| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-16页 |
| ·课题研究背景 | 第8-11页 |
| ·系统生物学 | 第8页 |
| ·代谢网络的研究 | 第8-10页 |
| ·代谢网络与耐热性的关系 | 第10-11页 |
| ·计算方法 | 第11-14页 |
| ·支持向量机 | 第11页 |
| ·遗传算法 | 第11-12页 |
| ·粒子群优化算法 | 第12-13页 |
| ·网格搜索算法 | 第13-14页 |
| ·研究目标及意义 | 第14-16页 |
| ·立题依据 | 第14-15页 |
| ·研究内容 | 第15-16页 |
| 第二章 微生物代谢网络的重构 | 第16-24页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·代谢网络重构的基础 | 第16-18页 |
| ·网络重构的方法 | 第18-19页 |
| ·网络重构的实现 | 第19-22页 |
| ·本章小结 | 第22-24页 |
| 第三章 基于智能计算的微生物网络特征分析 | 第24-36页 |
| ·引言 | 第24页 |
| ·网络特征计算 | 第24-25页 |
| ·网络特征的关联性及重要性分析 | 第25-29页 |
| ·支持向量机结合优化算法构建分类器确定耐热性主要影响因素 | 第29-34页 |
| ·支持向量机（Support Vector Machine，SVM） | 第29-30页 |
| ·LS-SVM 结合遗传算法构建分类器 | 第30-31页 |
| ·LS-SVM 结合粒子群优化算法构建分类器 | 第31-32页 |
| ·LS-SVM 结合网格搜索算法构建分类器 | 第32-34页 |
| ·实验结果的分析 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第四章 微生物代谢网络模块化分析 | 第36-46页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·模块化的方法 | 第36-39页 |
| ·蝴蝶结结构 | 第37页 |
| ·层次聚类 | 第37-38页 |
| ·“成分”定义法 | 第38页 |
| ·Girvan-Newman 算法 | 第38-39页 |
| ·网络模块化结果及分析 | 第39-45页 |
| ·蝴蝶结结构模块化 | 第39-40页 |
| ·层次聚类结果 | 第40-42页 |
| ·“成分”定义法模块化 | 第42-44页 |
| ·Girvan-Newman（GN）算法模块化 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第五章 微生物代谢网络的比对研究 | 第46-56页 |
| ·引言 | 第46页 |
| ·网络比对方法 | 第46-49页 |
| ·微生物比对对的确定 | 第46-48页 |
| ·随机网络模型 | 第48页 |
| ·GRRAL 算法 | 第48-49页 |
| ·MI-GRRAL 算法 | 第49页 |
| ·网络比对结果 | 第49-54页 |
| ·与随机网络模型的比对 | 第49-51页 |
| ·GRRAL 比对结果 | 第51-53页 |
| ·MI-GRRAL 比对结果 | 第53-54页 |
| ·本章小结 | 第54-56页 |
| 第六章 总结与展望 | 第56-58页 |
| ·论文总结 | 第56页 |
| ·工作展望 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 附录：作者在攻读硕士学位期间研究成果 | 第68页 |