| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 综述部分 | 第15-36页 |
| 第一章 早期胚胎发育的合子基因组激活 | 第15-25页 |
| 1.1 合子基因组激活的时间 | 第15-17页 |
| 1.2 合子基因组激活的机制 | 第17-22页 |
| 1.2.1 细胞周期和核质比的调控 | 第18页 |
| 1.2.2 染色体结构的调整 | 第18-21页 |
| 1.2.3 转录激活因子和抑制因子 | 第21-22页 |
| 1.2.4 合子基因组激活与母源物质清除的关系 | 第22页 |
| 1.3 合子基因组激活的研究策略 | 第22-25页 |
| 第二章 体细胞核移植与基因组重编程 | 第25-36页 |
| 2.1 体细胞核移植介导的基因组重编程 | 第25-29页 |
| 2.1.1 DNA甲基化 | 第25-26页 |
| 2.1.2 组蛋白替换 | 第26-27页 |
| 2.1.3 组蛋白修饰 | 第27页 |
| 2.1.4 基因组印记 | 第27页 |
| 2.1.5 X染色体失活 | 第27-28页 |
| 2.1.6 端粒长度 | 第28页 |
| 2.1.7 非核物质的细胞重塑 | 第28-29页 |
| 2.1.8 克隆动物的发育异常 | 第29页 |
| 2.2 提高核移植效率的思路和方法 | 第29-36页 |
| 2.2.1 体细胞核移植技术的常规流程 | 第29页 |
| 2.2.2 卵母细胞的采集与培养 | 第29-30页 |
| 2.2.3 卵母细胞的去核操作 | 第30-31页 |
| 2.2.4 供体细胞的选择和制备 | 第31-32页 |
| 2.2.5 染色体移植 | 第32页 |
| 2.2.6 克隆胚胎的激活 | 第32页 |
| 2.2.7 模拟受精的过程 | 第32-33页 |
| 2.2.8 克隆胚胎培养条件的改良 | 第33页 |
| 2.2.9 抑制异常的组蛋白乙酰化 | 第33页 |
| 2.2.10 抑制异常的组蛋白甲基化 | 第33-34页 |
| 2.2.11 抑制异常的DNA甲基化 | 第34页 |
| 2.2.12 抑制克隆胚胎XIST表达 | 第34-36页 |
| 实验部分 | 第36-104页 |
| 第三章 牛克隆胚胎上异常的H3K9me3和H3K9me2修饰 | 第36-53页 |
| 3.1 材料和试剂 | 第36-37页 |
| 3.2 方法 | 第37-43页 |
| 3.2.1 胎牛成纤维细胞的分离培养和冻存复苏 | 第37页 |
| 3.2.2 胎牛成纤维细胞的性别鉴定 | 第37页 |
| 3.2.3 供体细胞的准备 | 第37-38页 |
| 3.2.4 卵母细胞的准备 | 第38页 |
| 3.2.5 克隆胚胎的制备 | 第38-39页 |
| 3.2.6 体外受精胚胎的制备 | 第39页 |
| 3.2.7 孤雌激活胚胎的制备 | 第39页 |
| 3.2.8 胚胎转录活性检测 | 第39页 |
| 3.2.9 鹅膏蕈碱的应用 | 第39-40页 |
| 3.2.10 胚胎免疫荧光染色 | 第40页 |
| 3.2.11 胚胎实时荧光定量PCR | 第40-41页 |
| 3.2.12 亚硫酸氢盐测序PCR | 第41-43页 |
| 3.3 结果 | 第43-50页 |
| 3.3.1 牛体外受精胚胎、克隆胚胎和孤雌激活胚胎合子基因组激活时期的确定 | 第43-44页 |
| 3.3.2 牛体外受精胚胎、克隆胚胎和孤雌激活胚胎H3K9me3和H3K9me2的变化模式 | 第44-45页 |
| 3.3.3 导致牛克隆胚胎异常H3K9me3和H3K9me2修饰的因子筛选 | 第45-48页 |
| 3.3.4 牛KDM4D和KDM4E差异表达与DNA甲基化的关系 | 第48页 |
| 3.3.5 牛satelliteI差异表达与DNA甲基化的关系 | 第48-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-52页 |
| 3.5 小结 | 第52-53页 |
| 第四章 牛KDM4D和KDM4E去组蛋白甲基化功能的验证 | 第53-64页 |
| 4.1 材料和试剂 | 第53-54页 |
| 4.2 方法 | 第54-56页 |
| 4.2.1 生物信息学分析 | 第54页 |
| 4.2.2 动物组织RNA提取与反转录PCR | 第54页 |
| 4.2.3 基因扩增与载体构建 | 第54-55页 |
| 4.2.4 细胞培养 | 第55页 |
| 4.2.5 细胞转染 | 第55页 |
| 4.2.6 细胞免疫荧光染色 | 第55页 |
| 4.2.7 蛋白提取 | 第55-56页 |
| 4.2.8 蛋白印迹检测 | 第56页 |
| 4.3 结果 | 第56-61页 |
| 4.3.1 预测牛KDM4D和KDM4E是组蛋白H3K9去甲基化酶 | 第56-58页 |
| 4.3.2 牛KDM4D和KDM4E真核表达载体的构建 | 第58页 |
| 4.3.3 牛KDM4D和KDM4E对细胞核H3K9me3和H3K9me2修饰的影响 | 第58-61页 |
| 4.4 讨论 | 第61-63页 |
| 4.5 小结 | 第63-64页 |
| 第五章 牛KDM4D和KDM4E参与调控早期胚胎发育 | 第64-75页 |
| 5.1 材料和试剂 | 第64页 |
| 5.2 方法 | 第64-67页 |
| 5.2.1 体外受精胚胎的制备 | 第64-65页 |
| 5.2.2 孤雌激活胚胎的制备 | 第65页 |
| 5.2.3 干扰片段的设计与合成 | 第65页 |
| 5.2.4 胚胎显微注射 | 第65页 |
| 5.2.5 胚胎转录活性检测 | 第65页 |
| 5.2.6 胚胎免疫荧光染色 | 第65-66页 |
| 5.2.7 胚胎实时荧光定量PCR | 第66页 |
| 5.2.8 囊胚凋亡检测 | 第66-67页 |
| 5.2.9 亚硫酸氢盐测序PCR | 第67页 |
| 5.3 结果 | 第67-71页 |
| 5.3.1 高效干扰KDM4D和KDM4E表达的siRNA筛选 | 第67-68页 |
| 5.3.2 干扰KDM4D和KDM4E表达对胚胎发育率的影响 | 第68页 |
| 5.3.3 干扰KDM4D和KDM4E表达对胚胎H3K9me3和H3K9me2修饰的影响 | 第68-70页 |
| 5.3.4 干扰KDM4D和KDM4E表达对囊胚质量的影响 | 第70页 |
| 5.3.5 干扰KDM4D和KDM4E表达对胚胎合子激活的影响 | 第70-71页 |
| 5.4 讨论 | 第71-74页 |
| 5.5 小结 | 第74-75页 |
| 第六章 牛KDM4D和KDM4E促进克隆胚胎的发育 | 第75-87页 |
| 6.1 材料和试剂 | 第75页 |
| 6.2 方法 | 第75-77页 |
| 6.2.1 体外转录 | 第75-76页 |
| 6.2.2 克隆胚胎的制备 | 第76页 |
| 6.2.3 胚胎显微注射 | 第76-77页 |
| 6.2.4 胚胎转录活性检测 | 第77页 |
| 6.2.5 胚胎免疫荧光染色 | 第77页 |
| 6.2.6 胚胎实时荧光定量PCR | 第77页 |
| 6.2.7 囊胚凋亡检测 | 第77页 |
| 6.2.8 亚硫酸氢盐测序PCR | 第77页 |
| 6.2.9 克隆胚胎的移植和检测 | 第77页 |
| 6.3 结果 | 第77-84页 |
| 6.3.1 体外转录牛KDM4D和KDM4E表达载体的构建 | 第77-78页 |
| 6.3.2 过表达KDM4D和KDM4E对克隆胚胎发育率的影响 | 第78-79页 |
| 6.3.3 过表达KDM4D和KDM4E对克隆胚胎H3K9me3和H3K9me2修饰的影响 | 第79-80页 |
| 6.3.4 过表达KDM4D和KDM4E对克隆囊胚质量的影响 | 第80页 |
| 6.3.5 过表达KDM4D和KDM4E对克隆胚胎合子激活的影响 | 第80-83页 |
| 6.3.6 过表达KDM4D和KDM4E对克隆胚胎体内发育的影响 | 第83-84页 |
| 6.4 讨论 | 第84-86页 |
| 6.5 小结 | 第86-87页 |
| 第七章 牛KDM4E对克隆胚胎合子激活时期转录水平的调整 | 第87-104页 |
| 7.1 材料和试剂 | 第87页 |
| 7.2 方法 | 第87-89页 |
| 7.2.1 体外受精胚胎的制备 | 第87页 |
| 7.2.2 克隆胚胎的制备 | 第87页 |
| 7.2.3 干扰片段的设计与合成 | 第87页 |
| 7.2.4 体外转录 | 第87-88页 |
| 7.2.5 胚胎显微注射 | 第88页 |
| 7.2.6 转录组测序样品的收集 | 第88页 |
| 7.2.7 转录组测序数据的过滤和参考基因组的比对 | 第88页 |
| 7.2.8 新转录本的预测 | 第88-89页 |
| 7.2.9 基因表达量和数据相关性分析 | 第89页 |
| 7.2.10 差异表达基因分析与展示 | 第89页 |
| 7.3 结果 | 第89-102页 |
| 7.3.1 转录组测序样品的质量控制 | 第89页 |
| 7.3.2 转录组测序数据的过滤和比对 | 第89-92页 |
| 7.3.3 新转录本的预测 | 第92页 |
| 7.3.4 基因表达量的统计 | 第92-93页 |
| 7.3.5 转录组数据样品间的相关性分析 | 第93-94页 |
| 7.3.6 组间差异表达基因的分析与展示 | 第94-101页 |
| 7.3.7 过表达KDM4E再次激活转录的下游基因验证 | 第101-102页 |
| 7.4 讨论 | 第102-103页 |
| 7.5 小结 | 第103-104页 |
| 全文结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-124页 |
| 附录 | 第124-136页 |
| 缩略词 | 第136-141页 |
| 致谢 | 第141-142页 |
| 作者简介 | 第142-143页 |
