| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 绪论 | 第15-36页 |
| 1.1 煤污菌及其进化 | 第15-19页 |
| 1.1.1 煤污菌概述 | 第15-16页 |
| 1.1.2 煤污菌的进化 | 第16-19页 |
| 1.2 植物病原真菌基因组学研究 | 第19-28页 |
| 1.2.1 高通量测序技术 | 第19页 |
| 1.2.2 全基因组测序 | 第19-23页 |
| 1.2.3 致病基因概述 | 第23-28页 |
| 1.3 真菌基因组特征 | 第28-31页 |
| 1.3.1 基因组大小 | 第28-29页 |
| 1.3.2 染色体数目 | 第29-30页 |
| 1.3.3 转座子类型及功能 | 第30-31页 |
| 1.4 植物角质层的结构与功能 | 第31-34页 |
| 1.4.1 角质层和细胞壁响应多种病原菌 | 第33-34页 |
| 1.4.2 植物激素、角质层和病原菌互作关系 | 第34页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 苹果煤污病病原黄枝氯霉外寄生机制研究 | 第36-68页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 材料和方法 | 第36-44页 |
| 2.2.1 供试菌株与培养条件 | 第36-37页 |
| 2.2.2 DNA提取 | 第37页 |
| 2.2.3 基因组测序及组装 | 第37-38页 |
| 2.2.4 基因预测与功能注释 | 第38-39页 |
| 2.2.5 系统基因组学分析 | 第39-40页 |
| 2.2.6 田间接种与采样 | 第40页 |
| 2.2.7 转录组测序与分析 | 第40-43页 |
| 2.2.8 显微制样与观察 | 第43-44页 |
| 2.2.9 苹果果胶利用 | 第44页 |
| 2.3 结果 | 第44-66页 |
| 2.3.1 黄枝氯霉基因组基本特征 | 第44-46页 |
| 2.3.2 种系基因组学与基因家族进化分析 | 第46-49页 |
| 2.3.3 PTH11-like G蛋白偶联受体与候选效应蛋白显著减少 | 第49-51页 |
| 2.3.4 植物细胞壁水解酶明显缺失 | 第51-56页 |
| 2.3.5 角质酶与分泌脂肪酶显著扩张 | 第56-61页 |
| 2.3.6 黄枝氯霉与寄主的间接互作 | 第61-62页 |
| 2.3.7 转录组揭示外寄生菌表面适应和胁迫响应机制 | 第62-66页 |
| 2.4 讨论 | 第66-67页 |
| 2.5 结论 | 第67-68页 |
| 第三章 威斯康辛接瓶霉和陕西链丝孢外寄生机制研究 | 第68-84页 |
| 3.1 引言 | 第68页 |
| 3.2 材料和方法 | 第68-69页 |
| 3.2.1 供试菌株与培养条件 | 第68-69页 |
| 3.2.2 DNA提取 | 第69页 |
| 3.2.3 基因组测序及组装 | 第69页 |
| 3.2.4 基因预测与功能注释 | 第69页 |
| 3.2.5 种系基因组学分析 | 第69页 |
| 3.2.6 转录组测序与分析 | 第69页 |
| 3.3 结果 | 第69-81页 |
| 3.3.1 基因组基本特征 | 第69-71页 |
| 3.3.2 重复序列与RIP机制 | 第71-72页 |
| 3.3.3 基于全基因组的系统发育分析 | 第72-73页 |
| 3.3.4 基因家族聚类分析 | 第73-76页 |
| 3.3.5 植物细胞壁水解酶数量比较分析 | 第76-79页 |
| 3.3.6 PTH11-like G蛋白偶联受体与候选效应蛋白分析 | 第79-80页 |
| 3.3.7 角质酶和分泌脂肪酶分析 | 第80-81页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第81-84页 |
| 第四章 果生月盾霉紧凑基因组进化机制 | 第84-109页 |
| 4.1 引言 | 第84-85页 |
| 4.2 材料和方法 | 第85-87页 |
| 4.2.1 供试菌株 | 第85页 |
| 4.2.2 DNA建库与Oxford Nanopore测序 | 第85页 |
| 4.2.3 基因组组装 | 第85-86页 |
| 4.2.4 基因预测 | 第86页 |
| 4.2.5 蛋白家族分析 | 第86页 |
| 4.2.6 转录组分析 | 第86-87页 |
| 4.3 结果和分析 | 第87-106页 |
| 4.3.1 染色体水平的基因组组装 | 第87-91页 |
| 4.3.2 端粒重复单元分析 | 第91-93页 |
| 4.3.3 染色体共线性分析 | 第93-96页 |
| 4.3.4 重复序列分析 | 第96-99页 |
| 4.3.5 核糖体重复序列拷贝和转运RNA分析 | 第99页 |
| 4.3.6 非编码DNA分析 | 第99-101页 |
| 4.3.7 基因家族的尺寸缩减 | 第101-106页 |
| 4.4 讨论 | 第106-108页 |
| 4.5 结论 | 第108-109页 |
| 第五章 全文总结 | 第109-111页 |
| 5.1 研究结论 | 第109-110页 |
| 5.2 论文创新点 | 第110-111页 |
| 参考文献 | 第111-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 作者简介 | 第129页 |
