| 中文摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-17页 |
| 第一章 文献综述 | 第17-43页 |
| ·植物体细胞杂交 | 第17-19页 |
| ·植物杂交过程中的基因组和基因表达变异 | 第19-28页 |
| ·多倍体基因组变异 | 第19-24页 |
| ·多倍体进化过程中基因表达模式的变异 | 第24-27页 |
| ·体细胞杂交与多倍体的差异 | 第27-28页 |
| ·基于转录组的基因组变异和表达变化的高通量分析 | 第28-42页 |
| ·EST分析技术 | 第29-34页 |
| ·cDNA文库构建 | 第34-39页 |
| ·基因芯片 | 第39-41页 |
| ·基于转录组的基因组变异和表达变化的高通量分析研究进展 | 第41-42页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第42-43页 |
| 第二章 cDNA文库构建 | 第43-66页 |
| ·实验材料 | 第44-46页 |
| ·实验材料 | 第44页 |
| ·材料培养与处理 | 第44-45页 |
| ·主要试剂 | 第45-46页 |
| ·实验方法 | 第46-58页 |
| ·采用Invitrogen试剂盒构建cDNA文库 | 第46-53页 |
| ·采用Stratagene试剂盒构建文库 | 第53-58页 |
| ·结果与分析 | 第58-62页 |
| ·总RNA提取及mRNA的分离纯化 | 第58-59页 |
| ·双链cDNA的合成、片段大小分级及汇总 | 第59-60页 |
| ·文库的构建及质量鉴定 | 第60-62页 |
| ·讨论与总结 | 第62-66页 |
| ·cDNA文库的质量 | 第62-63页 |
| ·cDNA文库构建试剂盒的选择 | 第63-65页 |
| ·cDNA的分级分离 | 第65页 |
| ·本试验构建的cDNA文库的应用 | 第65-66页 |
| 第三章 cDNA文库的大规模EST测序和注释 | 第66-87页 |
| ·实验方法 | 第66-68页 |
| ·大规模EST测序 | 第66-67页 |
| ·数据处理和序列分析 | 第67-68页 |
| ·结果与分析 | 第68-82页 |
| ·cDNA文库大规模测序 | 第68-69页 |
| ·EST的拼接 | 第69-70页 |
| ·文库全长cDNA的鉴定 | 第70-71页 |
| ·小麦基因GC含量分析 | 第71页 |
| ·小麦EST数据的注释 | 第71-76页 |
| ·与不同植物EST序列的比较分析 | 第76-79页 |
| ·小麦基因密码子使用偏好性分析 | 第79-82页 |
| ·讨论 | 第82-87页 |
| ·大规模测序EST序列的应用 | 第82-83页 |
| ·测序方向的选择 | 第83页 |
| ·大批量EST数据的预处理问题 | 第83-84页 |
| ·mRNA的丰度问题 | 第84页 |
| ·大规模EST数据的聚类拼接 | 第84页 |
| ·EST序列的批量注释与功能分类 | 第84-85页 |
| ·全长基因的比例及评价 | 第85-86页 |
| ·物种GC含量与最优密码子使用特性的分析 | 第86-87页 |
| 第四章 EST序列的多态性分析 | 第87-142页 |
| ·材料与方法 | 第88-90页 |
| ·实验材料 | 第88页 |
| ·实验方法 | 第88-90页 |
| ·结果与分析 | 第90-135页 |
| ·SR3、JN177、Ta数据库EST的BlastN比对 | 第90-91页 |
| ·单核苷酸多态性(SNP)分析 | 第91-99页 |
| ·长度短于22bp的InDel分析 | 第99-111页 |
| ·InDel侧翼序列的GC含量分析 | 第111-118页 |
| ·长度大于22bp的InDel分析 | 第118-129页 |
| ·SR3发生变异的验证及匹配之外的序列多态性 | 第129-135页 |
| ·讨论 | 第135-142页 |
| ·非对称体细胞杂交导致了高频率的基因组变异 | 第135-137页 |
| ·非对称体细胞杂交的变异特征 | 第137-139页 |
| ·非对称体细胞杂交诱导的基因组变异的可能机制 | 第139-142页 |
| 第五章 表达谱分析 | 第142-164页 |
| ·材料和方法 | 第143-144页 |
| ·盐旱胁迫处理 | 第143页 |
| ·cDNA芯片探针设计及杂交 | 第143页 |
| ·数据分析 | 第143-144页 |
| ·结果 | 第144-158页 |
| ·芯片注释和总体分析 | 第144页 |
| ·对照条件下SR3和JN177间的转录组差异 | 第144-146页 |
| ·胁迫条件下SR3和JN177间的转录组差异 | 第146-155页 |
| ·芯片探针与cDNA文库比较 | 第155-158页 |
| ·讨论 | 第158-164页 |
| ·SR3耐盐能力相关的组成型和诱导型的生理转变特征 | 第159-162页 |
| ·SR3转录组改变的遗传学和表观遗传学机制 | 第162-164页 |
| 总结 | 第164-165页 |
| 附录 | 第165-166页 |
| 参考文献 | 第166-177页 |
| 致谢 | 第177-178页 |
| 博士学习期间发表的文章 | 第178页 |
