禽传染性支气管炎病毒Sczy3株全基因组序列测定分析
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 英汉缩略词对照表 | 第7-11页 |
| 1 前言 | 第11-22页 |
| ·传染性支气管炎病毒分子生物学研究进展 | 第11-19页 |
| ·IBV生物学分类地位与病毒粒子特征 | 第11-12页 |
| ·IBV基因组结构 | 第12-13页 |
| ·鸡传染性支气管炎病毒复制机制 | 第13-14页 |
| ·IBV的结构蛋白与生物学功能 | 第14-17页 |
| ·IBV的非结构蛋白与生物学功能 | 第17-19页 |
| ·IBV的非编码区与生物学功能 | 第19页 |
| ·传染性支气管炎病毒分子遗传变异研究进展 | 第19-21页 |
| ·IBV分子遗传变异的机制 | 第19页 |
| ·基因突变的引起遗传变异 | 第19-20页 |
| ·基因重组的引起遗传变异 | 第20-21页 |
| ·研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 2 试验材料 | 第22-24页 |
| ·毒株 | 第22页 |
| ·菌种、载体 | 第22页 |
| ·鸡胚 | 第22页 |
| ·主要试剂 | 第22页 |
| ·常用试剂配制 | 第22-23页 |
| ·主要仪器 | 第23-24页 |
| 3 试验方法 | 第24-36页 |
| ·病毒培养 | 第24页 |
| ·病毒RNA提取 | 第24页 |
| ·Sczy3全基因组内部片段分段扩增 | 第24-27页 |
| ·引物设计 | 第24页 |
| ·RT-PCR扩增 | 第24-27页 |
| ·PCR反应 | 第27页 |
| ·RACE获取基因组末端片段 | 第27-32页 |
| ·RACE引物设计 | 第27-28页 |
| ·3’末端cDNA的扩增(3’RACE) | 第28-29页 |
| ·5’末端cDNA的扩增(5’RACE) | 第29-32页 |
| ·PCR产物回收和纯化 | 第32页 |
| ·PCR产物克隆 | 第32-34页 |
| ·E.coli DH5α感受态细胞的制备 | 第32-33页 |
| ·PCR回收产物与pMD19-T载体连接 | 第33页 |
| ·感受态细胞DNA转化 | 第33页 |
| ·重组质粒的筛选和鉴定 | 第33-34页 |
| ·阳性克隆质粒序列测定 | 第34页 |
| ·序列拼接和基因组全序列的生物信息学分析 | 第34-36页 |
| 4 结果 | 第36-53页 |
| ·基因组内部分段RT-PCR扩增结果 | 第36-37页 |
| ·基因组末端序列的扩增结果 | 第37页 |
| ·序列测定和拼接 | 第37-38页 |
| ·Sczy3全基因组结构分析 | 第38页 |
| ·转录调控序列分析 | 第38-40页 |
| ·全基因组及各基因同源性分析 | 第40-45页 |
| ·5’UTR和3’UTR同源性比对结果 | 第40页 |
| ·Gene 1基因组同源性比对结果 | 第40-44页 |
| ·Gene 2基因组同源性比对结果 | 第44-45页 |
| ·Gene 3基因组同源性比对结果 | 第45页 |
| ·Gene 4基因组同源性比对结果 | 第45页 |
| ·Gene 5基因组同源性比对结果 | 第45页 |
| ·Gene 6基因组同源性比对结果 | 第45页 |
| ·系统进化树分析 | 第45-50页 |
| ·全基因系统进化树分析 | 第45页 |
| ·S1基因系统进化树分析 | 第45-46页 |
| ·S2基因系统进化树分析 | 第46页 |
| ·E基因系统进化树分析 | 第46页 |
| ·M基因系统进化树分析 | 第46页 |
| ·N基因系统进化树分析 | 第46-50页 |
| ·重组推测 | 第50-53页 |
| ·RDP3.44重组检测 | 第50页 |
| ·Simplot 3.5.1序列相似性分析 | 第50页 |
| ·进化树拓扑结构分析 | 第50-53页 |
| 5 讨论 | 第53-56页 |
| ·全基因组分段扩增 | 第53页 |
| ·生物信息学分析 | 第53-54页 |
| ·基因重组研究 | 第54-56页 |
| 6 结论 | 第56-57页 |
| 参考文献 | 第57-65页 |
| 致谢 | 第65页 |
