| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 1 引言 | 第8-17页 |
| ·组成蛋白质的20 种氨基酸以及多肽链 | 第8-11页 |
| ·蛋白质的结构 | 第11-14页 |
| ·蛋白质的折叠 | 第14-17页 |
| ·研究蛋白质折叠的意义 | 第14-15页 |
| ·蛋白质折叠的计算机模拟 | 第15-17页 |
| 2 分子动力学模拟 | 第17-24页 |
| ·力场 | 第17-19页 |
| ·分子力场作用项的一般形式 | 第17-18页 |
| ·常见的力场 | 第18-19页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第19-20页 |
| ·时间积分算法和积分步长的选取 | 第20-23页 |
| ·模拟结果的分析 | 第23-24页 |
| 3 刚体动力学模型 | 第24-31页 |
| ·刚体动力学模型的理论基础 | 第24-25页 |
| ·刚体运动学分析 | 第25-29页 |
| ·欧拉角 | 第25-27页 |
| ·欧拉角与旋转矩阵的关系 | 第27-28页 |
| ·对刚体一般运动位移的描述 | 第28-29页 |
| ·刚体动力学分析 | 第29-31页 |
| 4 基于刚体动力学模型对丙氨酸饱和多肽链折叠的分子动力学模拟 | 第31-49页 |
| ·针对丙氨酸饱和多肽链的分子结构划分刚体结构 | 第31-32页 |
| ·针对17 个丙氨酸饱和多肽链的分子动力学模拟 | 第32-36页 |
| ·针对不同残基数量的丙氨酸饱和多肽链的分子动力学模拟 | 第36-49页 |
| 5 基于刚体动力学模型对 2I9M 饱和多肽链的分子动力学模拟 | 第49-54页 |
| ·针对2I9M 饱和多肽链的分子结构划分刚体结构 | 第49-50页 |
| ·针对 219M 饱和多肽链的分子动力学模拟 | 第50-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 附录A TINKER 中刚体算法的分子动力学模拟的计算流程和? 几种分子动力学模拟软件的介绍? | 第59-61页 |
| 附录B 2I9M 饱和多肽链的直链结构 | 第61-62页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
