研究技术介绍 | 第20-24页 |
| ·基于杂交的方法 | 第20-21页 |
| ·基于测序的方法 | 第21-22页 |
| ·RNA-Seq 方法 | 第22-24页 |
| ·贝叶斯网络基础知识介绍 | 第24-26页 |
| 第三章 基因和基因剪切异构体表达水平估计 | 第26-34页 |
| ·表达值估计的困难 | 第26-28页 |
| ·读段多源映射 | 第26-27页 |
| ·读段的非均匀分布 | 第27-28页 |
| ·已有方法介绍 | 第28-34页 |
| ·RPKM 介绍 | 第29-30页 |
| ·rSeq | 第30-31页 |
| ·mSeq，适用于读段非均匀分布的情况 | 第31页 |
| ·一种产生式图概率模型 | 第31-34页 |
| 第四章 基于 LDA 的 NU-LDA 模型 | 第34-42页 |
| ·LDA 模型背景介绍 | 第34页 |
| ·LDA 概率图模型 | 第34-36页 |
| ·NU-LDA 模型动机 | 第36-37页 |
| ·NU-LDA 概率图模型 | 第37-42页 |
| ·模型求解 | 第38-40页 |
| ·基因和异构体表达值计算 | 第40-42页 |
| 第五章 数据预处理 | 第42-50页 |
| ·数据集描述 | 第42-44页 |
| ·RNA-Seq 实验数据描述 | 第42-43页 |
| ·参考序列描述 | 第43页 |
| ·注释文件描述 | 第43-44页 |
| ·数据预处理 | 第44-46页 |
| ·生成参考序列 | 第44-45页 |
| ·对注释文件的处理 | 第45-46页 |
| ·序列比对 | 第46-48页 |
| ·比对软件的选择及参数设置 | 第46-47页 |
| ·比对结果 | 第47-48页 |
| ·整理成 NU-LDA 模型需要的数据格式 | 第48-50页 |
| 第六章 实验结果及讨论 | 第50-58页 |
| ·验证前期数据处理的正确性 | 第50-51页 |
| ·验证 NU-LDA 模型所求异构体表达值的可信性 | 第51页 |
| ·NU-LDA 模型与 rSeq 软件结果的对比 | 第51-54页 |
| ·矩阵无约束情况下结果讨论 | 第54-58页 |
| 第七章 结束语 | 第58-60页 |
| ·工作总结 | 第58-59页 |
| ·研究展望 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-66页 |
| 致谢 | 第66-67页 |
| 在学期间的研究成果及发表的学术论文 | 第67-68页 |
| 附录 变分推导 | 第68-70页 |