| 中文摘要 | 第1-9页 |
| 英文摘要 | 第9-13页 |
| 前言Ⅰ 环境、宿主与鼠疫耶尔森氏菌 | 第13-21页 |
| 1 鼠疫-典型的自然疫源性疾病 | 第13页 |
| 2 鼠疫耶尔森氏菌的贮存宿主 | 第13-14页 |
| 3 鼠疫耶尔森氏菌的传播媒介 | 第14页 |
| 4 鼠疫耶尔森氏菌、宿主、媒介的相互作用 | 第14-15页 |
| 5 中国鼠疫自然疫源地 | 第15-20页 |
| 参考文献 | 第20-21页 |
| 前言Ⅱ 细菌的比较和进化基因组学 | 第21-30页 |
| 1 细菌基因组进化 | 第21-22页 |
| 2 细菌的比较和进化基因组学 | 第22-24页 |
| 3 细菌比较基因组学研究方法 | 第24-26页 |
| 4 鼠疫耶尔森氏菌的比较和进化基因组学 | 第26-28页 |
| 5 本研究的目的与意义 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-30页 |
| 第一章 鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析 | 第30-44页 |
| 1 导论 | 第30页 |
| 2 材料和方法 | 第30-35页 |
| 3 结果和讨论 | 第35-42页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片的研制 | 第35-37页 |
| ·芯片评价及用于比较基因组杂交 | 第37-41页 |
| ·基于DNA芯片的鼠疫耶尔森氏菌比较基因组学 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-44页 |
| 第二章 鼠疫耶尔森氏菌基因组进化与生态位适应研究 | 第44-78页 |
| 1 导论 | 第44-45页 |
| 2 材料和方法 | 第45-49页 |
| 3 结果和讨论 | 第49-76页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌自然分离株质粒和pgm位点的缺失特性 | 第49-50页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌自然分离株的DFR | 第50-51页 |
| ·基于DFR的鼠疫耶尔森氏菌基因组分型 | 第51-53页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌的起源进化 | 第53-56页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌种内微进化 | 第56-57页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌在中国的传播与演化 | 第57-59页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌生态位适应与基因组进化 | 第59-76页 |
| 参考文献 | 第76-78页 |
| 第三章 鼠疫耶尔森氏菌生物型遗传基础的研究和新生物型--田鼠型的提出 | 第78-88页 |
| 1 导论 | 第78页 |
| 2 材料和方法 | 第78-82页 |
| 3 结果和讨论 | 第82-86页 |
| ·田鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌的独特表型特征 | 第82-83页 |
| ·田鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌的独特分子特征 | 第83-84页 |
| ·新生物型--田鼠型的提出 | 第84页 |
| ·glpD基因突变与东方型甘油降解阴性表型 | 第84页 |
| ·napA基因突变与中世纪型和田鼠型的脱氮阴性表型 | 第84-85页 |
| ·araC基因突变与田鼠型阿拉伯糖利用阴性表型 | 第85-86页 |
| ·对田鼠型鼠疫耶尔森氏菌对人不致病性的解释 | 第86页 |
| 参考文献 | 第86-88页 |
| 第四章 鼠疫耶尔森氏菌DNA标识序列的鉴定及其应用研究 | 第88-95页 |
| 1 导论 | 第88页 |
| 2 材料和方法 | 第88-90页 |
| 3 结果和讨论 | 第90-93页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌标识基因的鉴定 | 第90-92页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌特异性引物的设计及其应用 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-95页 |
| 第五章 鼠疫耶尔森氏菌活疫苗株的比较基因组学研究 | 第95-115页 |
| 1 导论 | 第95页 |
| 2 材料和方法 | 第95-98页 |
| 3 结果和讨论 | 第98-112页 |
| ·鼠疫活疫苗株缺失了大片段基因 | 第98-102页 |
| ·鼠疫耶尔森氏菌活疫苗株中存在大片段基因的拷贝增多 | 第102-103页 |
| ·EV菌苗和Tjiwidei菌苗的遗传变异 | 第103-104页 |
| ·结语 | 第104-112页 |
| 参考文献 | 第112-115页 |
| 细菌基因组进化的分子策略(综述) | 第115-128页 |
| 发表论文和申报专利 | 第128-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
