| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第12-17页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第12-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 本文研究内容与结构 | 第15-17页 |
| 第2章 相关理论及技术 | 第17-25页 |
| 2.1 高通量测序技术 | 第17-19页 |
| 2.1.1 高通量测序技术发展现状 | 第17-18页 |
| 2.1.2 高通量测序技术原理 | 第18-19页 |
| 2.1.3 高通量测序技术应用 | 第19页 |
| 2.2 BLAST分析库 | 第19-20页 |
| 2.3 公共基因数据库 | 第20-22页 |
| 2.3.1 NCBI | 第21页 |
| 2.3.2 EMBL | 第21-22页 |
| 2.3.3 DDBJ | 第22页 |
| 2.3.4 SGD | 第22页 |
| 2.4 编程语言选择 | 第22-23页 |
| 2.5 运行环境 | 第23-24页 |
| 2.6 小结 | 第24-25页 |
| 第3章 全物种基因数据的基因树构建分析系统设计 | 第25-33页 |
| 3.1 前言 | 第25页 |
| 3.2 基因树 | 第25页 |
| 3.3 基因树构建分析系统 | 第25-30页 |
| 3.3.1 Kimura两参数概率模型 | 第25-27页 |
| 3.3.2 系统分析流程 | 第27-30页 |
| 3.4 性能分析 | 第30-32页 |
| 3.4.1 数据源 | 第30-31页 |
| 3.4.2 结果分析 | 第31-32页 |
| 3.5 小结 | 第32-33页 |
| 第4章 基于多物种溯祖分析模型的生物树构建研究 | 第33-40页 |
| 4.1 前言 | 第33页 |
| 4.2 系统发育树 | 第33-34页 |
| 4.3 一般生物树构建方法 | 第34-36页 |
| 4.3.1 基因树与生物树的构造关系 | 第34-35页 |
| 4.3.2 全量数据结合最大似然分析模型 | 第35-36页 |
| 4.4 多物种溯祖分析模型 | 第36-38页 |
| 4.5 小结 | 第38-40页 |
| 第5章 基于STAR的改进系统发育树验证系统设计 | 第40-56页 |
| 5.1 前言 | 第40页 |
| 5.2 STAR模型 | 第40-41页 |
| 5.3 基于STAR模型的验证系统设计 | 第41-47页 |
| 5.3.1 验证流程 | 第41页 |
| 5.3.2 基因号数据准备 | 第41-43页 |
| 5.3.3 基因号清洗 | 第43-44页 |
| 5.3.4 基因数据准备 | 第44-46页 |
| 5.3.5 基因树构建 | 第46页 |
| 5.3.6 生物树构建 | 第46页 |
| 5.3.7 STAR模型修正 | 第46-47页 |
| 5.4 性能评估 | 第47-55页 |
| 5.4.1 基于CDS数据BEST模型结果分析 | 第47-49页 |
| 5.4.2 基于CDS数据GTR模型结果分析 | 第49页 |
| 5.4.3 基于Exon数据BEST模型与GTR模型结果分析 | 第49-55页 |
| 5.4.4 基于Intron数据BEST模型和GTR模型结果分析 | 第55页 |
| 5.5 小结 | 第55-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 附录A 攻读学位期间所参与的主要项目 | 第64页 |