| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第17-34页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第17-19页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第19-32页 |
| 1.2.1 基因网络 | 第19-25页 |
| 1.2.2 miRNA 参与的基因网络 | 第25-28页 |
| 1.2.3 miRNA 功能网络 | 第28页 |
| 1.2.4 生物网络模块识别与分析 | 第28-30页 |
| 1.2.5 大豆基因组及 miRNA 研究概况 | 第30-32页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第32-34页 |
| 第2章 基因本体语义相似性计算 | 第34-47页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 SSDD 方法 | 第35-38页 |
| 2.2.1 GO 重叠子图 | 第36页 |
| 2.2.2 GO 术语语义全能性 | 第36-37页 |
| 2.2.3 GO 语义相似性计算 | 第37-38页 |
| 2.2.4 实例演示 | 第38页 |
| 2.3 SSDD 方法性能评价 | 第38-42页 |
| 2.3.1 利用专家打分评价 | 第39-40页 |
| 2.3.2 利用 CESSM 评价 | 第40-42页 |
| 2.4 讨论与分析 | 第42-46页 |
| 2.4.1 挖掘 GO 的结构信息 | 第43页 |
| 2.4.2 区分相同注释 | 第43-44页 |
| 2.4.3 注释丰富度的影响 | 第44-46页 |
| 2.4.4 研究展望 | 第46页 |
| 2.5 本章小结 | 第46-47页 |
| 第3章 大豆功能基因网络构建与分析 | 第47-68页 |
| 3.1 引言 | 第47-48页 |
| 3.2 大豆功能基因网络（SOYFGN）构建 | 第48-53页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第48页 |
| 3.2.2 基因功能相似性计算 | 第48-50页 |
| 3.2.3 阈值选择与 SoyFGN 构建 | 第50-53页 |
| 3.3 SOYFGN 拓扑结构分析 | 第53-57页 |
| 3.3.1 总体拓扑特征 | 第53-54页 |
| 3.3.2 SoyFGN 节点度分布 | 第54-55页 |
| 3.3.3 SoyFGN 度相关性 | 第55-57页 |
| 3.4 SOYFGN 评价 | 第57-61页 |
| 3.4.1 用源于拟南芥的同源基因网络评价 | 第57-58页 |
| 3.4.2 用 KEGG 通路数据评价 | 第58-60页 |
| 3.4.3 用基因表达谱数据评价 | 第60-61页 |
| 3.5 基于 SOYFGN 的大豆抗病基因预测 | 第61-66页 |
| 3.5.1 基于网络的抗病基因预测 | 第62-63页 |
| 3.5.2 计算验证 | 第63-66页 |
| 3.6 讨论与分析 | 第66-67页 |
| 3.6.1 非模式生物互作组的系统水平研究成为可能 | 第66页 |
| 3.6.2 大豆全基因组功能互作的首个全局网络 | 第66-67页 |
| 3.7 本章小结 | 第67-68页 |
| 第4章 大豆 MIRNA 功能网络构建与分析 | 第68-92页 |
| 4.1 引言 | 第68-72页 |
| 4.2 大豆 MIRNA 功能相似性计算 | 第72-83页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第72-73页 |
| 4.2.2 miRNA 靶基因预测 | 第73-74页 |
| 4.2.3 miRNA 功能相似性计算 | 第74-80页 |
| 4.2.4 miRNA 功能相似性计算方法评价与分析 | 第80-83页 |
| 4.3 SOYMIRFN 构建与分析 | 第83-88页 |
| 4.3.1 SoymiRFN 构建 | 第83-84页 |
| 4.3.2 总体拓扑特征 | 第84-85页 |
| 4.3.3 SoymiRFN 节点度分布 | 第85-86页 |
| 4.3.4 SoymiRFN 度相关性 | 第86-88页 |
| 4.4 讨论与分析 | 第88-90页 |
| 4.4.1 不可或缺的靶位点可接近性 | 第89-90页 |
| 4.4.2 靶基因间的互作信息 | 第90页 |
| 4.4.3 大豆 miRNA 功能互作的全局网络图 | 第90页 |
| 4.5 本章小结 | 第90-92页 |
| 第5章 MIRNA-基因双层网络功能模块识别与分析 | 第92-128页 |
| 5.1 引言 | 第92-96页 |
| 5.2 问题描述 | 第96-100页 |
| 5.2.1 miRNA-基因双层网络的组成及其数学表示 | 第96-98页 |
| 5.2.2 双层网络模块识别的问题描述 | 第98-100页 |
| 5.3 伪 3D 聚类算法 | 第100-111页 |
| 5.3.1 初始模块识别 | 第101-104页 |
| 5.3.2 交叠鉴定与合并操作 | 第104-106页 |
| 5.3.3 模块排序与最优划分 | 第106-109页 |
| 5.3.4 算法复杂度分析 | 第109-111页 |
| 5.4 实验结果与分析 | 第111-126页 |
| 5.4.1 伪 3D 聚类结果 | 第111-112页 |
| 5.4.2 双层模块的拓扑结构分析 | 第112-116页 |
| 5.4.3 双层模块的功能富集分析 | 第116-121页 |
| 5.4.4 基于生物学实验证据的案例分析 | 第121-126页 |
| 5.5 本章小结 | 第126-128页 |
| 第6章 大豆功能网络数据库构建 | 第128-138页 |
| 6.1 引言 | 第128-129页 |
| 6.2 数据库构建与数据资源 | 第129-132页 |
| 6.2.1 数据库构建 | 第129-130页 |
| 6.2.2 数据描述 | 第130-131页 |
| 6.2.3 SoyFN 运行 | 第131-132页 |
| 6.3 数据库使用与接入 | 第132-137页 |
| 6.3.1 检索、可视化和分析大豆基因或 miRNA 功能网络 | 第132-135页 |
| 6.3.2 使用 SoySearch 在 SoyFN 中搜索特定的基因或 miRNA | 第135-137页 |
| 6.4 本章小结 | 第137-138页 |
| 结论 | 第138-141页 |
| 参考文献 | 第141-156页 |
| 附录I | 第156-158页 |
| 附录II | 第158-164页 |
| 附录III | 第164-172页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第172-174页 |
| 致谢 | 第174-175页 |
| 个人简历 | 第175页 |
